D’où nous viennent nos gènes de vertébrés?

Posté par Timothée le 18 Feb 2008 dans , 59 commentaires

D’où nous viennent nos gènes de vertébrés? Où plutôt, de qui ? C’est la question à laquelle Anuphap Prachumwat et Wen-Hsiung Li, de l’université de Chicago, apportent des éléments de réponse, dans une lettre adressée aujourd’hui au journal Genome research.

On imagine bien sûr que nos lointains ancêtres invertébrés, rampants et se tortillant, nous ont légué une bonne partie de leur patrimoine génétique (et qui ose parler de fardeau ici n’a jamais vu Hermissenda crassicornis). Mais alors, comment expliquer notre fière stature, et notre impeccable maintien ?

Il suffisait, pour ainsi dire, de comparer des génomes. Cette approche de génomique comparative permet de trouver ce que les vertébrés ont, et que les autres n’ont pas. Les deux auteurs ont donc mis en vis-à-vis huit génomes de vertébrés terrestres, et six d’invertébrés.

Devinez ce que leurs résultats indiquent ? 70% de nos gènes étaient déjà présents chez les invertébrés. Avec des critères d’analyse plus souples, on atteint le chiffre de 78%. Nous sommes donc différents de nos ancêtres vertébrés à hauteur de 22% de nos gènes (et non de notre génome, dont seule une infime fraction est composée de gènes).

Le travail du génomiste consiste alors à déterminer « qui » sont ces 22% de gènes. Et de ce point de vue, les résultats de Prachumwat et Li sont particulièrement intéressants. La majorité de ces gènes (plus de 50%) sont des singletons, autrement dit des gènes qui la jouent solo, sans appartenir à une famille ; ces singletons représentent à peine 25% des gènes communs. Et les protéines codées par nos gènes propres ont tendance à évoluer plus vite que celles codées par celles que nous partageons avec les invertébrés (de telles différences dans la vitesse d’évolution existent aussi entre les gènes chez les vertébrés, j’en avais déjà parlé pour les gènes “cerveau-spécifique”).

Ce résultat n’est pas surprenant en soi : ajouter les vertèbres demandait d’ajouter quelques gènes, notamment intervenant dans le développement. La plupart de nos gènes propres sont de fait impliqués dans la mise en place de l’organisation du corps. On fera ici une pause pour remarquer qu’en modifiant le contenu en gènes, on modifie le plan d’organisation. Certes, la méthode est récursive, dans la mesure ou pour déterminer la fonction d’un gène, on regarde à quel gène dont la fonction est connue il ressemble le plus. Néanmoins, on peut, par de la génomique comparative, comprendre certains mécanismes génétiques, et notamment d’un point de vue développement.

Mais là ou le travail de Prachumwat et Li devient extrêmement intéressant, c’est qu’ils ont aussi évalué la modification de la taille des familles multigéniques (celles que nous partageons avec les invertébrés). Et à ceux qui prétendent que devenir plus « complexe » c’est avoir plus de gènes, ils rétorquent que nos familles multigéniques sont parfois de même taille, mais souvent plus petites que celles des invertébrés.

Ils observent toutefois des différences entre les familles, selon les fonctions de leurs gènes. Les vertébrés ont des familles plus grandes en ce qui concerne la synthèse des protéines et la transduction du signal, alors que celles impliquées dans les procédés métaboliques se sont contractées.

Les travaux de Prachumwat et Li suggèrent donc que la taille d’une famille multigénique, et son évolution, dépend en partie de la fonction des gène qu’elle regroupe.

Référence

Prachumwat & Li (2008) Gene number expansion and contraction in vertebrate genomes with respect to invertebrate genomes, Genome research Feb. 2008, pp 221-232

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59 commentaires

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  1. comme y’a pas de commentaire sur celui-ci, je vous laisse ça :

    la locution

    “ajouter les vertèbres demandait d’ajouter quelques gènes, notamment intervenant dans le développement.”

    est vraiment bizarre. Est-ce que vous savez comment apparaissent les vertèbres, dans un embryon?

    En réalité, les vertèbres sont le durcissement progressif par accumulation de collagène d’une division en segments ayant lieu le long du dos.

    Cette division a lieu lorsque les deux plis ectodermiques du côté gauche et droit se rapprochent

    l’applatissement des deux moitiés l’une contre l’autre engendre un stress à l’origine des vertèbres; là deux écoles se distinguent. pour une école, disons “Pourquié”, une horloge moléculaire induit une descente oscillatoire des propriétés biochimiques le long du dos avec apparition des segments. Pour une autre école, biomécanicienne, c’est une instabilité spatiale qui se propage, analogue à un flambage.

    J’ai ma petite idée, mais passons.

    Dans tous les cas, il n’existe pas de gène des vertèbres. les vertèbres sont le résultat d’un front d’ instabilité qui se propage. ceci implique deux choses :
    la première c’est que toutes les vertèbres apparaissent d’un coup, et donc l’expression “ajouter” des vertèbres n’a pas de sens

    la seconde, c’est que cette instabilité apparaît lorsqu’un seuil des paramètres est franchi. Cela signifie en clair, soit que vous supposez une instabilité temporelle de type horloge, et il vous faut franchir un seuil d’apparition d’un cycle limite (type van der pol) temporel, soit qu’il s ‘agit d’une instabilité purement spatiale, qui apparaît chronologiquement à cause de l’advection des tissus (en gros, c’est le mouvement qui transofme une instabilité spatiale en instabilité temporelle)

    par conséquent, quand les vertèbres apparaisent, toutes d’un coup, le système est en fait déjà prêt depuis longtemps à produire les vertèbres, elles sont latentes, et il suffit d’une modification sur un gène unique pour que les vertèbres apparaissent toutes d’un coup.

    En résumé, ça n’a aucun sens de faire de la génétique de ce problème, si on ne comprend pas la biomécanique du développement, dans sa dimension spatio-temporelle, et en particulier, l’aspect “physique des matériaux”

    désolé

  2. J’aurais préféré que ce billet reste sans commentaire.

    la locution

    ajouter les vertèbres demandait d’ajouter quelques gènes, notamment intervenant dans le développement

    est uniquement ici pour préciser qu’on ne passe pas d’un invertébré à un vertébré en claquant des doigts. Je ne prétend pas faire de la génétique, d’ailleurs…

    Et même si il n’y a pas de gènes des vertèbres, il y a des gènes des vertébrés… Ce qui est presque la même chose, non?

