La biologie synthétique comme intelligent design?

Posté par Timothée le 8 Apr 2008 dans , , , 9 commentaires

Chez Synthekidia, on s’interroge sur le futur de la biologie synthétique, et on lui prédit un avenir en trois points : la création d’un génome from scratch, c’est-à-dire depuis rien, la programmation du génome, et enfin la création d’un “langage de programmation du génome”.

La conclusion du billet est laissée à Craig Venter, et le moins qu’on puisse dire, c’est qu’elle me laisse songeur.

Le futur de la vie ne dépend pas seulement de notre capacité à comprendre et à utiliser l’ADN mais aussi de celle à créer une nouvelle forme de vie ; une vie forgée non pas par l’évolution Darwinienne mais conçue par l’intelligence humaine.

La biologie synthétiquelet’s go back to basics — consiste à organiser des éléments d’information génétique (des gènes, leurs éléments de régulation, et leurs partenaires), pour créer des fonctions biologiques nouvelles. On ne considère plus la cellule et son patrimoine génétique comme une entité vivante, mais comme une librairie de fonctions, qu’on peut réorganiser pour leur faire faire à peu près tout et n’importe quoi. On approche la génétique comme un ingénieur, disait en substance Dvanw.

J’en reviens à la citation d’un des chercheurs les plus horripilants du domaine, Craig Venter. Il nous promet une vie qui n’est plus forgée par l’évolution Darwinienne, mais par l’intelligence humaine. Une évolution “non-Darwinienne”, en quelque sorte (et de ce point de vue, ce qui promet Venter, et que je m’apprête à vertement critiquer, est bien plus prometteur que la pathétique Introduction à une Biologie Non-Darwinienne de Jean Staune — sur laquelle je reviendrai un jour je l’espère).

Comme souvent quand Venter nous fait une sortie, il faut se demander si on est en train d’écouter le patron d’entreprise ou le scientifique. Peut-on former une nouvelle forme de vie? J’ai du mal à y croire. Dans le meilleur des cas, on va se contenter de démonter une ou plusieurs structures, pour en assembler une autre. Les briques fondamentales seront les mêmes que celles qui ont été lentement mises au point par la vie elle-même, au cours de l’évolution. On aura toujours du carbone et de l’eau, des bases qui s’apparient deux à deux, et des molécules dont le seul objectif est de se répliquer [1].

D’autre part, cette vie n’échappera pas à l’évolution Darwinienne, elle sera soumise aux même pressions, et sera sélectionnée — ou non — comme le premier colibacille venu. Bien qu’elle ne soit pas un produit de l’évolution classique, la vie synthétique y est soumise.

Peut-on, de même, dire que la biologie synthétique représente le futur de la vie? J’ai du mal à avaler quelque chose d’aussi énorme. Certes, cette approche est promise à un futur assez brillant, puisqu’elle offre la possibilité de créer des outils vivants, pour répondre à des besoins spécifiques. Mais on ne vas pas réinventer la roue, et décider de tirer un trait sur l’ancienne vie, pour tout resynthètiser au labo. La biologie synthétique nous promet une révolution conceptuelle majeure — comme Rostand l’avait dit, nous allons devenir des Dieux, capables de créer la vie — mais ne changera en rien la nature profonde de la vie. On ne pourra jamais faire que ce que la nature a déjà fait, à bien plus grande échelle.

J’en viens à mon opinion profonde sur la biologie synthètique : ce n’est jamais que l’aboutissement du génie génétique. Plutôt que de modifier un gène ou une région du génome, on refait tout depuis le début. Si la perspective de créer de la vie en laboratoire est scientifiquement — et épistémologiquement — excitante, elle ne fait à mes yeux que poursuivre un effort déjà engagé.

C’est la que je reviens sur la deuxième partie de mon titre : La biologie synthétique comme intelligent design. En prenant des morceaux de gènes, des éléments régulateurs, on ne fait jamais que ce que les tenants du dessein intelligent proposent : la vie est tellement complexe qu’il faut bien qu’un grand horloger assemble toutes les pièces. Ca à de quoi séduire, imaginez vous; devenir Dieu. On comprend pourquoi Venter s’intéresse de près au domaine. J’ai dans l’esprit qu’il ne serait pas contre une église de Venterologie.

Je parlais d’excitation épistémologique quelques paragraphes auparavant. Prenez une longue inspiration, et lisez la phrase suivante : créer la Vie. C’est fait? Créer la Vie, c’est étudier ce que l’évolution a forgé, comprendre comment tout s’articule, et le refaire. On va pouvoir se lancer dans l’exploration de l’univers des possibles, et créer des éléphants photosynthétiques! Mais la question se pose : comment considérer ces nouvelles créations? Font-elle partie de l’arbre du vivant? Bien évidemment elles ont de l’ADN, un métabolisme, on peut aligner leurs séquences [2] avec celles d’autres organismes…

Mais elles sont à part, puisque crées intentionnellement par l’humain. Le créateur, en fait, celui qui a décidé comment cette espèce vivrait. Finalement, on ne va pas influence sur le futur de la vie. On va tout simplement créer un nouvel embranchement, un nouvel ordre, avec des espèces qui, bien qu’ayant tout du vivant, ne seront jamais que des artefacts : des productions de l’homme, créées à dessein. Une vie en parallèle à l’évolution.

