C’est quoi la spécificité?

Posté par Timothée le 27 July 2008 | , ,

Ceux qui ont fait un peu de dans leur vie, même médicale (on leur pardonne…), ont été confrontés à la notion de spécificité. Pour faire court, on vous a dit, comme à moi, qu’un parasite spécialiste allait infester une seule espèce d’hôte, contrairement au généraliste.

Cette classification binaire vous paraît un peu simpliste? Vous n’êtes pas le seul. En 1980, deux parasitologues français (Claude Combes, qui est actuellement à l’Académie des Sciences, et Louis Euzet, Pr. émérite à l’Université Montpellier 2 — que j’ai eu la chance de rencontrer la semaine dernière, et avec qui nous avons discuté, justement, spécificité, ergo ce billet) ont proposé une séparation en trois groupes : d’une part, les oïoxènes, parasites spécialistes au sens strict (une espèce d’hôte); ensuite, les sténoxènes, qui sont “spécialistes mais pas trop”, en ce qu’ils infestent plusieurs hôtes phylogénétiquement apparentés. Viennent les euryxènes, qui eux sont des généralistes, et infestent des hôtes partageant des caractères écologiques (autrement dit, qui vivent dans le même milieu, ou ont le même biorythme, les mêmes habitudes, etc).

Seulement, il y a d’autres méthodes pour déterminer si un parasite est spécialiste ou non. On peut considérer qu’un protozaire parasite, à large spectre d’hôte, mais qui n’infeste qu’un type cellulaire unique est, en quelque sort, spécialiste de ce type cellulaire — et donc spécialiste tout court, puisqu’il ne va pas aller se mettre ailleurs dans son hôte. On a donc une approche “écologique” et une approche “physiologique”. On pourrait dire, d’ailleurs, au motif que pour un parasite, son micro-habitat dans l’hôte représente sa niche écologique, que cette approche “physiologique” n’est rien d’autre que de l’écologie qui s’ignore. Ce débat n’est pas pour aujourd’hui.

Un autre facteur important dans la détermination de la spécificité, c’est la littérature. Quand on veut avoir une idée du spectre d’hôte d’un parasite, on compile des données, et plus particulièrement le nombre de fois ou on rencontre cette espèce sur différents hôtes. Seulement voila, ce n’est pas simple, parce que tout parasite commence sa carrière comme un spécialiste. Vous en doutez? Imaginons que vous arriviez dans un environnement nouveau, et que vous preniez un animal au hasard dans cet environnement. Lors du bilan parasitaire, vous découvrez de nouvelles espèces, que vous n’avez jamais vu ailleurs : ce sont des spécialistes. Si quelqu’un arrive après vous et fait une revue de littérature, il considérera ce parasite comme étant spécialiste, alors même qu’il est possible qu’il ne le soit pas.

A partir de ce constat, certains auteurs (Robert Poulin, par exemple) ont proposé de corriger le nombre d’hôtes d’une espèce par le nombre de publications concernant cette espèce — en gros, plus on a de papiers, plus on a de données, plus on a confiance dans le résultat. Seulement, réutiliser les données d’un papier à l’autre pour montrer des choses différentes, combiner les données, utiliser des jeux partiels qui se recouvrent d’un papier à l’autre est une chose courante. Il serait probablement plus juste de corriger par le nombre de jeux de données indépendants (si trois articles rapportent la présence de votre parasites sur un hôte, mais que ces trois articles utilisent le même jeu de données, vous le faites compter une ou trois fois?), mais ça demande un travail titanesque.

Et puis, il faut savoir qu’on rapporte les choses qu’on trouve, mais rarement celles qu’on ne trouve pas. Et pourtant, en matière de spécificité, dire “je n’ai pas trouvé ça ” est une information aussi importante que de dire ce qu’on a trouvé.