  3. “est uniquement ici pour préciser qu’on ne passe pas d’un invertébré à un vertébré en claquant des doigts.”

    désolé, vous vous trompez. On peut très bien passer d’un invertébré à un vertébré en une seule génération, sans ajouter aucun gène, en changeant seulement une propriété quelque part d’un gène unique. C’est possible.

    Il y a vraiment un problème avec la vision génétique du développement,

    comment peut-on analyser des proximités génétiques entre animaux, si on ne traite nulle part de la réalité physico-mécanique de l’établissement des parties. Le lien entre nombre de gènes, allèles mutations etc. et la réalité physique des animaux tels qu’observés requiert l’intégration de la loi fondamentale de la dynamique au cours du développement. Tout discours qui ne tient pas compte de ça est quasiment absurde.
    Je dis pas tout ça pour faire ch… mais la locution “ajouter des vertèbres”, sans vouloir vous aiguilloner sur des points de détail, est symptomatique, elle résonne avec une vision répandue de la formation des animaux, qui est erronnée. Après on s’étonne que des créationnistes ou autres avancent des arguments pour mettre en doute ci ou ça.

    mais bon, j’arrête de vous embêter.

  4. Je vous prie d’excuser par avance mes questions, 3.000 km sous le niveau ci-dessus, mais pourriez-vous m’éclairer sur les phrases suivantes :

    @Timothée : “notre génome, dont seule une infime fraction est composée de gènes” : le reste c’est quoi ? Des séquences ADN “muettes” ? Si oui, est-on sûr qu’elles soient muettes et “inutiles” ?

    @vf : “on peut très bien passer d’un invertébré à un vertébré en une seule génération, sans ajouter aucun gène” : est-ce là une hypothèse débattue dans la communauté, ou bien est-ce un “fait” communément admis ?

    Merci d’avance.

  5. @Yogi

    Merci de ces questions!

    Pour la première, oui, touché, le génome comprend des séquences d’ADN “muettes”. Ou des séquences qui n’ont pour seul activité leur propre réplication (et éventuellement leur intégration ailleurs dans le génome).

    On ne sait toujours pas si elles ont un rôle quelconque ou non (et les partisans du dessein intelligent les utilisent beaucoup dans leur argumentaire).

    Il y a aussi des séquences qui ont un rôle “structural” dans le genome (Methylation, fixation des histones, centromères/télomères), et tout ce qui ne code pas de la protéine, mais qui régule l’expression (enhancers, promoteurs, …), faisant partie des “gènes” au sens large.

    Disons pour faire simple que seule une très faible majorité de notre génome (ce n’est pas le cas chez les virus par exemple, même si certains ont des introns) code des protéines, le reste a un rôle de régulation.

    Pour la question 2, je voudrais voir une preuve expérimentale (autrement dit, un passage invertebré/vertebré en une génération, et ce qui se passe à la génération suivante : les contraintes physiques ont un support chromosomique?). D’après ce que je me souviens de mes cours de biologie du développement, c’est un débat minoritaire.

    Ce qui ne veut pas dire que c’est faux… Le plan d’organisation, les vertèbres, peuvent être un phénomène d’émergence : physique + génétique. Refuser la possibilité de “gènes des vertèbres” (ce que j’aurais du appeler gènes des vertébrés) me semble terriblement réducteur.

  6. “on peut très bien passer d’un invertébré à un vertébré en une seule génération, sans ajouter aucun gène” : est-ce là une hypothèse débattue dans la communauté, ou bien est-ce un “fait” communément admis ?

    je dirais, c’est un fait communément admis, puisque l’on attribue dans la communauté scientifique la formation des vertèbres à une oscillation. Un système qui oscille, soit il oscille, soit il oscille pas. Une brisure de symétrie comme ça, c’est du tout ou rien. y’a pas le choix : la description actuelle de la formation des vertébrés suppose l’apparition des vertébrés en une seule génération. Peut-être sont-ils consécutifs à plusieurs mutations dans le premier individu qui a eu des vertèbres, mais un gène unique me paraît plus probable (simple opinion)

    évidemment, cela ne préjuge pas du nombre de générations ayant précédé la mise en place de l’oscillateur, tant qu’il oscillait pas

    la seule alternative serait un système où chaque vertèbre apparaît l’une après l’autre, avec un ou plusieurs gènes associés à chaque vertèbre. Alors là, oui, il faudrait au moins 28 générations, pour produire un vertébré à 28 vertèbres. Mais ceci est connu pour ne pas être le cas.

    Les gènes de “morphogenèse” sont pour beaucoup communs aux vertébrés et invertébrés.

    Des gènes de certaines parties du corps, comme les pattes, sont déjà présents dans des animaux qu’ont pas de pattes. Le premier animal à avoir eu des pattes n’avait sans doute pas davantage de gènes que son parent qu’avait pas de pattes. Le premier animal à avoir eu des vertèbres n’avait sans doute pas plus de gènes que celui qui n’avait pas de vertèbres. (mais on peut débattre de la définition de vertébré)

  7. Merci ! Vive les blogs !

  8. “Vive les blogs !”

    ne vous emballez pas, vous n’avez pas encore tout vu

  9. ne vous emballez pas, vous n’avez pas encore tout vu

    Vous avez certes eu des expériences difficiles de ce point de vue, mais il me semble difficile de remettre en question l’utilité du blog dans la communication scientifique (au sens large, incluant la vulgarisation…)

  10. “pour une école, disons “Pourquié”, une horloge moléculaire induit une descente oscillatoire des propriétés biochimiques le long du dos avec apparition des segments. Pour une autre école, biomécanicienne, c’est une instabilité spatiale qui se propage, analogue à un flambage.”

