Le blog du Doc’

Je vais vous raconter une histoire. L’histoire d’un étudiant que je connais, de près ou de loin peu importe (toute ressemblance avec une situation existante serait fortuite, etc), qui vient de finir son M2 (et qui ne fais pas de thèse ensuite, enfin peu importe). Et qui comme beaucoup d’autres étudiants, a décidé de passer encore un peu de temps dans son labo, parce qu’il a des petites manips à finir, et des papiers à rédiger.

Comme c’est un étudiant, il est obligé de demander une autorisation de stage à son UFR, sous la forme d’un avenant à l’ancienne convention de stage (une pure formalité, le document doit être signé par un responsable du labo et une personne de l’UFR).

Le problème de cet étudiant, c’est qu’il a tendance à être très honnête, très franc, très direct, et à l’ouvrir quand ça ne va pas. Et surtout, à ne pas s’écraser face au l’argument d’autorité. Et pour ne rien arranger, il est en conflit plus ou moins déclaré avec son directeur de master.

Et ce matin, il apprend (et j’ai été tenu au courant de la bonne nouvelle) que son directeur de master, ayant été tenu au courant de la prolongation de son stage, s’en est trouvé très indisposé. Et qu’il l’a aussitôt fait savoir à l’UFR, en leur demandant par courrier d’annuler la convention de stage. Avec toutes les conséquences que ça implique : impossible de retourner au labo, donc de finir les manips, donc de rédiger les papiers, etc.

Je serai curieux de savoir quels argument sont invoqués pour faire annuler l’avenant (autre que “Il ne s’est pas laissé faire quand ça a été n’importe quoi, et il n’a pas trouvé ça normal quand j’ai refusé d’écouter ce que mes étudiants avaient à me dire”). J’ai bon espoir que son très estimé directeur de master se fasse renvoyer dans ses grandes longueurs par l’administration (ou le directeur du labo), mais la démarche en elle même m’a quand même collé la gerbe pour une bonne partie de la matinée.

Je relisais les commentaires suite à la démission de Xavier Dunezat, sur le blog de Baptiste Coulmont, et notamment ceux qui parlent du traitement que certains directeurs de filière réservent aux étudiants. On est en plein dans le même délire. Un petit chef qui tente de régler ses conflits personnels avec un étudiant un peu vindicatif (et qui en plus décide de ne pas faire de thèse, alors autant le finir sur une humiliation) en utilisant son poids administratif. J’applaudis des deux mains l’honnêteté de la démarche. N’ayant pas eu le courrier sous les yeux, je ne sais pas sur quels motifs la demande d’annulation de la convention de stage se base (ce à quoi je vais tenter de remédier, juste par curiosité), et n’en dirais donc pas plus.

Toujours est-il que ce soir, je me sens coupable de savoir que je peux travailler dans les mêmes murs que ce genre de personnes…

Ne vous laissez pas impressionner par le titre, vous allez voir qu’il n’y a rien de bien méchant dans ce billet. Posons nous plutôt une question toute simple. Imaginons qu’on veuille se pencher sur l’occurrence d’évènements de diversification (spéciation, etc) dans un groupe pour lequel il n’est pas forcément évident de faire de la biologie moléculaire (parce qu’on manque de marqueurs, de temps, d’argent, de protocoles rodés, ou de tout ça à la fois). Pour voir si ça vaut le coup de se lancer dans un travail moléculaire approfondi, il est intéressant d’avoir à notre disposition un proxy, autrement dit un moyen détourné, de voir si on observe des différences, qui révèleraient des évènements de diversification.

Le principe est assez simple. On veut montrer que dans une “espèce”, il existe plusieurs groupes bien distincts, qui pourraient éventuellement être le signe qu’une spéciation est en cours. Pour montrer ça, une des méthodes possibles est de mettre en évidence l’existence de différentes populations (par exemple, les infra-populations d’un parasite généraliste sur ses différents hôtes) au sein d’une espèce (on se place au niveau intra-spécifique, d’où la microévolution).

Comme toujours, le problème est de déterminer quel seuil de différence est à atteindre pour considérer qu’on fait partie de la même espèce, ou uniquement du même genre (et c’est vrai aussi au niveau moléculaire), mais on va dire que ça ne nous intéresse pas vraiment dans ce cas. Pourquoi? Parce qu’on cherche juste à voir si on observe ou non des “motifs”, en gros, si tout est bien homogène, ou si il existe des différences.

Et justement, la morphométrie peut être une outil bien pratique pour ce type d’études. En gros, ça consiste à prendre plein de mesures (les mêmes!) sur plein d’individus, et à voir si des groupes se forment, ou pas. On dispose de méthodes “exploratoires” pour ça (ACP, entre autres), qui vont regrouper les individus similaires, et éloigner les autres (certaines méthodes forcent la formation de groupes, d’autres non). Par la suite, on peut tester la différence entre les groupes qu’on observe, pour déterminer si elle est significative.

L’avantage de la morphométrie sur la simple morphologie (après tout, il serait aussi possible de dire “Oui mais regardez, cette petite pièce elle est un peu plus courbe, alors c’est que c’est différent!”) est qu’on passe d’une approche qualitative (et discrète : c’est courbe ou c’est pas courbe) a une approche quantitative (on peut mesurer des distances entre individus, et des moyennes pour les populations, etc). Autre avantage, une fois qu’on s’est mis d’accord sur les distances à relever, on met de côté le biais lié à l’observateur (”courbe”, c’est assez flou, et ça peut varier d’une personne à l’autre, alors que 2µm, c’est 2µm quoi qu’il arrive).