Vous remarquerez que depuis le début de ce billet, je ne fais que parler de parasites trouvés sur des hôtes, sans plus de détail. Mais comment se passe un cycle parasitaire? A chaque étape, un stade du parasite se débrouille pour passer dans un hôte suivant, pour devenir adulte, et libérer des stades infestants qui referont ce cycle. Souvent, ça se passe sans problèmes et le parasite suit son “chemin” d’hôte en hôte. Mais des fois, il y a des erreurs, et il arrive dans un endroit ou il n’est pas sensé se trouver. Et quand vous échantillonnez beaucoup, vous arrivez à croiser ces “transfuges”. Et vous le marquez dans votre tableau de résultats. Félicitations, vous venez de faire gagner un hôte à un parasite, et si ca se trouve, vous le faites passer de la case “spécialiste” à la case “généraliste”. Les profils de spécificité sont à refaire, et les papiers qui étudiaient les déterminants de la spécificité dans ce genre sont maintenant à prendre avec des pincettes. A moins que…

Le spectre d’hôte, est-ce seulement l’ensemble des hôtes sur lesquels un parasite d’une espèce donnée peut se trouver? Ou alors, est-ce les hôtes sur lesquels il peut boucler son cycle? Si pour les parasites à cycle complexe (plusieurs hôtes avant la phase adulte), la question se pose moins (les “transfuges” finissent en général dans des impasses parasitaires), pour les parasites à cycle direct, comme les monogènes, il est primordial de le déterminer.

Je n’ai pas la réponse à ces questions — sinon je serai en train de la publier dans une vraie revue, hé —, mais je pense qu’elles sont particulièrement intéressantes. Notamment parce qu’elles mettent bien en avant comment notre compréhension des systèmes naturels dépend lourdement de concepts que nous fixons, et qu’introduire de nouveaux concepts entraîne une modification de notre vision des choses…

Note : l’image de ce billet est le logo du programme TreeMap.

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Brèves #6

Posté par Timothée le 25 July 2008 | , ,

Quelques .

MonkeyTeXeditor : Edition de documents en ligne. Pas encore essayé, mais ça peut s’avérer utile.

La rédaction des papiers avance. est mon ami, et Elsevier qui propose des styles et fichiers de bibliographie aussi.

Si je devais changer une chose dans l’édition scientifique? Déclaration obligatoire de “qui fait quoi”. Fini les signatures de complaisance. Quoique. “Third author brought (his own) coffee during team meetings, made loud and mean comments about quality of work and academic future of authors 1 and 2, and consumed a lot of space moving purposelessly in the lab“, ça aurait de la gueule.

How to blog, get tenure, and prosper. A lire.

Le C@fé des Sciences a un nouveau logo. Si vous nous aimez, vous pouvez mettre http://cafe.enroweb.com/habitue.png quelque part chez vous.

Un billet un peu plus sérieux à prévoir : comment on fait une phylogénie sans lacher un seul euro (à part pour acheter un mac).

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Genepartner : du grand n’importe quoi?

Posté par Timothée le 22 July 2008 | , , ,

A chaque fois que je lève la tête de la rédaction de mes papiers, ces derniers jours, c’est pour que le peu d’estime que j’ai pour notre belle société en prenne un coup. Et ce matin, en relevant mes flux RSS (pendant que je réfléchissais à comment écrire proprement une fonction R, mais passons), je suis tombé sur un billet de qui s’étonnait de voir qu’un service comme Genepartner pouvait exister.

Genepartner, c’est quoi? Une boîte de biotech qui vous propose de trouver votre partenaire idéal d’un point de vue . ? Oui. A l’heure ou on écrit des textes comme ça, ça fait peur (j’en profite pour linker l’excellent de Thomas Heams). Sur quoi on se base? Facile, avant même de cliquer sur l’onglet “Science”, j’avais trouvé que ça parlerait d’HLA et des travaux de Claus Wedekind en 1995.

Pourquoi? Parce que Wedekind, avec une méthodologie qu’on apprécie ou non, avait montré qu’on cherchait avant tout la diversité dans les allèles du HLA (le nom du complexe majeur d’histocompatibilité chez l’humain, une série de molécules tout à fait passionnantes qui détectent le “soi” et le “non-soi” dans le système immunitaire) — en gros, les femmes étaient attirées par la sueur des homems qui avaient la configuration allèlique la plus différente de la leur.