    Rhaaaaaaaaaa. Alors là je proteste !
    Toutes les expériences vont dans le sens horloge moléculaire :
    - d’abord l’horloge moléculaire existe, on sait l’observer, la tuer, on sait la maintenir tout le long du PSM et empêcher la formation des somites,
    - le système semble fondamentalement cellule autonome (voir les papiers de Julain Lewis et récemment dans Science Riedel Kruse et al, qui montre que les cellules peuvent se découpler)
    - une instabilité impliquerait l’existence d’une longeur caractéristique. Or, cela n’existe pas : les somites varient en taille, on peut fabriquer artificiellement des somites plus grosses en mettant des billes de FGF, on peut briser la symétrie gauche-droite en mettant un gradient d’acide rétinoique, etc …
    - on sait induire des somites sans horloges, si c’était une instabilité ou un modèle à la Meinhardt, comment ferait-on pour induire une seule somite,
    etc,etc …

    Evidemment, c’est extrêmement difficile de faire des expériences sur ces embryons et d’exclure tout modèle type “instabilité”, mais à ce stade il faut se replacer historiquement : Meinhardt avait proposé dans les années 80 un modèle purement physique, justement basé sur un oscillateur type van der pol. Les gens ont bien évidemment cherché à confirmer son modèle, et force est de constater que ce fut un échec.

    Pour l’évolution de la segmentation, il y a un papier de Diethart Tautz en 2004 intitulé sobrement “segmentation” qui propose une hypothèse : en gros, les premiers animaux auraient eu quelques segments, puis l’évolution les auraient ajoutés un à un. De toutes façons, soit on a des segments, soit on n’en a pas : donc les segments ont dû apparaître tout d’un coup, d’une génération à l’autre.

  11. touss, touss.

    Ne vous inquiétez pas, y’aura encore des surprises dans ce domaine (NB: la longueur d ‘onde d’un flambage dépend des coefficients visco-élastiques).

    M’enfin, nou sommes d’accord, Tom Roud : segments ou pas segments, c ‘est clear cut, donc ça apparaît en une génération? Après le mécanisme… (est-ce que vous avez déjà vu un somite, je veux dire, vraiment, un vrai de vrai? en 3D, avec toute la structure dedans?, pas juste une bande de couleur dans un papier?)

  12. @ VF : oui oui j’ai déjà vu une somite au microscope en tous cas, sur des films de segmentation ensuite (bon ça commence à bien faire les contrôles de connaissances, j’ai déjà eu droit à la phylogénie de bcd et Pitx la dernière fois ;) )
    Sinon, je ne doute pas qu’il y aura des surprises dans le domaine (sous-entendez vous que vous préparez quelque chose ?)
    Pour mon commentaire précédent, mon message est qu’en l’état actuel des connaissances je dirais que le modèle “Clock and Wavefront” tient la route.
    Ajoutons aussi qu’il y a des phénomènes de mouvements cellulaires individuels, que la convergence extension joue (par exemple on sait faire des somites ayant une cellule de large chez zebrafish pour les mutants de la convergence extension), et que tout cela à mon sens plaide plutôt contre un modèle type “instabilité”. Mais j’ai peut-être tort. Si vous avez un papier convaincant là-dessus, je suis volontaire pour un preprint; sinon je connais un peu les gens de la segmentation, il sont très sympa (il y a même d’anciens physiciens comme J. Lewis) mais il faudra beaucoup pour les convaincre que ce n’est pas un clock and wavefront.
    Pour finir sur la segmentation, n’oublions pas non plus qu’il y a beaucoup de variabilité, par exemple, pour la drosophile, c’est très clair que la segmentation n’est pas physique (avec détection de modules génétiques associés à chacune des bandes, etc …).

  13. “oui j’ai déjà vu une somite au microscope en tous cas, sur des films de segmentation ensuite”

    et vous n’avez rien vu qui vous ferait douter des modèles d’horloge moléculaires?

    Ah. Bon, on verra bien.

  14. @ VF : Qu’est-ce qui devrait me faire douter ?
    Un truc peut-être : de voir des petites somites, petits paquets ronds si bien formés, sans rien entre elles, c’est ça ? Je serais curieux de savoir ce qui vous fait douter vous en fait, cela peut suggérer des trucs intéressants à regarder !

  15. un front d’onde, c’est un scalaire (produits chimiques)

    un somite, ce n’est pas un scalaire. C’est une étoile.

  16. @ vf : il y a au moins trois fronts d’onde différents (FGF, Wnt et RA dans l’autre sens), ensuite il y a les mouvements cellulaires.

    Mon vrai sentiment, c’est que le front d’onde couplé à l’horloge forme un pattern grossier (typiquement juste la polarité antero-postérieure), après il y a peut-être de l’auto-organisation type réaction-diffusion (ce n’est pas clair du tout pour moi ce qui se passe, les papiers de manip sur le rôle de Mesp2 en particulier sont assez obscurs pour moi et ne répondent pas aux questions). Je ne vais pas non plus vous apprendre qu’il y a des contraintes physiques qui jouent à mon avis;).

    Cela suscite une question intéressante, assez commune en embryologie : on ne regarde typiquement que l’état final, après une cascade d’interactions, etc … Du coup, c’est assez difficile de différentier ce qui se passe à chaque étape de la cascade.

    Bon, en tous cas, je ne voulais pas troller chez Timothée, mais je suis en train de préparer un billet sur le clock and wavefront, donc on aura peut-être l’occasion d’en rediscuter une autre fois.

  17. Ce n’est pas du troll!

    Je prend ça comme un débat, vous avez toute liberté pour continuer si vous en avez envie (je regrette presque de ne pas maîtriser la biologie du développement plus loin que mes cours de M1 pour participer).

  18. non, non, ce n’est pas ce que les gens croient. Faut voir les images en 3D pour comprendre. C’est la structure qui commande le pattern, mais bon, vous avez raison, moi je ne sais pas à partir de quand ça dérange, les commentaires.

  19. ah j’avais pas vu les encouragements de Timothée

    mais désolé. Je peux pas tout vous dire tout de suite. Mais bon. C’est tellement simple…

  20. @ vf : je ne vois pas trop à quelles images en 3D vous faites allusion. J’ai ce genre d’images en tête :
    http://fig.cox.miami.edu/~cmallery/150/devel/sf20×11a.jpg

    où je ne vois pas vraiment la structure en étoile (même je sais déjà qu’à ce stade il y a différence entre perties antérieures et postérieures des somites).
    D’ailleurs il me semble qu’à un moment ces petites boules tournent sur elles-mêmes de 180 degrés (à vérifier, je n’y mettrais pas ma main à couper).
    Maintenant, c’est clair que les vertèbres elles-mêmes sont en étoiles, ça c’est parfaitement vrai, mais je pense que cette structure est mise ultérieurement (par exemple, certains mutants de Mesp2 ont des somites fusionnées, mais on voit je crois toujours la structure “en étoile”). J’arrive à la limite de mes connaissances sur le sujet là…
    (sur ce, je vais peut-être retourner travailler …)

  21. je ne vois pas trop à quelles images en 3D vous faites allusion.

    celles qu’on fait ici. Vous m’en direz des nouvelles.

