Virus et bactéries : qui sont les plus émergents?

Posté par Timothée le 22 Apr 2008 dans , Un commentaire

En décembre 2005, Mark Woolhouse et Sonya Gowtage-Sequeria [1] publiaient un article qui cherchait a déterminer les facteurs impliqués dans l’émergence de pathogènes. En d’autres termes, pourquoi voit-on des maladies apparaître, ou passer de la faune sauvage à l’homme. Leurs résultats indiquaient que parmi les pathogènes émergents, 10% étaient des bactéries, et 37% des virus [2].

Plus récemment, un groupe mené par Kate Jones [3] publiait une étude assez similaire, dans ses objectifs et sa méthodologie. Pas dans ses résultats. Pour Jones et ses collaborateurs, 54.3% des pathogènes émergents sont des bactéries, et 25.4% seulement des virus.

D’où vient cette différence? Il s’agit simplement de s’entendre sur ce qu’est “un pathogène”… Pour Woolhouse & Gowtage-Sequeria, une bactérie = une espèce de bactérie. Kate Jones et son équipe ont décidé de se concentrer sur les souches : une souche résistante = un pathogène. A titre d’exemple, si vous avez trois outbreaks (apparition d’un pathogène) d’E. coli de souches différentes, Woolhouse & Gowtage-Sequeria comptent 1, Jones et son équipe comptent 3.

Une simple différence de la méthode de comptage entraîne au final un écart énorme dans les résultats, et rend la comparaison entre les deux études difficiles — sans compter le fait que la méthode de Jones n’avait que très peu été appliquée.

Alors, laquelle est “la meilleure”? Comparons le pour et le contre dans chaque cas. Pour W&GS, on se concentre sur les espèces, et leur étude est plus “globale” : on ne sait pas quelle espèce est la plus à même de donner des outbreaks à partir de souches diverses, par exemple. A l’inverse, l’équipe de Jones se base sur une réalité plus “biologique” : différentes souches donnent des outbreaks différents, et doivent donc être considérés séparément [4].

Tout comme les équipes de Lambin et Hudson s’étaient pris le bec sur des questions de dynamique des populations, la comparaison des travaux de W&GS et de l’équipe de Kate Jones nous rappelle que le résultat est une chose, mais que sans connaître le protocole par lequel on l’a obtenu, il n’est rien (ou si peu)…

Note : Et pour le prochain billet… nous verrons si connaître le spectre d’hôte des parasites et pathogènes est utile en santé publique…

Notes

  1. Woolhouse & Gowtage-Sequeria (2005) Host Range and Emerging and Reemerging Pathogens Emerg Inf Dis 11(12):1842–1847 []
  2. Des estimations précédentes donnaient l’intervalle 10–30% de bactéries, 30–44% de virus. []
  3. Jones et coll. (2008) Global trends in emerging infectious diseases Nature 451:990–994 []
  4. Cohen (2000) Changing patterns of infectious diseases Nature 406:762–767 []

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  1. […] récemment parlé de travaux visant a déterminer les différents facteurs impliqués dans l’émergence d’un agent pathogène. Si mon dernier billet visait à comparer des différences dans la méthodologie, il est temps de […]

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