This is the last one…

Posté par Timothée le 6 December 2007 | ,

Je ne vous dirais pas que je n’ai rien ressenti. Que quand j’ai franchi la porte de la salle de conférences, aujourd’hui à 17h06, je n’ai pas eu un petit pincement dans le fond du ventre. Que je n’ai pas vu, en regardant notre intervenant (et il n’était pas des moindres…) refermer son portable, les 5 dernières années défiler rapidement.

J’ai revu mes premières semaines à l’UEVE, la première fois que j’ai passé ma blouse pour rentrer dans un labo, la première fois qu’on m’a donné un joli badge de stagiaire avec mon nom (mal écrit) et un logo dessus. J’ai vu le jeune étudiant qui sortait son premier gel, et qui se demandait ce qu’il allait bien pouvoir en dire. La première PCR loupée, et celle loupée aussi qui a suivi.

Le tremblement dans les jambes, un jour de juin, le pointeur dans la main, face à mon premier jury. Et ceux qui ont suivi. La première fois que j’ai violemment fait remarquer que je ne suis pas d’accord avec votre explication, et les très nombreuses qui ont suivi…

J’ai mis un instant a réaliser. J’ai attrapé mon sac, mis mon éternel trench-coat noir, et marché entre les sièges pour aller vers la porte. Et puis soudain, la main sur la poignée, deux neurones se sont touchés. Jeudi 6 décembre, 2007. 17h06. Le cours prend fin. L’UE prend fin. Le dernier cours. Le dernier de l’année. De la dernière année sur le campus…

Allez, tout n’est pas fini… Il reste encore quelques délais intenables à tenir, quelques articles pas encore écrits que j’aimerais bien trouver malgré tout dans une base de données pour la finir, cette synthèse (et celui que j’aimerai bien écrire, aussi). Une soutenance a préparer, et après le stage, et après… après… On verra bien.

Pour ce soir, rien ne presse…

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Des nouvelles de l’AG

Posté par Timothée le 19 November 2007 | , ,

J’avais prévu de faire du live blogging aujourd’hui, mais il se trouve que le mélange manque de sommeil + besoin de passer à la poste + pluie battante a fortement entamé ma motivation. Un petit compte rendu de l’AG qui a eu lieu sur la pelouse (transformée en mare de boue par les conditions défavorables) de l’université Montpellier 2.

Pour aller droit au but : le blocage a été maintenu (ou plutôt rétabli) jusqu’à jeudi (date de la prochaine AG), avec une participation assez forte, et une non moins forte majorité. En réaction au pseudo-vote de vendredi? Peut-être… D’après les quelques discussions que j’ai eu dans la foule, et des deux côtés de la tribune, il n’est toujours pas digéré.

Bref, tout ça n’a finalement que très peu d’incidence sur mon parcours à moi, puisque nos cours sont déplacés au Centre d’écologie fonctionnelle et évolutive, qui se trouve à quelques centaines de mètres du campus. Et devinez quoi, notre emploi du temps est suffisamment bien conçu pour qu’on puisse se mêler aux vociférations prévues demain après-midi (et avoir enfin l’impression de faire quelque chose…). Je vais aller acheter un K-way, moi…

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Un mot latin qui veut dire oui…

Posté par Timothée le 16 November 2007 | , ,

Qui ose dire que l’administration n’est pas capable de subtilités? Pour prouver que je ne fais pas que m’emporter contre mes camarades étudiants, je me dois de vous rapporter ce que notre chère administration a jugé judicieux de faire.

Un vote. A bulletin secret. Génial, donc. Mais a tout vote correspond un intitulé, et c’est là que ça commence à partir en sucette, et qu’on nous prend pour des imbéciles.

Sur les bulletins, deux propositions. Pour la reprise normale des enseignements ou contre la reprise normale des enseignements. Qui oserait, en son âme et conscience, voter contre la reprise normale des enseignements?

Et sans surprise, tous ceux qui étaient favorables au blocage ont voté pour la reprise. Mais pas dans ces conditions?

Et moi? Oh, de toutes façons j’irais brûler en enfer. Je peux supporter de m’arranger avec ma conscience…

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A mon camarade étudiant

Posté par Timothée le 14 November 2007 | , ,

Camarade!

