Le blog du Doc’

N'a pas de facteur d'impact, mais y travaille.

Archive for août, 2008

[EMOP-X] Il est trop tard pour le barcoding

Un commentaire

Le principal problème qu’on rencontre au moment de la collecte d’un individu est souvent celui de l’identification. Utiliser l’ADN pour résoudre ce problème semble une approche prometteuse, et c’est ce constat qui a lancé le mouvent barcoding. Pour ceux d’entre vous qui ne savent pas ce dont il s’agit, une rapide introduction.

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Le barcoding consiste a coller un tag génétique sur une espèce, en utilisant un fragment de quelques 600 paires de bases du gène mitochondrial Cox 1 (COI), qui possède l’avantage d’être hypervariable (tout en étant codant, donc soumis à une pression évolutive).

On compile ensuite ces séquences dans des bases de données, et quand on trouve un nouvel échantillon, il suffit d’extraire de l’ADN, de lancer une PCR, de trouver la séquence, et on arrive a identifier de quelle espèce il s’agit. Ca présente un avantage conséquent sur la méthode traditionnelle, qui se déroule en deux temps. Pour commencer, une identification grossière a un niveau taxonomique important (par exemple, la famille, dans le meilleur des cas le genre); par la suite, on appelle un expert qui est capable de donner un diagnostic au niveau de l’espèce.

Voila l’avantage du barcoding. Si vous essayez de penser à ce qui doit être accompli avant, vous allez en arriver au deuxième point de ce billet; il est trop tard pour faire du barcoding.

Pourquoi est-il trop tard?

Comme vous l’aurez remarqué, le barcoding consiste a prendre une espèce que l’on connaît, et a obtenir son barcode, c’est à dire la partie du gène COI qui nous intéresse. Le prérequis est donc… une connaissance de la taxonomie! Autrement dit, il faut nécessairement, afin que le barcoding aie la moindre chance de fonctionner, qu’on archive la connaissance des systématiciens — qui, comme il a été dit lors du symposium à ce sujet, ne sont “plus tout jeunes”.

Autrement dit, on est maintenant tout à fait capables de collecter les étiquettes, mais on ne sait pas nécessairement sur quoi les coller. Et, croyez le ou non, la masse d’informations qui est dans la tête des systématiciens est impressionnante. On se lance donc un peu tard dans une vaste opération d’archivage…

Le barcoding me fait l’effet d’un pansement sur une fracture ouverte… Il y a de l’idée, mais on ne va jamais s’en sortir. Et encore, ce n’est que si on considère que la méthode actuelle, qui consiste à utiliser un petit bout de gène, est suffisamment résolutive. Puisqu’on ne parle pas, évidemment, d’utiliser d’autres gènes, nucléaires par exemple…

La solution qui me plaît beaucoup (et qui n’est pas de moi), c’est de créer des instituts qui regrouperaient ceux qui ont la connaissance systématique sur différents groupes, par région (Europe, Afrique, …). De cette façon, on pourrait avoir au même endroit ceux qui peuvent identifier, et ceux qui peuvent développer des méthodes d’identification moléculaire.

Ca implique, évidemment, un financement à long terme — et donc pas des projets sur 5 ans — de la part de plusieurs partenaires…

Disclaimer : Ce billet a été écrit suite au symposium sur le barcoding qui a eu lieu à l’EMOP, et d’une discussion avec chef et Tim Littlewood à la suite de ce symposium. Ce qui n’implique pas qu’eux ou les intervenants du symposium soient d’accord avec ce billet.

Written by Timothée

31 août 08 à 11:59

[EMOP-X] It’s all over now

Sans commentaire

Je rentre juste de l’EMOP-X, qui se finissait ce soir.

Ca a été le “baptême du feu”, puisque c’était mon premier congrès. Plein de discussions intéressantes, de moments ou j’ai été impressionné, en me disant “Ouaouh, c’est lui/elle!”.

Et beaucoup, beaucoup de présentations impressionnantes. Et la mienne, aussi, que vous pouvez voir juste en dessous.

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Mais c’est aussi la fin — peut-être temporaire — de mon statut de parasitologue, et dans un mois, je rentre dans le grand monde de la microbio…

Strike another match, go start anew,
And it’s all over now, Baby Blue.

Written by Timothée

28 août 08 à 9:21

Rien ne sert d’être nice

Un commentaire

Et pour tout dire, si vous êtes l’heureux porteur d’un chromosome Y, il est dans votre intérêt d’être une personne “terne, stupide, et imbue d’elle-même” (trad. : a jerk), si toutefois on parle de séduction.

Une étude publiée récemment dans le Journal of Personality and Social Psychology essaie de répondre à une question fatidique : est-ce que les nice guys (les “mecs biens”, en français dans le texte) finissent toujours derniers (dans la “course au partenaire”, n’allez pas vous imaginer des choses…)?

Pourquoi? La plupart des femmes intérogées dans différentes études placent la “gentillesse” (kindness/niceness) en premier dans la liste des qualités attendues. Et pourtant, quand on leur demande d’établir un classement de partenaires potentiels, la première qualité qui sort est l’attractiveness, autrement dit le physique.