Différentes études ont montré qu’en milieu naturel, la diversité du MHC (le HLA, donc, au sens large) était plus divers en présence de pathogènes qu’en conditions relaxées (au hasard, Wegner et coll. en 2003 et Simkova et coll. en 2005 — les deux sont en accès libre, le deuxième est un lien direct vers le PDF). Et c’est normal, parce que les molécules du MHC sont très spécialisées dans la reconnaissance de certains motifs, je passe la partie ‘Vous avez gagné un cours d’’. Donc, plus on a d’allèles différents, plus on est protégé. Et la sélection, en présence de pathogènes, pousse à la diversification.

Le principe de Genepartner est de vous mettre en relation avec les personnes qui ont le génotype HLA le plus éloigné du votre. Pour que les futurs enfants soient “résistants à un maximum de maladies”. On retrouve le même délire eugéniste que chez Good genes dating

Et pusi raisonner comme ça, c’est aussi oublier l’importance des memes.

Bref… Il y aurait beaucoup à dire, mais j’ai tellement mieux à faire… Je vous laisse vous promener sur leur site, c’est assez drôle (si toutefois on a un humour un peu particulier).

Via Presse-Citron

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Hackademics : my 2 ¢ pour vos présentations

Posté par Timothée le 21 July 2008 |

Passer devant tout plein de monde pour présenter ses travaux est une étape obligée de l’étudiant en sciences (et du chercheur en congrès, ou du futur HDR, …). Et, inversement, on se retrouve souvent à faire partie de ce “tout plein de monde”, à écouter nos collègues nous raconter leur vie au labo, et dire que quand même, p=0.0501, c’est moche.

Avouons le, il y a des fois ou les présentations font mal aux yeux. Matthieu nous avait donné ses 4 ½ conseils pour réussir à pousser un public de petits lutins joyeux dans la dépression. Je vais vous donner les 5 et quelques points que j’essaie d’appliquer quand je dois préparer une présentation. Vous trouverez beaucoup d’autres conseils en cherchant, mais je vais essayer de trouver 5 points minimum auxquels une présentation devrait  satisfaire dans mon monde idéal.

0. Qui parle?

Point 0 car, si il n’est pas ‘primordial’, il est quand même important. Rappelez, sur la première diapo, qui vous êtes et ou vous travaillez. Ca permet aux personnes de l’assistance de savoir qui parle. Pensez aussi a remercier ceux qui ont participé à l’étude, quitte à y consacrer une diapo finale à base de photos pas forcément valorisantes (”Ouaouh, Tim, c’est toi sur la photo?” “Ben…”)

1. Les couleurs

Le mieux est l’ennemi du bien. Essayez de garder un nombre très restreint de couleurs au long de votre présentation. Ce qui sort le mieux, d’après mon expérience personelle, c’est noir sur blanc, orange et blanc sur noir. Le reste a tendance à perdre beaucoup en constraste quand on le projette. Eventuellement, vous pouvez mettre le titre de la diapo dans un cadre.

Si possible, au cours des figures que vous présentez (j’y reviens, c’est important les figures…) essayez de garder une certaine cohérence dans les couleurs. C’est peut-être du chipotage, mais rapellez vous aussi que les daltoniens ne distinguent pas le rouge et le vert…

2. Le texte

Ca ne sert à rien! Moins vous en mettez, mieux c’est. Si on vous demande d’être présent quand vous présentez vos résultats, c’est parce que vous avez des choses à dire; par conséquent, les écrire et les lire fait doublon, vous n’apportez pas de valeur ajoutée à votre présentation, et donc vous n’êtes pas 100% utile. Et pire encore, le public aura fini de lire plus vite que vous ne parlez : vous serez un “bruit parasite”.

Si du texte est indispensable, essayez de le maintenir le plus court possible. Pas de phrase complète, surtout, sinon votre public se met à lire et arrête de vous écouter.

La présentation “idéale” pour être sûr que le public vous écoute, ne comporte que des images. On l’a fait, c’est long à préparer, mais ça force les auditeurs à être attentifs. Oui, c’est une technique fourbe. Et alors?