Dans ta lutte, je te soutiens. Dans ton opposition à cette réforme, je te soutiens. Si je m’étais avisé de monter à la tribune cet après-midi, et de déclamer ceci, j’aurais été acclamé. Porté en triomphe. Dans mille ans encore on aurait contemplé ma statue. Il était des notres.

Qui a osé prétendre que l’université française a besoin d’une réforme? Quelle réforme, aussi profonde soit-elle, pourrait bien améliorer la situation idyllique qui est déjà la notre? Tout, camarade, je te le dis, nous avons tout. Des moyens. Des locaux neufs, agréables à vivre. Du matériel informatique dernier cri. De l’équipement de laboratoire à profusion. Nos enseignants ne sont pas obligés de sacrifier une partie de leur travail de recherche pour nos faire cours. Nos diplômes sont reconnus. Nos universités caracolent en tête de tous les classements. Nous sommes un peuple élu, camarade. Nul besoin de réforme.

Oh, je suis désolé, mon camarade, d’avoir pu te laisse croire un instant que j’étais sincère. Mais je vais, à défaut, être honnête. La réforme ne m’intéresse pas. Ou plutôt elle m’intéresse beaucoup moins, et moi — oui, moi — je vais abandonner le débat sur le fond pour réagir sur la forme. Car au fond de moi se cache aussi un esthète, qui s’il aime les choses accomplies, les aime d’autant plus qu’elles sont bien faites.

Aussi me refuses-je à utiliser mon temps de parole — ou d’écriture, le temps que je m’attribue selon mon bon vouloir, comme toi mon camarade le fait du temps de tribune — pour tenir tribune politique. Point de haro contre les aspects de cette réforme que je me refuse à accepter. Point de longue dithyrambe, non plus, de ceux qui méritent amplement qu’on les considère. Pourquoi? Je me refuse à parler de cette réforme en teintes de gris, quand tu ne comprend, camarade, que le noir ou le blanc.

Alors oui, je m’en prend à la forme. Ou plutôt c’est à elle que je m’en prendrais si forme il y avait jamais eu. Et je doute que tu persévère encore longtemps dans la lecture de ce texte. Ce n’est que l’expression d’un seul. Qu’une opinion. Divergente. Et on sait camarade, j’ai été honnête avec toi, sois le en retour, que l’opinion t’importe peu. Surtout celle des autres. Allez va, l’évolution toute entière est régie par l’égoïsme, ce n’est pas moi qui vais te blâmer pour ta — oh comme je l’espère — passagère animalité.

Point de respect de l’opinion, disais-je. Et je le maintiens. Ton processus démocratique, camarade, est une insulte à la démocratie-en-soi. Tu illustre à toi seul toutes les piques que ce système méritant a subi. Tyrannie de l’incompétence. Le pire de tous les systèmes, à l’exception des autres. J’en passe. Pourquoi cette colère? Pourquoi? Que dire? Comment se justifier face à ceux qui pensent que 450 personnes peuvent décider du sort de 13000? Tu veux savoir d’où vient ma colère? Pas du blocage en lui même, non, j’aurais bien du mal à m’élever contre ce que je faisais il y a deux ans.

Mais contre ces décisions prises en dépit du bon sens. Et contre les réactions stupides qui s’ensuivent. Ceux qui nous assurent qu’arrêter les cours, ce n’est pas grave, que seul le stage compte, et que les UE ne sont là que pour notre culture générale. Ah camarade, comme je t’envie, si tu le penses vraiment. Ou plutôt non. Car quand bien même ce serait vrai, alors tu penses qu’on peut se permettre de manquer de culture générale? Pardonne moi camarade, j’oubliais un moment que toi qui décides à 430 contre 13000, tu n’a de leçons à recevoir de personne.

Bien sûr je t’offre une cible facile. Jeunesse Sakozyenne, penses-tu. Comme tu te trompes. Tu veux des clichés? Je n’ai pas manifesté contre Allègre. Ni contre Fillon. Ni contre Fery. Tu en veux encore? Tu veux faire de moi un traître? Il y a deux ans, j’étais délégué de mon université à la coordination nationale étudiante. Encore plus? Je n’ai pas ma carte à l’UNEF. Frappes moi, camarade. Je sais que tu es plein de haine, car sinon, comment aurais tu pu écrire sur les murs de l’amphithéâtre les cahiers au feu, les profs au milieu?