Dans l’étude dont je vous parle, les auteurs ont remarqué que finalement, les femmes préféraient les jerks aux nice guys, d’autant plus que les dits jerks sont attirants. Il y aurait comme un hiatus entre les attentes annoncées et les préférences réelles. Je châtre personnellement, et à la main, le premier qui se permet un commentaire misogyne à ce propos — ou a tout autre (considérez ça comme mon coming-out de féministe…).

Reprenons. Tout ça, me direz vous, c’est de la sélection sexuelle. Gagné. Regardons un peu quels traits (N pour niceness et A pour attractiveness sont favorisés). Les auteurs ont séparé deux modes d’interactions : l’interaction casual et le committed relationship (autrement dit la relation stable). Le meilleur prédicteur dans le premier cas est, vous vous en doutez, l’attractiveness (A — sans que N soit dévalorisé). Dans le cas des relations stables, les deux prédicteurs (A et N) sont équivalents en terme de succès. Autrement dit, être un nice guy n’est pas un avantage (à part en terme d’estime de soi, mais entre nous qui se soucie encore de ce genre de choses), puisque dans un cas on est dévalorisé, et dans l’autre il n’y a pas d’avantage significatif. Voila la conclusion des auteurs.

Maintenant mes critiques. Premier point, les échantillons sont faibles (une vingtaine de femmes). Ca pourrait suffire, ne serait-ce cette petite subtilité qu’on appelle cycle menstruel, et qui, j’en ai déjà parlé, influe justement sur le prédicteur (A ou N) qu’une femme préfère! Ensuite, les auteurs ne font pas de liens entre les deux interactions qu’ils définissent : on ne passe pas de rien à committed relationship, et donc le meilleur prédicteur dans les étapes “intermédiaires” est important.

Pour conclure, il faut retenir de ce travail que la première chose à faire quand vous rencontrez quelqu’un est de lui demander ou elle se situe dans son cycle pour adapter votre comportement. Ou, plus sérieusement, que malgré la vestigialité notre organe voméro-nasal, qui nous rend insensibles aux phéromones, la séduction n’est pas uniquement une question de libre arbitre, et répond aussi à des critères de signaling. Nous n’avons jamais fait que remplacer les traits physiques (comme la queue du paon) par des traits comportementaux ou… des traits physiques.

Written by Timothée

21 août 08 à 6:30

Transition

Avec 3 commentaires

Ca y est…

Je viens de finir mon sac, et je contemple le mur de mon bureau en face de moi; il ne reste plus que des petits morceaux de patafix, et les feuilles sont décrochées. Les papiers imprimés et couverts d’annotations sont sagement rangés en attendant leur rapatriement, ce soir; les tiroirs du bureau sont vide, et il n’y a plus de stylo qui traîne au fond. Mon mug est propre à nouveau.

Je quitte “mon” labo ce soir, mon stage est fini, j’attaque une période d’inactivité — partielle.

Partielle parce que d’une part il y a un congrès qui approche, et qu’il serait appréciable que je m’y pointe avec un speech qui tienne debout. Et il reste de fignolages à faire. Ensuite parce que même si “la fin n’est pas loin”, dixit mon chef, il reste encore “un peu de boulot” sur le dernier papier.

Parlons de congrès, justement. J’ai décidé de tenir mes notes en quasi-direct via ScribbleLive : vous pouvez aller voir ici, mais ne vous en faîtes pas, les posts seront repris ici même du 24 au 29.

Ensuite, plus rien. Enfin presque. Un mois de battement — et je déteste cette idée — avant de commencer la thèse en octobre. Et de me mettre à traumatiser des jeunes étudiants de premier cycle, puisque je compte postuler pour un poste de moniteur. Les pauvres…

Allez, il me reste une valise à fermer…

Written by Timothée

19 août 08 à 4:48

Quizz #3

Avec 11 commentaires

Pour fêter mon retour d’Egypte, un petit quizz tout simple, qui consiste à me dire ce que vous voyez de marquant sur cette photo

Si vous voulez d’autres informations, cette photo a été prise par 5 mètres de profondeur dans la réserve naturelle de Gabr el bint, dans le sud du Sinaï. Petit indice : s’il y a un détail choquant dans cette photo, je vous déconseille de “mettre le doigt dessus”…

Solution : Comme notre océanographe local l’a très joliment fait remarquer, il peut “aussi bien y avoir un poisson pierre” sur cette photo. En fait il s’agit d’un poisson scorpion, que l’on appelle aussi rockfish. Il est en plein milieu de l’image. Pour en voir les contours, cliquez sur la photo!

Un peu de biologie maintenant. Pourquoi ce poisson (un scorpénidé, de son petit nom Scorpaenopsis barbata — la forme du corps me fait penser que ce n’est pas Synanceia verrucosa, mais je peux me planter) est-il aussi bien caché? Sa couleur naturelle oscille entre le blanc et le violet — un peu comme le blanc et marron/rouge de nos scorpénidés Méditerranéens (cf. photo). Mais sa peau est enduite d’un mucus qui lui permet de retenir les débris d’algues et de coraux charriés par le courant. Il est donc parfaitement camouflé dans son environnement.

Celui ci est venimeux, mais pas autant que le poisson pierre, considéré comme le poisson le plus venimeux du monde.

Il est un peu plus visible sur un fond sableux.

Quant au Macolor dont parlait OldCola, ici Macolor niger, voila une photo de sa livrée juvénile.

Written by Timothée

17 août 08 à 12:04

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