  22. @ VF : bon, vous m’alléchez-là !
    Un petit preprint est-il disponible ?

  23. “mais désolé. Je peux pas tout vous dire tout de suite. ”

    Ah zut, j’avais loupé cette phrase ….

  24. ça va venir je travaille dessus (bientôt fini). Mais réfléchissez bien :

    les somites en étoile (centres singuliers d’orientation, si vous voulez)

    fibroblastes produisent FGF

    fibroblastes mécanosensibles (plus on tire, plus ça produit)

    fibroblastes s’orientent vers les centres de forces (congruents avec les centres de FGF, comme pour le poumon)

    concentration en FGF= produit de nombre de cellules par force

    soit une étoile de fibroblastes, posés sous une membrane d’épithélium ectodermique.

    A quelle distance se trouve le prochain maximum de force? On fera un calcul 1D. (ça sera mieux pour résoudre la question de l’évolution, c’est la question suivante)

  25. Bon, j’ai hâte de lire tout ca, mais …. l’horloge existe, ça c’est sûr, donc vous diriez que c’est un output de ce processus ?

  26. ben oui, c’est un à côté;
    tout le reste, variation de taille entre le nombril et la queue, et la tête, etc. c’est juste une conséquence de l’input force qui module la longueur d’onde (menfin, c’est mon avis, je peux encore me tromper)

    c’est le même problème que pour la distribution de plumes d’ailleurs. la diférence, c’est que les plumes c’est en surface, alors que les somites, c’est dans un pli rond (genre magazine roulé en cylindre)

  27. Bon, pour cette histoire d’horloge comme output, je demande à être convaincu quand même. L’horloge me semble être assez cruciale malgré tout : si on la “casse” (ce qui n’est pas si facile à faire sans casser le reste), on empêche la formation des segments.

    Par ailleurs, la voie FGF est certes cruciale pour les oscillations, mais n’est pas la seule voie impliquée pour la somitogenèse. Par exemple A. Aulehla, du labo de Pourquié, a un mutant de souris dans laquelle beta-catenine est maintenue et non dégradée : du coup la voie Wnt est activée tout le long du PSM. Résultat : on garde l’oscillation et des ondes se propagent tout le long du PSM, mais on ne forme jamais de segments.
    FGF est certainement nécessaire, mais pas suffisant.

    Sinon, dans votre modèle, la force elle est où exactement ? Ce sont les cellules qui sont compressées par la gastrulation ?

    Tout cela dit, il reste des tas de trucs à expliquer sur la somitogenèse, et typiquement, la façon “effective” dont les somites se forment est à mon avis très peu comprise (tout ce qu’on sait plus ou moins, c’est que ce gène Mesp2 et ses petits copains sont exprimés dans une bande très localisée définissant les somites).

  28. hum. faut d’abord se mettre d’accord sur la description d’un somite. C’est le bon bout. En quoi ça consiste, une segmentation, dans l’espace…

  29. si je vous dis von Karman pour l’épithélium et laplace pour les facteurs de croissance, hum
    est-ce que ça vous dit quelque chose?

    Après ça roule.

  30. VF écrivait, au tout début de cet échange:

    Dans tous les cas, il n’existe pas de gène des vertèbres

    Et tout le reste de l’échange ne permet pas de comprendre comment on peut affirmer une pareille chose de façon aussi péremptoire. Comme l’a écrit Timothée, il doit tout de même bien y avoir des gènes qui distinguent les vertébrés des invertébrés, ou bien des gènes activés chez l’un et désactivés chez l’autre. Par ailleurs, et ça me semble être un élément fondamental à cette discussion, la génomique est une science encore bien jeune, qui est loin d’avoir tout décodé, même chez les bestioles dont on a recensé tous les gènes. Alors comment peut-on affirmer aussi péremptoirement qu’il n’existe pas de gènes des vertèbres? Le processus biomécanique qui est décrit, ou suggéré dans les derniers commentaires, ne pourrait-il pas être le résultat de la présence (ou de l’absence) d’un gène?

    Idem avec la remarque:
    désolé, vous vous trompez. On peut très bien passer d’un invertébré à un vertébré en une seule génération, sans ajouter aucun gène, en changeant seulement une propriété quelque part d’un gène unique. C’est possible.

    Les commentaires qui suivent laissent croire qu’une annonce va bientôt survenir, mais même si tel était le cas, elle ne ferait que corroborer partiellement cette affirmation, compte tenu de n os connaissances encore limitées en génomique. C’est un peu comme l’explorateur d’un nouveau continent qui tirerait des conclusions en oubliant que ses collègues n’ont pour l’instant exploré que les rivages.

  31. @ pascal :
    “Dans tous les cas, il n’existe pas de gène des vertèbres”

    Bon, cela dépend ce qu’on entend. Il n’y a pas de gènes spécifiques à chacune des vertèbres, par contre il y a des gènes spécifiques à des régions du corps. Il y a aussi au moins un gène spécifique à la vertèbre en formation : Mesp/Meso2.


    désolé, vous vous trompez. On peut très bien passer d’un invertébré à un vertébré en une seule génération, sans ajouter aucun gène, en changeant seulement une propriété quelque part d’un gène unique. C’est possible.”

    Là on glisse sur une discussion de biologie du développement, mais je crois que VF a raison dans la mesure où les différences de développement entre animaux sont dues essentiellement à des changements dans la régulation des gènes existants, pas nécessairement dans la création de nouveaux gènes. C’est en tous cas ce que pense l’”Ecole” Davidson (l’auteur de la théorie des kernels http://tomroud.com/2007/03/01/les-noyaux-de-lheretique-docteur-davidson/). Comme tout en biologie, il y a évidemment déjà des contre-exemples, par exemple bicoid qui est un nouveau gène créé chez les mouches.