Alors voilà, camarade. Le blocage de l’université, ça ne me laisse pas indifférent. La réforme qui s’annonce, ça ne me laisse pas indifférent. Mais faire passer ta mascarade pour de la démocratie… Camarade, tu m’appelles à la révolte. Je t’obéis sans plus attendre. Et me révolte contre toi et tes pratiques. Que dire, en effet, de ces intervenants qui se sont succédés à la tribune, sans autre but que d’épuiser l’audience, faisant repartir ceux qui croient encore en leurs études vers les salles de cours? Que dire, d’un blocage sur 3 jours à la première assemblée générale? Que dire de ton idée de voter par mail (est-ce à dire que ceux qui n’ont pas internet ne méritent pas autant que toi d’exprimer leur opinion?)?

Rien. Rien ne me vient. Camarade, tu me sidère. Même si ce pour quoi tu te bats est juste, et mérite qu’on se batte avec toi, tes pratiques le salissent. Tu appelle à ma conscience politique. Allez. Sonde donc la tienne. Et cesse enfin de te gargariser avec ce mot, démocratie, que tu piétines dans le moindre de tes actes.

Hasta siempre.

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Tour d’horizon des logiciels de bibliographie

Posté par Timothée le 25 October 2007 | , ,

En cette période de projet biblio qui démarrent, il est temps de faire un rapide tour d’horizon des logiciels de gestion de la , qui vont aider nos chers étudiants (c’est nous) à ne pas perdre de temps dans leur travail. La question numéro 1 a se poser quand on veut choisir son logiciel, c’est avec quoi je l’utilise. Autrement dit, quels traitements de texte et systèmes d’exploitation sont compatibles.

Autre point: qu’est-ce qu’on attend exactement d’un logiciel de gestion de . Comme c’est ma revue, je choisis ma liste de fonctions qu’il faut absolument proposer.

  • La numéro 1, c’est bien sûr l’enregistrement de plusieurs types de ressources (articles, livres, chapitres, thèses, mémoires principalement, mais ne pas oublier les actes de conférences, manuels techniques, etc etc).
  • La numéro 2, pouvoir conserver des fichiers PDF facilement, et pouvoir y accéder facilement depuis l’application. Si l’application peut gérer elle même le rangement et le nom des fichiers, c’est parfait.
  • La numéro 3, garder un lien vers la page web si besoin (soit via le Digital Object Identifier, soit “en dur”).
  • Fonctionnalité numéro 4, pouvoir prendre des notes et attribuer des mot-clés, pour retrouver rapidement un papier (ça à l’air de rien comme ça, mais c’est probablement le truc le plus utile).
  • Pour aller avec la n°4, la cinquième exigence est une fonction de recherche et de tri de qualité
  • La numéro 6, c’est bien évidemment la capacité à construire la proprement dite, c’est à dire l’intégration dans le traitement de texte, si possible avec plusieurs styles de sortie.

Je n’ai pas donné de captures d’écran, mais il y en a toute une série sur les sites.

Quelques remarques rapides sur les formats

Dès qu’on arrête de prendre des notes sur un petit calepin pour passer sur un support informatique, on invente un format. Ou dans le cas des bibliographies, plusieurs.

Deux types de formats sont principalement utilisés: BibTeX (format ouvert, pour LaTeX), et RIS/EndNote, formats propriétaires. Les capacités d’import/export d’un logiciel à l’autre ne sont pas toujours optimales, et c’est un point important. Mais on peut toujours trouver une solution, pas de panique (en passant par du XML, ou en exportant, etc etc).

Je note au passage que Google Scholar, via le menu “préférences”, permet d’afficher un lien à côté de chaque article, pour exporter au format BibTeX ou RIS (EndNote). Seule problème, il ne gère pas les URL, et c’est bien dommage.

De nombreux journaux proposent eux aussi de télécharger les citations en même temps que l’article (c’est le cas pour les journaux de BlackWell, pour JSTOR, probablement Science Direct, le NPG, Science, etc etc). Et en plus, je vais en repaler à la fin, il existe des moyens de récupérer les informations d’un article depuis la fenêtre de son navigateur.