Note: De retour bientôt avec des billets un peu moins concept, et un peu plus factuels, si mon emploi du temps m’y autorise…

Notes

  1. Parce qu’au risque de vous décevoir, la vie, ce n’est jamais que de l’ADN qui se réplique, nous disait François Renaud []
  2. mesurer la proximité de leurs gènes []

Timothée is
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  1. Un autre aspect , c’est qu’on est très loin de finement contrôler les nouvelles briques synthétiques. L’une des raisons est que pour faire de l’ingénierie, il faut faire un minimum de quantitatif, et qu’on ne peut pas encore vraiment mesurer les choses quantitativement dans les cellules. Sans compter qu’il y a des tas de problèmes liés au bruit dans les cellules, à la variabilité d’une cellule à l’autre, etc … Je crois fermement en l’avenir de la biologie synthétique, mais à mon avis la discipline en est encore à ses balbutiements (un peu comme le nucléaire il y a un siècle).

  2. Tout à fait exact… Je n’avais pas pensé au côté quantitatif de la chose. Ca me rappelle ce que notre prof de biologie cellulaire nous disait en introduction de son cours : la cellule n’est rien d’autre qu’une manière de limiter l’entropie, ce qui ne veut pas dire qu’elle soit prévisible.

    Ca me rend tout triste — frustré, plutôt — de partager ton opinion : on ne pourra sans doute se rendre compte des possibilités de la BS que dans quelques dizaines d’années…

  3. Les créations de la BS n’apparaissent pas par évolution darwinienne (de même que les mutants classiques du labo), et en ce sens Venter a raison; bien sûr, après sa création, toute forme de vie est livrée à l’évolution par sélection naturelle, encore que les premiers colibacilles venus comme ceux que j’utilise n’évoluent pas: on part toujours d’un stock congelé.

    Ensuite, pourquoi les formes de vie créées par la BS seraient-elle basées sur l’ADN? J’espère bien que puisque l’occasion se présente, les chercheurs feront preuve d’un peu d’imagination!

    Enfin, ton dernier paragraphe peut très bien s’appliquer aux variétés créées par l’homme, du yorshire au colza… Ce qui pour moi souligne ce que tu disais plus haut: la BS, ce n’est jamais que du génie génétique, qui est lui-même fondamentalement l’héritier de la sélection variétale. La différence entre ces approches n’est qu’une question de technique et de moyen.

  4. “la BS, ce n’est jamais que du génie génétique, qui est lui-même fondamentalement l’héritier de la sélection variétale”

    C’est marrant, mais cette idée ne passe pas chez moi. La sélection variétale consiste à forcer le destin pour effectuer des croisements de plantes adultes qui auraient eu peu de chances de se faire tous seuls, obtenir des phénotypes intéressants et les sélectionner. Idem pour les techniques modernes de sélection type sélection assistée par marqueurs. C’est ainsi que Darwin en parle dans son “Origine des espèces”. À l’inverse, le génie génétique permet de faire fi de la “nature” en sélectionnant un caractère intéressant, voire en le créant ex nihilo pour la BS, avant de l’introduire dans une cellule d’espèce qui n’a rien à voir. On se retrouve bien avec des chimères plus que des hybrides, et Darwin n’aurait sans doute jamais cru cela possible.

    En fait, cela dépend sans doute de comment ces techniques sont définies — par leur fin (identique dans tous les cas) ou par leur moyen (différent) — et, pour un sociologue, de leur statut dans le circuit de l’innovation et de la régulation.

  5. Je ne dis pas que le génie génétique c’est de la sélection variétale, mais tous ces procédés ont pour point commun de forcer la nature et de s’affranchir de la sélection naturelle. Pour preuve, le dernier paragraphe du précédent billet:

    “Mais elles sont à part, puisque crées intentionnellement par l’humain. Le créateur, en fait, celui qui a décidé comment cette espèce vivrait. Finalement, on ne va pas influence sur le futur de la vie. On va tout simplement créer un nouvel embranchement, un nouvel ordre, avec des espèces qui, bien qu’ayant tout du vivant, ne seront jamais que des artefacts : des productions de l’homme, créées à dessein. Une vie en parallèle à l’évolution.”

    … qui peut se lire en pensant à la sélection variétale. Effectivement, la fin est identique, et comme je le disais plus haut, les moyens sont différents.

  6. @Benjamin : je ne suis pas d’accord avec le fait que la sélection variétale et le génie génétique soient à placer sur le même plan. Les méthodes sont largement différentes, et la seule chose qu’on retrouve est un objectif commun. On ne créée rien from scratch, on ne fait qu’orienter l’évolution.

  7. l’objectif commun, et c’est bien le seul point commun que je souligne (je ne devrais pas employer le mot “héritier” s’il n’est question que des fins), et, pour la troisième fois, oui, les méthodes/moyens/techniques sont différents.

  8. Hello !

    Je pense que les récents succès du Craig Venter Institute permettent à son patron de présenter un discours fort, à l’attention des industriels et entrepreneurs. J’ai plutôt l’impression que le CVI développe la BS dans un but pécunier, et que ses propos sont aussi à considérer comme une vitrine publicitaire ;) Possible qu’il joue volontairement sur la provocation en glissant un peu vers l’ID. C’est dans l’image du personnage.

  9. […] en train de relire le billet de Timothée en me disant qu’une des vertus de Venter est qu’il horripile les gens. Une qualité […]

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