  32. Bon, cela dépend ce qu’on entend. Il n’y a pas de gènes spécifiques à chacune des vertèbres, par contre il y a des gènes spécifiques à des régions du corps.

    oui

    Il y a aussi au moins un gène spécifique à la vertèbre en formation : Mesp/Meso2.

    non

  33. “Il y a aussi au moins un gène spécifique à la vertèbre en formation : Mesp/Meso2.

    non

    Mesp/Meso2 est exprimé transitoirement là où se formera la prochaine somite (en tous cas c’est ce que disent les expérimentateurs, cf Saga). Si on tue ce gène et ces homologues, on tue la somitgenèse à ma connaissance.

  34. Je ferai remarquer qu’entre le premier commentaire et le no 32, VF est passé de

    Dans tous les cas, il n’existe pas de gène des vertèbres.

    à

    Il n’y a pas de gènes spécifiques à chacune des vertèbres

    ce qui n’est tout de même pas la même chose.

  35. il n’y a pas de gènes des vertèbres

  36. Il y a pourtant des gènes des vertébrés…

    Certes on peut former des vertèbres en une génération (je vous fais confiance), mais si on conserve ces vertèbres à la génération suivante, il y a une information transmise (et très très probablement des gènes)

  37. il n’y a pas de gènes “des vertèbres”

    les vertèbres sont la conséquence d’une condition aux limites particulières de pli ectodermique créée le long de l’axe médian par la collision des tissus gauche et droit, au bord desquels se propage une instabilité.

    aucun des gènes retrouvés dans la formation des vertèbres n’est spécifique aux vertèbres, a contrario de nombreuses conditions chimiques sont à même de produire une instabilité le long du dos (en gros: soit c’est stable, et y’a pas de vertèbres, soit c’est instable, et y’a des vertèbres).

    Aucun gène n’est capable de produire une vertèbre dans une boîte de petri

    les inhibitions réalisées par des expériences ne sont pour la plupart pas posibles dans le monde réel

    Le problème n’est pas qu’il y ait ou pas des gènes de vertèbres comme on dirait, “il y a du coca dans le frigo”, le problème c’est que ça n’a pas de sens de parler de gènes “des vertèbres”

    une vertèbre,au fond, c’est comme une main : ça n’existe pas.

    C’est un continuum de tissus connectés les uns aux autres, avec des liaisons musculaires etc. de l’une à l’autre etc.

  38. “Aucun gène n’est capable de produire une vertèbre dans une boîte de petri”

    Comme dirait l’autre “absence of evidence is not evidence of absence”.

    C’est vrai que personne ne sait fabriquer une vertèbre in vitro. Mais peut-être qu’on sera capable de le faire demain (de la même façon qu’on est capable aujourd’hui d’induire différents destins cellulaires).
    Peut-être qu’on ne connaît pas encore le contexte génétique particulier exact pour induire une vertèbre.

    Le problème dans ses histoires de développement est qu’on commence à voir des comportements “émergents” comme dirait l’autre, dans le sens où il y a certainement des comportements collectifs. Mais ceux-ci sont corrélés à des expressions génétiques individuelles. Quelle est la poule, quel est l’oeuf, on ne sait pas. Ce que j’aime bien dans les idées de VF c’est qu’il prend complètement à contrepied le paradigme actuel qui reste “tout génétique”; cela fait réfléchir, mais je pense toujours que la vérité est un peu entre les deux. Par exemple c’est un peu facile d’écarter d’un revers de main certaines expressions génétiques comme Mesp2 : il est exprimé juste avant la formation de la vertèbre, pile au bon endroit, et a le bon goût je crois d’activer certains gènes type ephrines qui sont impliqués dans la définition des frontières entre somites.
    Après c’est peut-être un output, mais disons que cela commence à faire pas mal d’indices expérimentaux pour le modèle horloge et front d’onde.

  39. ah pitié, pas les éphrines: complètement mécano sensible. Rien qu’en tendant les embryons ont éteint où allume les éphrines

    on a fait des manips dans les vaisseaux, suffit de clamper un vaisseau et les éphrines s’effondrent

    j’ai plein d ‘évidence que les marquages des éphrines sont des “artefacts” de contrainte

  40. @ vf : ok, je veux bien, mais il n’en reste pas moins que les ephrines sont activées par un autre gène. Qu’elles soient sensibles aux contraintes mécaniques n’excluent pas qu’elle soient régulées génétiquement (sans compter qu’il y a a tous les coups des feedback positifs entre expression génétique et contraintes mécaniques).

    Plus généralement, j’ai l’impression qu’avec votre modèle, on devrait être capable d’induire la formation de somites si on appuie au bon endroit au bon moment, non ?

    Enfin, pour la discussion “spécificité ou non” des vertèbres, tous ces gènes sont peut-être réutilisés dans d’autres processus (type formation des membres).

    PS : en tous cas je trouve ce fil super intéressant ;) .

  41. “Plus généralement, j’ai l’impression qu’avec votre modèle, on devrait être capable d’induire la formation de somites si on appuie au bon endroit au bon moment, non ?”

    oui,
    j’ai des manips de compression en route, un peu de ce genre là.

    “Enfin, pour la discussion “spécificité ou non” des vertèbres, tous ces gènes sont peut-être réutilisés dans d’autres processus (type formation des membres). ”

    je suis d’accord, mais il faut bien comprendre la logique
    quand je dis “y’a pas de gène des vertèbres”, ce que je veux dire c’est que la “pâte” vivante étant ce qu’elle est, quand elle collisionne et fait ses parties, les gènes sont exprimés en fonction, surtout, des contraintes locales : forces de compression ou de bending dans le mésenchyme (FGF, shh, VEGF etc. sont mécanosensibles), idem dans l’épithélium (ex sprouty récepteur membranaire de FGR2B qui est mécanosensible)

    dès que quelque chose est comprimé, plié, tordu, il se met à exprimer de façon différentielle des gènes, ce qui donne une sorte d’impression visuelle d’expressions de gènes induits les uns par les autres, qui est une illusion. D’autant plus que les cartes réelles dépendent des conditions aux limites, donc de la situation locale atteinte par le tissu en fonction des mouvements qui ont précédé
    Quand on regarde des marquages histochimiques in toto, on voit très bien que les expressions sont en fait diffuses, et présentes à plein d ‘autres endroits que l’endroit d’intérêt qui est sous le microscope. En plus il y a des effets de seuilllages dramatiques, et on écarte des régions intéressantes en disant “c’est du bruit” tuuut tuuut tuut, y’a pas de bruit:

    les gènes s’expriment à peu près partout un peu, avec de forts différentiels dans les régions comprimées et courbées, et de légères modulations “inductives”

    il n’y a pas de gènes des vertèbres, de même que, si je regarde de la peau, je peux dire, “il y a des gènes de la peau”, mais je ne peux pas dire “il ya des gènes de la peau du dos”, des “gènes de la peau de la main”, des gènes de la peau du ventre etc.