BibDesk

Système : Mac OS X (Universal Binaries)
Prix : Libre (Open source)
Intégration aux traitements de texte : LaTeX seulement

Je commence par celui que j’utilise. Le fait qu’il soit réservé aux Mac le rend un peu moins connu, mais c’est pourtant un logiciel surpuissant. Imaginez un iTunes dédié à la gestion de votre précieuse (sans compter que le support de l’AppleScript rend l’échange d’informations avec d’autres outils vraiment facile).

Il a tout ce que j’attend d’un logiciel de gestion de la . Une fonction de tri puissante, une gestion des auteurs correcte, il range mes PDF tout seul et leur donne des noms clairs (et personnalisables). La recherche se fait “en instantané”, comme sur iTunes.

Autre avantage: depuis le logiciel, on peut accéder à PubMed, au Web of Science, et à la librairie du congrès.

BibDesk est limité à LaTeX (gratuit lui aussi), ce qui signifie qu’il faut s’y mettre et que c’est assez repoussant au début. Le rapport gain / investissement dans l’apprentissage fait qu’il n’y a pas à hésiter, si on a un peu de temps à y consacrer. Au pire, LyX existe. Petit bémol, ce n’est pas encore très répandu en biologie. Si vous ne connaissez pas LaTeX, et que Word vous suffit, oubliez.

Dernier point positif, la fonction de prise de notes est super agréable à utiliser, et (pour ceux qui connaissent Mac) le contenu des notes est indexé dans SpotLight (l’outil de recherche).

BibDesk peut aussi afficher directement le PDF associé sans rien ouvrir, en parallèle aux informations sur la ressource. Ca a son utilité.

Vous pouvez voir un exemple d’utilisation complète (et intégrée) de BibDesk sur le site de Phnk.

EndNote

Système : Windows, Mac OS 9, Mac OS X
Prix : 239.95$
Intégration aux traitements de texte : MS Word via une extension, Open Office et autres RTF (mais support très limité)

EndNote est le grand standard de la gestion de bibliographies. C’est celui que j’ai utilisé pendant tout mon M1, y compris pour mon mémoire. Son principal avantage est l’intégration parfaite avec Word.

Il gère sans difficultés les références multiples, mais surtout il possède une bibliothèque de styles de sortie (les bibliographies ne sont pas formatées de la même manière dans chaque revue) absolument énorme. Et si jamais ce n’est pas assez (si comme Van Valen, toi aussi tu veux créer ta revue), on peut customiser les styles. A titre d’exemple, le style de la de mon mémoire a été créé avec EndNote.

EndNote possède aussi une fonction de recherche dans PubMed et la LoC. Il range aussi les PDF tout seul comme un grand. A ce propos, il faut signaler qu’il n’est pas limité à un seul PDF par entrée (titre): vous pouvez ranger un PDF, un fichier word, une image, peu lui importe. Je n’ai jamais vu l’intérêt de la chose, mais ça doit pouvoir servir.

On peut rajouter un point positif pour EndNote: il insère les informations de publication directement dans le document. Autrement dit, quand vous travaillez avec Word et EndNote, et que vous envoyez votre travail à votre correcteur - maître de stage - coauteur, vous n’avez pas besoin de lui joindre d’autre fichier (contrairement à BibDesk).

Considération plus personelle: le formulaire de recherche n’est pas intégré, et beaucoup moins bien fait que dans BibDesk. Et en plus, le logiciel en lui même est relativement peu agréable à l’oeil.

Une chose à savoir. Pour un gros document Word avec beaucoup de références (je prend mon cas: mémoire de 50 pages avec ≈ 90 références), il faut préparer les rames. Sans compter qu’il a encore quelques conflits avec le suivi des changements.

Ca fait deux ans que j’utilise EndNote (quand je suis obligé de travailler avec un document Word). A part le fait qu’il ralentisse beaucoup sur les documents lourds, et que la recherche ne soit pas très bien pensée, je n’ai vraiment aucun reproche à faire.

