La journée (presque) type

Posté par Timothée le 29 January 2008 | , ,

C’est bien connu, si la recherche manque de vocations, c’est parce que les conditions de travail au quotidien sont mal connues. Et on croit à tort que c’est un travail difficile et ingrat. Pour y remédier, et attirer les jeunes vers le beau métier de chercheur, quoi de mieux qu’un résumé de la journée (presque) type que j’ai vécu aujourd’hui?

8 heures : réveil, douche, préparation du sac. Ramasser les feuilles qui traînent de la veille, les publis éparses sur le sol de la chambre, retrouver le stabylo (sous le radiateur). Cacher les seringues qui traînent sur la table de nuit, ça fait junkie, même si c’est pour mon travail.

8 heures 40 : départ pour le labo.

8 heures 41 : arrivée dans la cuisine du labo (vous en aurez déduit que ma chambre est de l’autre côté de la route par rapport au labo). Retrouver mon paquet de café, me caféiner.

8 heures 50 : arrivée au bureau. Lecture des mails, coups de fils à passer, rangement des papiers qui jonchent le bureau dans les nouvelles pochettes achetées pour l’occasion.Avoir un petit sourire de satisfaction à l’idée que mon bureau est presque aussi bien rangé que les autres.

9 heures 10 : descente dans la salle de tri des , pour faire un tour du matériel et préparer ma journée. Remonter au bureau, noter deux ou trois idées dans le cahier de manips, relire une publi en attendant que ça se passe.

10 heures : départ du labo, sac de plongée sur le dos et harpon à la main.

10 heures 03 : arrivée sur site. Enfilage de la combinaison. Et de la deuxième couche. L’eau est froide.

10 heures 15 : tout est prêt, mise à l’eau. Début de l’échantillonnage.

10 heures 16 : voir un poulpe, et perdre 5 minutes à jouer avec, parce que c’est l’animal le plus génial au monde.

12 heures 10 : sortie de l’eau, rangement de la combinaison. Regarde inquiet à mes doigts, devenus bleus. Remettre les vetements un peu humides avec le bon petit vent de mer, et avoir très froid. Mais considérer quand même qu’on a aucune raison de se plaindre.

12 heures 20 : dépôt des captures (en fait, de la seule et unique capture) de la matinée dans la salle de tri, rinçage du matériel.

12 heures 30 : repas. Arriver au ref’ les cheveux mouillés, la serviette sur les épaules. “Tu faisais quoi ce matin, des PCR? Moi je nageais, mais les PCR c’est bien aussi”.

13 heures 15 : douche! Ca commençait à se faire attendre.

13 heures 30 : retour au labo, début de la dissection.

17 heures : estimer que c’est bon, ça fait assez de , et remonter saisir les résultats.

17 heures 15 : faire des stats. Avoir un résultat marrant. Envoyer un mail au boss, qui est parti cogiter pour le compte de Cybelle Méditerranée. Lire quelques papiers, faire un point sur les à capturer en priorité, tenir son cahier de labo à jour. Coller de belles images, comme en maternelle. Coller en priorité celle ou on a une p-value de 10-8.

18 heures 20 : départ du bureau. Direction la salle de conférences de l’autre côté de la cour. Détour par la machine à café.

18 heures 40 : retrouver son partenaire pour le tournoi de Wii du labo. Note pour plus tard : c’est plus physique que ce que je pensais. Se faire sortir au premier tour.

19 heures 10 : fin de la journée. Encore un peu de lecture de publi pour le fun, avant d’aller manger.

Bilan? Oui. C’est un peu de la publicité mensongère, quand même. C’est pas comme ça tous les jours non plus. Mais demain, c’est à peu près le même schéma…

Si en plus ce billet peut vous faire patienter en attendant quelque chose de plus scientifique, que je prépare depuis quelques jours sans pouvoir tout à fait le finir (par manque de temps, imaginez-vous), alors tout va pour le mieux dans le meilleur des mondes…

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Un stage qui commence bien : matériels et méthodes

Posté par Timothée le 21 January 2008 | ,

Comme vous ne le savez sans doute pas, j’ai pris mes nouveaux quartiers dans mon nouveau labo. Pour faire de la biologie. Et qui dit biologie dit organismes vivants, et ça implique échantillonnage.

Et quand on travaille sur des de Méditerranée, ça donne vite un truc très agréable. Et encore, pour le moment, on reste au dessus de la surface…

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Ces parasites sont identiques (Or are they?)

Posté par Timothée le 14 August 2007 | , , , , , , , , ,

Dans un précédent billet, je faisais part de mes remarques quant à l’utilisation de la morphologie pour identifier les , dans la mesure ou plusieurs paramètres pouvaient venir perturber le phénomène. Comme j’avais un peu de temps hier après-midi au labo, et bien envie de jouer avec la version 7 de JMP, je me suis lancé dans une rapide analyse de mes données, pour voir si c’était plutôt encourageant ou pas…

Rapide analyse est à prendre au sens “Analyse en composantes principales”, cela va de soi. J’explique. Je prend des mesures de différentes parties des organes d’attachement de mes . En suivant un bête raisonnement, on peut se dire que chaque valeur correspond à une coordonnée. Donc, il devient possible de représenter tout ça graphiquement. Problème, dans mon cas, on se retrouve avec un espace à 11 dimensions. Pas évident à visualiser, donc.