3. Les images

Puisque vous n’avez pas le droit au texte, il va falloir se concentrer sur les images. La règle numéro 1 que j’applique est le dépouillage. Autrement dit, on enlève tout ce qui n’est pas absolument nécessaire pour faire passer le message. Si on peut remplacer un texte par un visuel, on le fait. De toute manière, vous serez la pour expliquer.

Il va sans dire que les images doivent être de bonne qualité pour être parfaitement lisibles une fois projetées, sinon vous perdez tout l’intérêt de la chose. Dans un monde idéal, une image doit être lisible en quelques secondes, le temps de votre transition. Il est donc hors de question de la surcharger. Et si votre image finale est très complexe  (comme, au hasard, ce schéma montrant deux hypothèses antagonistes), vous pouvez toujours la découvrir par parties (voir point 5). De manière synchrone avec votre discours. Ca vaut pas tous les textes du monde, ça?

4. DRY/KISS : Don’t repeat yourself / Keep it simple, stupid

Ou “Une idée par diapo et une diapo par idée”. Et pas trop de diapos avec de “grosses” idées. Voila pourquoi j’évite le texte : on a tendance à trop en mettre.

Il faut qu’à la fin de la diapo, vous ayez apporté une nouvelle information (avec éventuellement ses corollaires). Une fois que c’est fait, n’y revenez pas : dire deux fois la même chose risque de troubler votre auditoire. Eventuellement, préparez une belle diapo de conclusion, avec du texte (sauf si vous pouvez faire un schéma pas trop imbitable), pour reprendre tout ce que vous avez apporté à la science.

La première règle que j’ai oublié quand j’ai commencé à faire des présentations, c’est celle qu’on m’avait donné pour mes dissertations au lycée : “dis le, dis le encore, et dis que ça a été dit”. D’autant que le temps est limité, et qu’à chaque minute que vous vous octroyez en plus, 10% supplémentaires de votre assistance se mettent à vous détester, et envisagent sérieusement la lapidation. C’est pour ça que faire la présentation un bon nombre de fois devant des personnes “neutres” est un bon exercice.

5. Vérifiez le matériel disponible!

J’ai appris l’autre jour, à mes dépens, qu’un rétroprojecteur est utilisé avec des transparents, et que je ne peux pas brancher mon Mac dessus. Du coup, j’ai rendu myxomateux une vingtaine de personnes qui ont été forcés de suivre une présentation sur l’écran de mon portable, dans une salle relativement grande. Et devinez quoi? Ca n’a pas joué en ma faveur…

De la même manière, essayez de savoir quelle version de powerpoint (ou keynote) est installée sur l’ordinateur, ou demandez si (et c’est le mieux) vous pourrez venir avec votre propre matériel. Sinon, la solution la plus sûre consiste à faire un PDF. Ca vous oblige en plus à vous limiter à des animations très simples (caché/révelé), ce qui évite de surprendre l’auditoire…

Et puis vous n’aurez pas à dire, le jour de votre soutenance : “Comme vous ne pouvez pas le voir sur cette diapo, mais faites moi confiance, …”.

Bonus 1 : préparez des appats à questions

Technique qui atteint le summum de la fourberie, qui m’a été gracieusement fournie par un ami qui a toujours plus de choses à dire que de temps pour le dire : les appats à questions. Ce sont des petites piques, qui font très clairement savoir qu’on à beaucoup plus à dire, mais qu’on ne le dit pas, histoire que le jury / l’auditoire, à la fin de l’exposé, vous demande si “vous pourriez revenir sur […], que vous avez évoqué tout à l’heure?”.

Et la, vous répondez “Mais bien sûr, j’ai même une diapo bonus pour en parler”, et en plus d’avoir gagné 2 minutes de présentation, vous passez pour quelqu’un qui a la situation bien en main. J’ai vu faire une fois, c’est impressionant. Mais un peu risqué. Donc je n’utilise pas.

Plus généralement, gardez toujours un jeu de 2 ou 3 diapos sur des sujets divers et variés, notamment les questions qu’on vous a posé pendant la préparation de votre talk, au cas ou on aborde le sujet le jour J.

Bonus 2 : les diapos-tampons

Le bonus 2 est une technique particulièrement simple, mais qui permet de finir à peu près dans les temps même si on a traîné sur une diapo.

