Archive de la catégorie 'Tous les billets'

Brèves #5

Posté par Timothée le 24 June 2008 | , , ,

Sur le vif, quelques infos…

Je sors de ma première audition pour une . Mon stress post-traumatique se résorbe doucement. Quelle idée de se mettre en costume alors qu’il fait 42 °C à Montpellier…

La galerie de virtuelle est une réalité : check it out!

Le C@fé des Sciences est une vraie asso, avec un vrai système de cotisation, 10 € pour les étudiants, 20 € pour les autres. Au nom de l’, si vous n’avez pas de chromosome Y, j’accepte les paiements en nature.

Mon serveur SQL est dans les choux, et refuse les billets de plus de 300 mots. OVH ne semble pas décidé à régler mon problème. Dès que j’aurais trouvé un hébergeur plus compétent/dévoué, je reviens avec des choses plus intéressantes (et le grand FSM sait que j’en ai en réserve…)

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Galerie virtuelle de minéralogie

Posté par Timothée le 17 June 2008 | ,

Elle a un profil facebook. Un site web a son nom.

Elle? C’est la “Galerie virtuelle de ”, du . Pour l’occasion, la science s’invite même sur YouTube.

La galerie sera lancée vendredi soir au en présence notamment de blogueurs, dont… moi.

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Le vétérinaire, le systématicien, et le thermocycleur

Posté par Timothée le 12 June 2008 | , , , , ,

GyrodactylusImaginez la scène suivante. Un vétérinaire rencontre deux confrères, un systématicien adepte de la microscopie, et un autre plus porté sur la . Avec un problème bien particulier en tête. Depuis quelques jours, des envahissent les bassins d’ (ou plutôt les poissons qu’ils contiennent) dans lesquels il travaille. Il faut donc déterminer, rapidement, si ces sont dangereux et risquent de décimer l’élevage.

A charge pour ses confrères de le renseigner sur l’identité de cette espèce. Notre vétérinaire a donc pris avec lui deux individus, et les distribue a ses deux confrères.

Le premier sort de sa poche un microscope (c’est de la science fiction, je distribue des microscopes de poche si j’en ai envie), monte le parasite entre lame et lamelle, branche sa caméra, son ordinateur, et commence son identification. Avec quelques observations bien senties, les mesures morphométriques qui correspondent (avec par exemple la même méthode que Shinn et ses collaborateurs). 5 minutes plus tard, notre systématicien rend la lame avec le parasite au vétérinaire, et lui donne son diagnostic, sous forme d’un nom d’espèce. Hautement pathogène.

Son collègue plus porté sur la prend le parasite (préalablement placé dans un peu d’alcool), et direction le labo. Une petite journée d’extraction, on décongèle les bons primers, une ou deux PCR, et direction le séquençage. Trois jours plus tard (c’est de la fiction…) réception des séquences. Un peu de bioinformatique, pour le fun, et notre deuxième systématicien décroche son téléphone pour appeller son collègue vétérinaire.

— J’ai fini d’analyser ta bestiole, et…

— Trop tard, j’ai déjà l’identification, c’est salaris

— Le BLAST dit la même chose, mais…

— Mais quoi?

— … mais le BLAST ne donne par un super résultat, les distances génétiques entre ta souche et les autres sont trop grandes, ça ne peut pas être la même espèce.

— Alors, on fait quoi?

— Aucune idée. Bon courage!

Ca peut semble surréaliste, mais dans la réalité, même si les données morphologiques nous hurlent que deux individus appartiennent à la même espèce, les distances génétiques peuvent être très importantes. Et Hansen et son équipe ne disent pas autre chose, en estimant que la diversité du genre Gyrodactylus, dont 400 espèces sont connues, pourrait être en réalité de 25000 espèces.

Et comme un fait exprès, c’est un des résultats que j’ai obtenu pendant mon stage, durant lequel j’ai travaillé sur les Lamellodiscus de sparidés (vous pouvez lire le mémoire ici, 40 pages, PDF, 4.2Mo). Il existe de fortes présomptions que la diversité réelle des Lamellodiscus, des Gyrodactylus, et pourquoi pas de l’ensemble des . Ce qui finira pas poser plusieurs problèmes.

Pour les vétérinaires, déjà, il est important de trouver des marqueurs qui permettent de déterminer si une souche est pathogène ou non. Si les distances entre individus sont très importantes, cette tache va devenir très difficile.

Pour les évolutionnistes, comprendre le profil de spécificité, l’histoire évolutive, et d’autre choses encore, demandent une phylogénie robuste. Qu’il est très difficile d’obtenir sans un échantillonage intensif, et même dans ce cas, il est possible qu’on aie des difficultés à mettre clairement des espèces en évidence.

Sur ces bonnes paroles, je m’en retourne à la préparation de mes soutenances pour les écoles doctorales… C’est pas une vie, d’être en M2…

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Hôte et proie : pourquoi ce n’est pas la même chose…

Posté par Timothée le 5 June 2008 | ,

Dans son dernier billet, Fulmar, notre écologiste raisoné préferé parlait d’interactions “proies-” et “proies-parasitoïdes”, un terme qui m’a bien entendu fait dresser les cheveux sur la tête.

Entre deux finalisations de ma keynote pour la dernière soutenance de mon master, je me suis dit qu’il fallait à tout prix expliquer pourquoi la différence entre proie et hôte n’est pas juste une question de vocabulaire, mais recouvre bien une différence biologique importante.

Il existe une différence de taille — et de temps — entre un système hôte-parasite et un système proie-prédateur. La définition “classique” du parasitisme (ce qui a été proposé par Crofton en 1971, il faudrait que je remette la main sur le papier) prévoît que l’hôte est de plus grande taille que le parasite, puisque ce dernier vit dans/sur son hôte. Les relations proie-prédateur ne prévoient pas particulièrement de différence de taille.

Mais le plus important est sans nul doute la différence temporelle entre les deux systèmes. L’interaction entre une proie et son prédateur est (d’un point de vue évolutif) instantanée : la proie se fait manger, le prédateur repart, fin de l’histoire. Dans le cas des , la limite de l’interaction est la mort d’un des deux partenaires, puisque l’hôte devient le milieu de vie du parasite.

Les conséquences évolutives ne sont pas les mêmes. La proie cherche à se cacher, ou a courrir plus vite. Le parasite chercher à augmenter son succès d’infestation, et son taux de survie à l’intérieur de l’hôte; parce que c’est une autre différence importante : une fois le parasite installé, la situation se renverse, et le système immunitaire de l’hôte se déchaîne contre lui. La sélection s’opère donc deux fois : pour la recontre (et l’évitement, chez l’hôte) et pour la survie (et l’élimination, chez l’hôte toujours).

Un hôte, ce n’est pas une proie. On ne se serait pas amusé à concevoir deux termes s’il n’y avait eu qu’une réalité biologie (évolutive, écologique) derrière (quoique…). Même si la parasito n’est pas la discipline préférée du [reste du monde - les parasitologues], ne mélangeons pas tout…

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Le travail ne paie plus?

Posté par Timothée le 30 May 2008 |

Ce billet est un appel rapide a mes informateurs : J’ai entendu dire que les bourses sur critères universitaires pour les M2 allaient être supprimées à la rentrée prochaine. Quelqu’un peut confirmer? Il y aura une solution de remplacement pour ceux qui ne sont pas éligibles à une bourse sur critères sociaux?

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