    Et je ne parle même pas de tous les pathways induits, du type fibronectine, bmp etc; qui sont encore plus communs à toutes les régions.

    Bref, je pense que le point de vue adopté par la génétique est profondément erroné, ce qui induit en cascade l’interprétation des résultats, et certaines impasses (qui se traduisent par des schémas incompréhensibles avec toutes sortes de flèches dans tous les sens qui se mordent la queue)

    dans le cas du poumon, c’est très clair : les cartes d’expressions (M. Unbekandt, P. delMoral, F. Sala, S. Belluschi, D. Warburton and V.Fleury, Tracheal occlusion increases the rate of epithelial branching of embryonic mouse lung via the FGF10-FGFR2b-Sprouty2 pathway, mechanisms of development (2007).

    ) sont des cartes de contraintes. Dans le cas des vaisseaux sanguins aussi (VEGF, EphB2, EphB4, Neuropillin, même) voir F. le Noble, D. Moyon, L. Pardanaud, L. Yuan, V. Djonov, R. Matthijsen, C. Breant, V. Fleury and A. Eichmann
    Flow regulates arterial-venous differentiation in the chick embryo yolk sac
    Development. 2004, 131(2):361-75

    ma crainte, c’est que ce soit toujours le cas… Vous imaginez ce que cela implique, ça fait froid dans le dos (voir aussi le papier de Farge)

  42. la logique quand je dis “y’a pas de gène des vertèbres”, ce que je veux dire c’est que la “pâte” vivante étant ce qu’elle est, quand elle collisionne et fait ses parties, les gènes sont exprimés en fonction, surtout, des contraintes locales : forces de compression ou de bending (…)

    Ok, là, enfin, pour la première fois, on progresse. Vous ne vous contentez plus de lancer un péremptoire “il n’y a pas de gènes des vertèbres”, mais vous proposez l’hypothèse qu’un facteur biomécanique soit à l’origine de l’activation ou non d’un gène (plutôt que le contraire). C’est une hypothèse intéressante (pas inédite, mais intéressante). Mais vous admettrez que ce n’est qu’une hypothèse. D’autant que ça n’explique pas pourquoi cette “pâte vivante” a pu produire des invertébrés. Peut-être y a-t-il un ou des gènes qui, il y a quelques centaines de millions d’années, ont induit un nouveau processus biomécanique qui a engendré les premières ébauches de vertèbres, qui sait? Auquel cas on serait de retour à l’histoire de l’oeuf et de la poule.

  43. “Ok, là, enfin, pour la première fois, on progresse. ”

    ne vous exprimez pas comme ça

    “Vous ne vous contentez plus de lancer un péremptoire “il n’y a pas de gènes des vertèbres”, ”

    comme ça non plus

    ce n’est pas digne, il y a énormément de travail derrière tout ça, je n’ai pas le temps de tout expliquer en détail, d’ailleurs, vous n’avez pas encore compris, la notion même d’induction est erronée

    je constate qu’il faudrait beaucoup de pédagogie pour expliquer tout ça. ça n’a pas beaucoup de sens les efforts d’explication, vis à vis de personnes comme vous
    désolé

  44. PS : je viens de vous donner des références d’articles montrant que des facteurs de croissances importants sont gouvernés par les contraintes. J’en ai un troisième sous presse. Je n’ai rien à “admettre”. A ce train là, contactez toutes les personnes qui s’occupent de génétique du développement, et faites leur “admettre” qu’elles n’ont pas mesuré les forces, dans les systèmes qu’elles décrivent avec des pre-patterns de produits chimiques, des inductions. J’en ai un peu ma claque, des personnes comme vous. Je crois que vous m’avez qualifié de “suspect”, sur la seule foi de propos diffamatoires tenus par M. Vekris, j’attends toujours vos excuses. j’ai contacté votre journal sur le net à plusieurs reprises pour vous faire adresser les articles correspondants. Aucune réponse. Commencez par travailler un peu la question.

  45. Mince, je n’arrive pas à trouver où Pascal Lapointe aurait traité de ’suspect’ Vincent Fleury. J’aurais aimé trouver le lien avec mes propos.
    Timothée, un coup de main STP ?

  46. @VF: franchement, ce n’est pas sérieux, comme réaction. On discute, ou on ne discute pas. Si vous voulez uniquement recevoir des éloges, ne venez pas sur un blogue. Mes questions sont d’autant plus légitimes que ce sont les mêmes que celles des autres intervenants de cet échange, depuis une semaine, juste exprimées autrement. Et il me semble que c’est fondamental: qu’est-qui vous permet d’affirmer aussi péremptoirement qu’il n ‘y a pas de gène impliqué, que des gènes ne pourraient pas justement être ce qui a déterminé le processus biomécanique que vous décrivez? Quid des invertébrés?

  47. ah bah

    vous savez, ça fait longtemps que ce que je fais à dépassé le stade des hypothèses, mais il y a des gens, comme vous, pour toujours chercher des noises; c’est “suspect” (”hautement suspect”, même il me semble me souvenir), au mieux “des hypothèses”, faut à tout prix que ce soit pas ça, si c’est ça, on déforme pour que ça devienne “pas inédit”, on concèdera que c’est intéressant

    je ne sais pas ce que vous savez sur le sujet, mais c’est trop d’effort de discuter avec des gens qui partent d’où vous partez. Vous savez des éloges, c’est pas sur l’internet que j’en reçois beaucoup, rassurez vous.