Dans la même veine que le point “Une idée par diapo …”, il est conseillé de faire une diapo par minute. Soit 1 minute = 1 diapo = 1 idée. Seulement voila, certaines diapos sont un peu plus subtiles que d’autres, et si vous voyez des regards perdus qui vous fixent en essayant désespérement de comprendre ce que vous êtes en train d’expliquer, la minute devient vite 1′30, voire 2 minutes dans le pire des cas.

D’ou la diapo “tampon”. Que je place après une diapo un peu plus corsée que les autres, et pour laquelle j’ai plusieurs versions. Une longue, avec le making-of, si la diapo d’avant est bien passée. Une courte, si jamais j’ai traîné. Et la version d’urgence, si je suis méga en retard. Au final, intercaler quelques diapos “tampon” est une bonne chose, notamment pour rentrer dans son timing avant les diapos finales (si on peut expédier une diapo de transition en 15 secondes, c’est plus délicat de le faire avec une diapo récapitulative).

The end

Voila ou j’en suis de mon state of the art de la préparation de présentations. Evidemment, tout ceci est ouvert à vos remarques, critiques (positives…), commentaires…

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Tu ne contrediras point (sous peine de représailles)

Posté par Timothée le 17 July 2008 | , ,

Je vais vous raconter une histoire. L’histoire d’un étudiant que je connais, de près ou de loin peu importe (toute ressemblance avec une situation existante serait fortuite, etc), qui vient de finir son M2 (et qui ne fais pas de thèse ensuite, enfin peu importe). Et qui comme beaucoup d’autres étudiants, a décidé de passer encore un peu de temps dans son labo, parce qu’il a des petites manips à finir, et des papiers à rédiger.

Comme c’est un étudiant, il est obligé de demander une autorisation de stage à son UFR, sous la forme d’un avenant à l’ancienne convention de stage (une pure formalité, le document doit être signé par un responsable du labo et une personne de l’UFR).

Le problème de cet étudiant, c’est qu’il a tendance à être très honnête, très franc, très direct, et à l’ouvrir quand ça ne va pas. Et surtout, à ne pas s’écraser face au l’argument d’autorité. Et pour ne rien arranger, il est en conflit plus ou moins déclaré avec son directeur de master.

Et ce matin, il apprend (et j’ai été tenu au courant de la bonne nouvelle) que son directeur de master, ayant été tenu au courant de la prolongation de son stage, s’en est trouvé très indisposé. Et qu’il l’a aussitôt fait savoir à l’UFR, en leur demandant par courrier d’annuler la convention de stage. Avec toutes les conséquences que ça implique : impossible de retourner au labo, donc de finir les manips, donc de rédiger les papiers, etc.

Je serai curieux de savoir quels argument sont invoqués pour faire annuler l’avenant (autre que “Il ne s’est pas laissé faire quand ça a été n’importe quoi, et il n’a pas trouvé ça normal quand j’ai refusé d’écouter ce que mes étudiants avaient à me dire”). J’ai bon espoir que son très estimé directeur de master se fasse renvoyer dans ses grandes longueurs par l’administration (ou le directeur du labo), mais la démarche en elle même m’a quand même collé la gerbe pour une bonne partie de la matinée.

Je relisais les commentaires suite à la démission de Xavier Dunezat, sur le de Baptiste Coulmont, et notamment ceux qui parlent du traitement que certains directeurs de filière réservent aux étudiants. On est en plein dans le même délire. Un petit chef qui tente de régler ses conflits personnels avec un étudiant un peu vindicatif (et qui en plus décide de ne pas faire de thèse, alors autant le finir sur une humiliation) en utilisant son poids administratif. J’applaudis des deux mains l’honnêteté de la démarche. N’ayant pas eu le courrier sous les yeux, je ne sais pas sur quels motifs la demande d’annulation de la convention de stage se base (ce à quoi je vais tenter de remédier, juste par curiosité), et n’en dirais donc pas plus.

Toujours est-il que ce soir, je me sens coupable de savoir que je peux travailler dans les mêmes murs que ce genre de personnes…

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