Zotero

Système : indépendant (extension pour le navigateur libre FireFox)
Prix : Libre
Intégration aux traitements de texte : MS Word (Windows et Mac) et Open Office (via des extensions — pas d’infos sur la compatibilité avec NeoOffice, l’équivalent Mac)
Site officiel

Au début je n’y croyais pas. Un logiciel de intégré à FireFox, facile à utiliser, intégré à Word et à Openoffice? Ca semblait trop beau pour être vrai. Quand j’ai appris qu’en plus il était gratuit…

Et pourtant Zotero répond exactement à cette description. C’est une extension de FireFox, qui permet une gestion assez avancée de sa .

D’une part, vous pouvez créer de nouvelles entrées, en tapant manuellement les références dans la petite fenêtre (très bien intégrée à FireFox, et pas du tout encombrante : Zotero squatte la barre d’outils quand il est “caché”). Mais il y a mieux: sur une page d’article de PubMed, ou d’un autre, une petite icône apparaît dans la barre d’adresse. Et quand vous cliquez dessus, Zotero enregistre la référence.

C’est après que ça devient beaucoup plus fort. Si vous êtes sur une page de résultats google scholar ou PubMed, l’icône change et devient un dossier. En cliquant sur ce dossier, Zotero vous propose de cocher les références que vous voulez garder. Et ça, c’est un super gain de temps.

Vous ne serez pas surpris si je vous dis que Zotero est compatible avec Amazon.com, j’espère.

Avantage de Zotero: il s’intègre parfaitement à Word et OpenOffice, et génère les bibliographies tout seul (les plugins et instructions sont sur le site officiel). Il a une bibliothèque de formats de références assez fournie.

JabRef

Système : indépendant (JAVA)
Prix : Libre
Intégration aux traitements de texte : LaTeX, OpenOffice

JabRef est un mélange entre BibDesk et EndNote. Il utilise le format BibTeX, mais peut exporter la dans pas mal de formats différents. C’est le seul (avec Zotero) qui tournera sous Linux sans trop de bidouilles.

Je n’ai jamais trop cherché à comprendre comment il fonctionnait, et je ne l’ai pas utilisé. A mon avis il est nettement moins puissant que les autres — ca reste une question de goûts personnels — dans la mesure ou c’est un condensé de deux programmes, et que j’ai l’impression qu’ils ont pris les défauts des deux et les qualités d’aucun.

Zotero le rend assez obsolète, à mon avis (ca reste par contre un des seuls logiciels qui gère BibTeX sous Windows).

CiteULike

Ce n’est pas un logiciel de au sens strict, mais un site internet conçu sur ce principe. Et super utile.

CiteULike est une solution de gestion de sa en ligne, un peu à la manière de Zotero. Une fois enregistré sur le site, vous pouvez ajouter un favori a votre navigateur, qui permet d’ajouter à votre librairie la référence que vous avez dans votre navigateur (par exemple, si vous êtes en train de regarder un abstract sur ScienceDirect). CiteULike est aussi compatible avec Amazon. Petit truc étrange, PLoS One n’est pas encore pris en charge.

CiteULike ne s’intègre pas à votre traitement de texte. Par contre, il permet d’exporter votre librairie dans différent formats (RIS et BibTeX) pour les utiliser dans un autre logiciel.

Il gère très bien les fichiers PDF des articles (c’est pratique quand, comme moi, on a tendance a oublier de sauvegarder certains répertoires, contenant à peu près 300 PDF, avant de formater…). Si vous voulez un exemple, jetez un oeil à ma libraire (qui mériterait d’être rangée un peu — je compte prendre un stagiaire pour ça…).

Au niveau des fonctionnalités utiles, il permet le travail par “groupes”: vous partagez une partie (ou l’ensemble) de votre stock de références avec d’autres utilisateurs. Le système de mot-clés est largement au point, et la recherche par auteurs aussi. Seul défaut, on ne peut pas combiner les mot-clés à la manière d’un del.icio.us. Il paraît que ça va venir…

Personnellement, je l’utilise comme archive géante: quand j’ai fini d’utiliser une , j’envoie toutes les références sur CiteULike avec les mot-clés qui correspondent. Ca évite d’encombrer mon disque dur tout en gardant les références disponibles.

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