    De toute façon, je regrette finalement, de répondre sur internet, il y a trop de gens qui pensent que je suis un baratineur. ça me nuit. Lisez tranquillement les papiers, ça vous ouvrira au sujet, vous verrez, tout ça est très sérieux et le fruit d’années d’efforts.

    pour vous faire plaisir une dernière fois :

    “Et il me semble que c’est fondamental: qu’est-qui vous permet d’affirmer aussi péremptoirement qu’il n ‘y a pas de gène impliqué, que des gènes ne pourraient pas justement être ce qui a déterminé le processus biomécanique que vous décrivez?”

    vous ne comprenez pas. Je n’ai jamais dit qu’il n’y a pas de “gène impliqué”, c’est toute la logique sous-tendue par la biologie, jusqu’à vos remarques, qui est fausse, complètement fausse.

    Les embryons sont des feuillets d’ectoderme posés sur des fibroblastes (du mésenchyme)
    au cours des mouvements des cellules (le fameux écoulement hyperbolique que M. Vekris ne veut pas montrer sur son site, puisqu’il existe bien, voir ces remarques ici-mêmes du style : “Son interprétation du bauplan des tétrapodes est au point de manquer de jambes pour l’instant, devant l’impossibilité de l’auteur de montrer des images des mouvements cellulaires qu’il pense être à l’origine des bourgeons des membres postérieurs.” tellement débile)

    bref, le tissu plie; suivant la façon dont il plie, ça fait un cerveau, un poumon, un bras, des vertèbres, avec les mêmes gènes, avec le même contenu biologique. Il n’y a pas de gènes “des pattes” ou “du poumon”; Aucun gène du poumon n’est spécifique au poumon, c’est juste une soupe “comme ça” et là où les plis ont forgé un sacule, ça part en forme de poumon, ailleurs, ça fait un dos, mais comme le pattern de champ de déformation est très différent, ça fait une vertèbre, c’est tout. Il existe plein de gènes qui peuvent faire démarrer la croissance d’un bras avec un artefact genre bille de plastique: ces gènes ne sont même pas exprimés dans le bras normal. Enlevez FGF10, et y’a plus de poumon, et pas non plus de pattes, etc; etc. Evidemment y’a quelques nuances mais :

    Les vertèbres sont le résultat d’un flambage visco-élastique d’un matériau (la pâte vivante) dont l’équation constitutive contient des termes de dilatation (les facteurs de croissance) mécanosensibles), c’est tout. Juste avant de flamber, y’a les mêmes gènes, sans vertèbres, juste après y’a des vertèbres, c’est comme au cours de l’évolution, même chose , ça dépend des conditions aux limites du champ de vecteur et bien sûr “des gènes”, mais y’a pas de gènes “des vertèbres”.

    il n’existe aucun gène dont on puisse dire “il induit des vertèbres”, il existe sans doute 30000 gènes rentrant dans la composition d’une “vertèbre”.
    D’ailleurs une vertèbre, je l’ai déjà dit : ça n’existe pas. C’est une vision de gens qui voient des ossements dans un cerceuil, mais dans un animal vivant, ça n’existe pas, ça n’a pas d’en soi.

    Est-ce que vous comprenez?

  48. J’ai la désagréable impression d’assister à du grand n’importe quoi. En quoi une vertèbre n’existerait t’elle pas “biologiquement parlant”? C’est quoi cette technique rhétorique?

    On peut tout à fait la différencier des autres tissus par… le fait que ce soit osseux, et des autres os par sa forme ou que sais-je encore. On joue à quoi, 1984? Réécrire l’histoire du développement pour faire croire que tout est physique?

    Je suis tout à fait ouvert à l’idée de contraintes physiques intervenant dans le développement, j’en ai parlé avec des enseignants bien avant de connaître vos théories, mais vous ne pouvez pas refuser de voir les preuves d’une induction génétique!

    Dire que “toute la logique sous-tendue par la biologie” est fausse, ça me semble osé. Que notre modèle conceptuel soit incomplet, je l’admet, mais refuser la composante génétique, c’est à mes yeux contre-productif.

    Je remarque aussi que dès que le débat porte sur votre rhétorique vous refusez de le poursuivre…

  49. oui oui, je comprends votre réaction:

    regardez votre doigt, posez le devant vous à, plat sur la table. Levez votre doigt : ça bouge des tissus jusqu’au coude. Le doigt, ça n’a pas “d’en soi”, ce n’est aps de la rhétorique. Il n’ya pas un gène “du doigt” tel que posé sur la table devant vous

    mais bon, je me fais assassiner tout le temps, c’est pas grave.
    Une vertèbre, effectivement ça n’existe pas, hors une colonne vertébrale, avec les disques, les ligaments les mucles la moëlle épinière etc. Y’a pas des gènes “des vertèbres”, qui agiraient que pour faire la vertèbre etc.

    Les contraintes physiques, c’est pas juste un truc en plu

  50. J’ai fini par trouver ! Sans l’aide de Timothée.

    5 November 2007 à 1:54 am : “Vincent Fleury affirme avoir créé une formule mathématique [faisant référence à “modèle mathématique” je pense] qui permet de prédire l’évolution future de l’embryon. Cette formule a-t-elle été évaluée par des pairs? L’a-t-il seulement publiée? Apparemment, non. Et je trouve cela hautement suspect.”
    Et il précise en s’adressant à Tom 5 November 2007 à 4:55 pm : “Si Vincent Fleury voulait vraiment être évalué par d’autres scientifiques, il lui serait très facile de publier ses données, ou cette formule mathématique, et que sais-je encore. Bref, d’en faire une théorie cohérente, complète, capable d’être évaluée, critiquée, débattue en connaissance de cause. Qu’il ne l’ait pas fait, c’est cela que je trouve hautement suspect.”

    OK, ce n’est pas VF qui est “hautement suspect”, mais le fait qu’il n’a pas publié (pré-publié), en environnement scientifique au moins, sa “formule mathématique permettant de prédire l’évolution future de l’embryon“. Et rien à voir avec mes propos, plutôt ceux de VF lui-même, confiés à Léa Monteverdi, pour “3 questions à …” du journal du CNRS.

    Pascal Lapointe m’a l’air de se faire son idée tout seul.
    Timothée aussi.