Le principe de l’ACP est qu’elle permet de représenter toutes les données sous forme de points, dans un espace à deux dimensions. Autrement dit, un basique repère avec un axe x et un axe y. Je passe sur les détails, il semblerait que savoir ça suffit à comprendre l’intêret de l’analyse.

Bref, cette analyse va avoir tendance à “regrouper” les points (donc, dans mon cas, les ) qui sont “proches”, sur l’ensemble de leurs variables. En gros, pour une tendance égale, on va avoir des “nuages de points” plus ou moins denses.

image-1.pngMe voila donc tout confiant, en train de lancer mon analyse. Et la, j’ai obtenu quelque chose de particulièrement intéressant: un nuage de points qui semblait s’être “coupé en deux”, avec une partie des points de chaque côté de l’axe. Allons donc. Si vous cliquez sur la miniature à côté de ce paragraphe, et que vous regardez comment se distribuent les points vert avec un marqueur +, vous verrez ce que je veux dire.

Nous avons donc la situation suivante: au sein d’une seule espèce de (très clairement identifiable, avec les critères que l’on a, c’est du 0% d’erreur), on peut distinguer deux groupes sur la base de critères morphomètriques (uniquement ceux de leur organe d’attachement). C’est tout? Bien sûr que non. En jouant un peu avec les légendes, je me suis rendu compte que tous les “de gauche” (ceux qui sont à part) ont été prélevés sur le même hôte. Et que ceux “de droite” (soit la majorité) sont issus de l’ensemble des autres hôtes. Quelle différence entre ces hôtes? L’hôte des “de gauche” est d’une espèce (et d’un genre) différente de celle de ses petits camarades.

Bien sûr, il y a un certain nombre de bémols à apporter à ce qui semble être un résultat plutôt intéressant. D’une part, l’individu de l’espèce qui semble avoir des avec une morphométrie différente était le seul de son espèce à avoir été examiné. Mais on va y remédier (pas avant janvier, je vous raconte pas le suspense). D’autre part, il est possible que les que j’ai examiné soient à un stade plus précoce de leur développement. J’y crois moyennement (dans la mesure ou après avoir vu ce résultat, j’ai récupéré des de l’individu en question conservés dans l’alcool, et qu’ils s’insèrent parfaitement au milieu des autres, ce qui indiquerait éventuellement une synchronicité de la population), mais ce n’est pas impossible.

En tout cas, ce résultat est intéressant. Il va maintenant falloir (en plus de la vérification sur d’autres hôtes) regarder la variabilité génétique, et qui sait, en tirer des conclusions…

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Monogenean chronicles

Posté par Timothée le 9 August 2007 | , , , , ,

Il y a des matins ou rien ne va, ou on ne trouve rien, ou on garde un tube de prozac à proximité de la paillasse, au cas ou. Et puis il y a ce matin. Ce matin ou j’ai passé sur le plateau de ma binoculaire les branchies d’une oblade (Oblada melanura), à la recherche de . Vu les derniers jours (plutôt tendance prozac), j’avais un niveau d’espérance quant à la présence de assez faible. Et surprise, en fait, ca bougeait dans tous les sens. D’ou forcément, quelques images assez sympathiques.

pict0004.JPG

Les branchies de l’oblade. Les petits vers gris que vous pouvez voir sont des monogènes ( spp. pour la plupart)

pict0009.JPG

Un autre monogène récolté sur les branchies du poisson. Sur la gauche de l’image, la “langue” que vous voyez est sa partie postèrieure, avec des crochets/ventouses un peu partout autour. Sur la droite, côté “bouche”, deux ventouses bien rondes. Une idée de la taille? A peu près 5 millimètres, la branchie du poisson fait environ 18 millimètres de long au total. Plutôt pas mal, hein?

Le meilleur pour la fin. Un monogène polyopisthocotylé (avec un organe de fixation complexe, donc), comme celui de la photo précédente, mais de taille plus “raisonnable” (de l’ordre du millimètre, à vue de nez). Et comme vous pouvez le voir, il est assez nerveux.

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Crustacés: il n’y a pas que des crevettes

Posté par Timothée le 4 August 2007 | , , , , , , ,

Je suis en train de bosser, vous le savez depuis mon dernier billet, sur quelques branchiaux de de Méditerranée. Et depuis quelques jours (plus ou moins 3 jours, en fait), je rencontre un nombre de assez hallucinant. Pas n’importe quels , en fait, puisqu’il s’agit de . Probablement mes préférés, d’ailleurs, et c’est pourquoi je vais leur consacrer un billet tout en images.

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