C’est quoi la spécificité?
Ceux qui ont fait un peu de parasitologie dans leur vie, même médicale (on leur pardonne…), ont été confrontés à la notion de spécificité. Pour faire court, on vous a dit, comme à moi, qu’un parasite spécialiste allait infester une seule espèce d’hôte, contrairement au généraliste.
Cette classification binaire vous paraît un peu simpliste? Vous n’êtes pas le seul. En 1980, deux parasitologues français (Claude Combes, qui est actuellement à l’Académie des Sciences, et Louis Euzet, Pr. émérite à l’Université Montpellier 2 — que j’ai eu la chance de rencontrer la semaine dernière, et avec qui nous avons discuté, justement, spécificité, ergo ce billet) ont proposé une séparation en trois groupes : d’une part, les oïoxènes, parasites spécialistes au sens strict (une espèce d’hôte); ensuite, les sténoxènes, qui sont “spécialistes mais pas trop”, en ce qu’ils infestent plusieurs hôtes phylogénétiquement apparentés. Viennent les euryxènes, qui eux sont des généralistes, et infestent des hôtes partageant des caractères écologiques (autrement dit, qui vivent dans le même milieu, ou ont le même biorythme, les mêmes habitudes, etc).
Seulement, il y a d’autres méthodes pour déterminer si un parasite est spécialiste ou non. On peut considérer qu’un protozaire parasite, à large spectre d’hôte, mais qui n’infeste qu’un type cellulaire unique est, en quelque sort, spécialiste de ce type cellulaire — et donc spécialiste tout court, puisqu’il ne va pas aller se mettre ailleurs dans son hôte. On a donc une approche “écologique” et une approche “physiologique”. On pourrait dire, d’ailleurs, au motif que pour un parasite, son micro-habitat dans l’hôte représente sa niche écologique, que cette approche “physiologique” n’est rien d’autre que de l’écologie qui s’ignore. Ce débat n’est pas pour aujourd’hui.
Un autre facteur important dans la détermination de la spécificité, c’est la littérature. Quand on veut avoir une idée du spectre d’hôte d’un parasite, on compile des données, et plus particulièrement le nombre de fois ou on rencontre cette espèce sur différents hôtes. Seulement voila, ce n’est pas simple, parce que tout parasite commence sa carrière comme un spécialiste. Vous en doutez? Imaginons que vous arriviez dans un environnement nouveau, et que vous preniez un animal au hasard dans cet environnement. Lors du bilan parasitaire, vous découvrez de nouvelles espèces, que vous n’avez jamais vu ailleurs : ce sont des spécialistes. Si quelqu’un arrive après vous et fait une revue de littérature, il considérera ce parasite comme étant spécialiste, alors même qu’il est possible qu’il ne le soit pas.
A partir de ce constat, certains auteurs (Robert Poulin, par exemple) ont proposé de corriger le nombre d’hôtes d’une espèce par le nombre de publications concernant cette espèce — en gros, plus on a de papiers, plus on a de données, plus on a confiance dans le résultat. Seulement, réutiliser les données d’un papier à l’autre pour montrer des choses différentes, combiner les données, utiliser des jeux partiels qui se recouvrent d’un papier à l’autre est une chose courante. Il serait probablement plus juste de corriger par le nombre de jeux de données indépendants (si trois articles rapportent la présence de votre parasites sur un hôte, mais que ces trois articles utilisent le même jeu de données, vous le faites compter une ou trois fois?), mais ça demande un travail titanesque.
Et puis, il faut savoir qu’on rapporte les choses qu’on trouve, mais rarement celles qu’on ne trouve pas. Et pourtant, en matière de spécificité, dire “je n’ai pas trouvé ça ” est une information aussi importante que de dire ce qu’on a trouvé.
Vous remarquerez que depuis le début de ce billet, je ne fais que parler de parasites trouvés sur des hôtes, sans plus de détail. Mais comment se passe un cycle parasitaire? A chaque étape, un stade du parasite se débrouille pour passer dans un hôte suivant, pour devenir adulte, et libérer des stades infestants qui referont ce cycle. Souvent, ça se passe sans problèmes et le parasite suit son “chemin” d’hôte en hôte. Mais des fois, il y a des erreurs, et il arrive dans un endroit ou il n’est pas sensé se trouver. Et quand vous échantillonnez beaucoup, vous arrivez à croiser ces “transfuges”. Et vous le marquez dans votre tableau de résultats. Félicitations, vous venez de faire gagner un hôte à un parasite, et si ca se trouve, vous le faites passer de la case “spécialiste” à la case “généraliste”. Les profils de spécificité sont à refaire, et les papiers qui étudiaient les déterminants de la spécificité dans ce genre sont maintenant à prendre avec des pincettes. A moins que…
Le spectre d’hôte, est-ce seulement l’ensemble des hôtes sur lesquels un parasite d’une espèce donnée peut se trouver? Ou alors, est-ce les hôtes sur lesquels il peut boucler son cycle? Si pour les parasites à cycle complexe (plusieurs hôtes avant la phase adulte), la question se pose moins (les “transfuges” finissent en général dans des impasses parasitaires), pour les parasites à cycle direct, comme les monogènes, il est primordial de le déterminer.
Je n’ai pas la réponse à ces questions — sinon je serai en train de la publier dans une vraie revue, hé —, mais je pense qu’elles sont particulièrement intéressantes. Notamment parce qu’elles mettent bien en avant comment notre compréhension des systèmes naturels dépend lourdement de concepts que nous fixons, et qu’introduire de nouveaux concepts entraîne une modification de notre vision des choses…
Note : l’image de ce billet est le logo du programme TreeMap.