Ceci dit, il faut savoir quoi mesurer. Et il faut un organisme qui s’y prête. Essayez de faire de la morphométrie sur une bactérie, vous allez voir comment vous allez rigoler. En revanche, sur des genres qui ont des organes un peu solides, bien visibles, et avec plein de landmarks caractéristiques (comme mes petits parasites), c’est tout de suite beaucoup plus facile.

On peut cependant faire quelques remarques contre cette approche. Pour commencer, elle pose une hypothèse (très) forte : on ne mesure que des individus adultes (avec un cycle de développement rapide, ça peut ne pas poser trop de problème, mais une petite vérification est quand même conseillée…). Et mesurer des organes c’est bien, mais savoir à quoi ils servent, c’est mieux. La morphométrie aurait probablement plus d’impact si elle était couplée à une étude (au moins à des connaissances) fonctionnelle des pièces mesurées.

Et enfin, il y a des considérations “biologiques” qui interviennent. Si on observe une différence, qu’est-ce qui permet de trancher entre spéciation et plasticité phénotypique (le fait qu’une même génotype donne plusieurs phénotypes)? Les données moléculaires! Si on n’observe pas de différence, est-ce la preuve d’une absence de divergence entre les groupes? Ou est-ce que absence of evidence is not evidence of absence, comme le disait Sagan?

Pour résumer, cette approche peut être une bonne première approche, et peut même permettre de mettre en évidence des choses assez innatendues (mais j’en reparlerai plus tard). Ceci dit, elle prend toute sa puissance quand elle est couplée à un travail moléculaire.

Hier après midi, je me prommenai place de la Comédie à Montpellier, quand surgi de nulle part, un militant a tee-shirt vert m’aborde en me demandant si “l’écologie m’intéresse”. Si on vous pose la question, sachez que pour Greenpeace, la réponse “L’écologie oui, l’écologisme moins, et la nature comme religion moins encore” est mauvaise.

OK je n’aime pas tout ce que Greenpeace fait (ils font des choses bien, et… et le reste…), du coup j’ai tendance à être un peu sarcastique en leur présence. Bref, pour une fois, j’ai réussi à établir un dialogue, et nous en sommes venu à “mais moi je fais de l’écologie dans la vie, c’est mes études, j’ai donc une petite idée sur le sujet”.

La question suivante était “Qui te finance?”. Ce n’est un secret pour personne, ceux qui me financent, c’est le CNRS (et l’année prochaine, ce sera à moitié la région, enfin passons). A ce moment là, j’ai vu une lueur d’assez profond dégoût dans les yeux de mon interlocuteur. Qui m’a répondu “Ah, des collectivités territoriales… Donc tu es obligé d’être d’accord avec tout ce que fait le gouvernement, et c’est pour ça que tu es opposé à GreenPeace.”

Je ne sais pas comment on peut en arriver la. J’hésite entre la mauvaise foi et la stupidité profonde. Ou il faut y voir un endoctrinement des militants par certains responsables de l’association. Mais quand on vient me dire que Greenpeace veut travailler avec les chercheurs, et que dans la rue on me fait passer pour un pantin “à la solde du gouvernement” (je cite…), ça a tendance à me faire doucement rigoler.

Alors voila, scoop, le Lyssenkisme c’ets fini, ce n’est pas parce que le financement vient de l’état qu’on fait de la science UMP, ce n’est pas parce qu’on bosse au CNRS qu’on est d’accord avec tout ou partie de ce que fait le gouvernement. Et ce n’est pas parce qu’on refuse de penser que Greenpeace est le garant de la morale écologique de notre société qu’on mérite le bûcher (ce n’est pas un bon exemple, le bilan carbone d’une immolation doit être mauvais)…

Sur ce, je retourne à ma paillasse.

C’est l’été, et vous avez envie de yaourt. De yaourt fait maison, mais malheureusement, vous n’avez pas de quoi en faire. Pas de panique.

Hervé This, notre spécialiste national en gastronomie moléculaire (et non “cuisine moléculaire” comme je l’avais écrit au début, merci à Claude Costiou pour la correction) peut vous aider: il vous explique comment vous en tirer, sur science’cuisine, son nouveau blog portant le sous-titre “Atelier interactif de gastronomie moléculaire”.

Particularité de ce nouveau venu? Il est participatif. Chaque mois, le maître des lieux vous propose un nouveau thème, et surtout vous offre la possibilité de confronter votre expérience avec celles des autres internautes. Non seulement vous apprenez de nouvelles recettes, mais en plus vous savez – chimiquement parlant – ce que vous faîtes, et vous pouvez échanger vos impressions avec d’autres.

Sans plus attendre, allez lui rendre une petite visite (tout en gardant en tête que les choses sérieuses ne commenceront qu’en septembre…)

Sur le vif, quelques infos…

Je sors de ma première audition pour une thèse. Mon stress post-traumatique se résorbe doucement. Quelle idée de se mettre en costume alors qu’il fait 42 °C à Montpellier…

La galerie de minéralogie virtuelle est une réalité : check it out!

Le C@fé des Sciences est une vraie asso, avec un vrai système de cotisation, 10 € pour les étudiants, 20 € pour les autres. Au nom de l’association, si vous n’avez pas de chromosome Y, j’accepte les paiements en nature.

Mon serveur SQL est dans les choux, et refuse les billets de plus de 300 mots. OVH ne semble pas décidé à régler mon problème. Dès que j’aurais trouvé un hébergeur plus compétent/dévoué, je reviens avec des choses plus intéressantes (et le grand FSM sait que j’en ai en réserve…)