Le blog du Doc’

I am becoming a mac-running academic, which implies that I need to find the right piece of software for each use. After my switch from Word to LyX/LaTeX, I find out Journler, a note-taking application, that I use to keep track of my thoughts on the publications I read for my lab work. Eventually, I note in it some hypothesis and paragraphs for my soon-to-be Master’s thesis, which implies the use of references.

I wrote an Applescript which allows one to send selected Bibdesk entries into the current (selected) note in Journler, in the form

\cite{key1,key2}

You can download it right here.

Just put it in the Scripts folder of your Bibdesk application support’s directory.

I was waiting for LyX 1.5 to be released for a long time now. After weeks of unsustainable waiting, the WYSIWYM LaTeX editor is no longer a release candidate. After a little experiments of my own with this brand new version, which is very powerfull yet intuitive, I decided to find out if BibDesk integration was still easy.

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Via le blog de tylogrune, je découvre sciencehack, un youtube-like axé recherche.

Au contraire de JOVE (qui présente une vidéo sur l’infection des moustiques par Plasmodium assez sympathique), Sciencehack semble être axé vulgarisation.

Les animations 3D sont nombreuses, et ont l’air bien faites. Sciencehack risque fort de devenir un outil de choix pour les enseignants un peu portés sur le 2.0.

Ah oui, et dans la partie je découvre de nouveaux outils pour être plus productif, LabAssistant de chez mekentosj. Et puis tant qu’on en est à parler de productivité, ce billet d’Academic Productivity sur google scholar mérite le coup d’oeil.

Oui, j’en ai profité pour faire un genre de revue de presse, et entretenir l’illusion que ce blog avait un semblant d’activité

Je l’ai enfin fait. Quoi? Dire au revoir à Word, et sorti mon tube d’aspirine, pour me lancer dans LaTeX. Au programme de ce billet, donc, l’histoire d’une migration (presque) sans problèmes, les outils que j’ai choisi, et comment ils s’articulent. Et croyez moi, l’effort que ca demande est largement récompensé…
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Je suis en pleine séance de stats, et j’ai besoin de calculer l’index de diversité de Brillouin, qui me donne la diversité des parasites présents sur chaque individu. Excel ayant quelques difficultés, j’ai écrit une petite fonction en R qui me fait ça tout à fait bien.

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Cruel manque d’inspiration en matière de titre ce presque matin, toujours est-il que comme je viens de découvrir le logiciel Geneious, et que je suis en train de m’amuser avec (ca semble plutôt performant, d’ailleurs!), je vous ai fait un petit cadeau.

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