  51. ah d’accord
    merci pour la précision, c’est dans la nuance

    tant qu’on y est est-ce qu’il ne tenait pas cette idée fausse de vos nombreux posts où vous dites que je ne soumets pas mes travaux à comité de lecture etc.? ce qui en l’occurrence n’est pas vrai, puisque la formule est publiée, vous le savez bien (j’ai l’impression que vous n’avez pas compris que la formule publiée dans organogenesis, est la même que celle utilisée pour l’évolution, l’évolution n’étant qu’un spectre de famille de champs de vecteurs de développement, pour ceux qui comprennent)

    Par ailleurs, pour répondre à Timothée, au sujet de la gentille phrase

    Je remarque aussi que dès que le débat porte sur votre rhétorique vous refusez de le poursuivre…

    moi je remarque que dès que je mets des équations pourtant très claires du genre V=rot(psi) et psi=kxy, y’a plus personne. Si les gens comprenaient ça, de nombreux commentaires sur l’inexistence de mes théories seraient évités
    La rhétorique , après…

    Au passage, pour M. Vekris, précision pour précision, je vous serai gré d’effacer toutes les pages de votre site où j’apparais en relation avec le mot clé créationnisme, puisque à ma connaissance vous êtes d’accord avec moi là-dessus, par ailleurs, il me semble que vous avez également convenu avec Tom Roud de la réalité des écoulements que je décris, donc veuillez effacer toutes les pages où vous prétendez qu’il n’y a pas d’évidence expérimentale de ce que je raconte

    désolé pour tout ce “troll” comme vous appelez ça, Timothée, croyez bien. Un jour quelqu’un regardera ça de l’extérieur, et se demandera comment j’ai pu supporter toutes ces conneries.

  52. mais vous ne pouvez pas refuser de voir les preuves d’une induction génétique!

    pour les vertèbres, vous définissez comment “linduction génétique”?

  53. bref, le tissu plie; suivant la façon dont il plie, ça fait un cerveau, un poumon, un bras, des vertèbres, avec les mêmes gènes, avec le même contenu biologique.

    Oui oui, très bien, tout ça, je l’ai compris il y a des semaines. Processus biomécanique. Très bien. Ce que vous n’expliquez pas, c’est pourquoi chez certains organismes ça donne des colonnes vertébrales et chez d’autres, non. Vous avez affirmé sur ce blogue qu’il s’agit d’un processus universel, prédictible au moyen d’une formule mathématique. Or, comme ce processus biomécanique, si votre théorie est juste, ne produit pas que des bestioles semblables, il faut bien qu’il y ait un autre processus (plusieurs autres, sans doute) impliqué en amont. Or, vous affirmez avec conviction qu’il n’y a pas de gènes des vertébrés. Dès lors, on en revient toujours à la question fondamentale: 1) Commetn pouvez-vous prouver pareille chose alors qu’on est loin d’avoir tout décodé des génomes et 2) Qu’est-ce qui fait que cet hypothétique processus biomécanique oscille tantôt vers un invertébré tantôt vers un vertébré? La main de Dieu?

    Il n’y a pas de gènes “des pattes” ou “du poumon”;

    Pour le poumon, je ne sais pas, mais pour les pattes, plusieurs chercheurs, à travers le monde, sont en train de cerner avec de plus en plus de précision le ou les gènes qui, chez la salamandre, expliquent que des pattes puissent repousser. S’agit-il de “gènes des pattes”, ou de “gènes de la repousse des pattes”, il est trop tôt pour que qui que ce soit puisse conclure dans un sens ou dans l’autre.

  54. ah la la; bon.

    je n’ai jamais dit “il n’y a pas de gène des vertébrés”, ou alors je m’en excuse. je ne vois pas où j’ai utilisé cette locution.

    c’est Timothée qui a dit ça (enfin, l’inverse : “il y a des gènes de vertébrés”)

    Est-ce que vous comprenez la nuance?
    Si vous ne comprenez pas la nuance, je suis désolé, mais ça complique ma tâche.

    bon, je vais vous expliquer une dernière fois, ça vaudra aussi pour Timothée, voir els autres lecteurs qui ont encore le courgae de lire tout ça.

    Le problème n’est pas seulement une question de “contraintes” contre “inductions”. Quand je dis “il n’y a pas de gènes des vertèbres” ou “du doigt” et quand je dis “une vertèbre” un “doigt, ça n’existe pas”. Je dis ceci :

    -évidemment, l’objet matériel doigt ou vertèbre est bien là devant moi, il est matériel, et il y a des gènes exprimés dedans à l’instant où je parle

    -MAIS

    -A) l’objet désigné par “doigt” ou “vertèbre” n’est pas un objet défini correctement scientifiquement. L’étude de cet objet n’a pas de sens. C’est exactement comme si, regardant les anneaux de saturne, et ne sachant pas ce que c’est, vous coupiez les anneaux en quatre et donniez un quart à étudier à quelqu’un en lui demandant de faire la science de ce quart d’ellipse. Cet objet n’est pas défini scientifiquement, dans l’espace des solutions des problèmes astronomiques qui ont un sens. C’est une erreur de catégorie.
    Quand je dis que le point de vue est erroné, c’est ça que je dis : l’objet d’étude biologique est mal défini, il est fondamentalement erroné.

    Ainsi, les muscles extenseurs des doigts sont reliés au coude, parce que le doigt et toute la main proviennent d’une petite bosse de la surface de l’épaule qui s’est étendue en restant toujours en continuité tissulaire avec l’épaule, comme un écoulement. Posez votre main gauche sur votre coude droit, et levez le majeur. Vous serez surpris de l’intensité des mouvements ressentis dans le bras. ça n’a pas de sens de couper un doigt par la pensée et de chercher à en faire la science. Evidemment, on peut sélectionner dans un anneau de saturne un sous-anneau particulier et en faire l’étude, de même qu’on pourrait, de l’épaule jusqu’au bout du doigt, extraire une sous partie cohérente de nappes de fibres musculaires, et en faire l’étude scientifique, cette façon de couper, dans le fil, aurait un sens. Est-ce que vous comprenez? MAis c’est pas ça que l’on fait, on coupe par la pensée dans le sens orthogonal au sens pertinent.

    Alors: “il n’y a pas de gènes des vertèbres”. Bien entendu.

    B) Ce n’est pas une question de gènes qui resteraient à découvrir, c’est une question de catégorie. Evidemment, il y a des gènes exprimés dans tout objet de matière biologique. Quand je dis, il n’y a pas de gènes des vertèbres, ce que je dis c’est qu’il n’y a pas de gènes, en tant qu’explication scientifique de l’objet matériel vertèbre si je prends une telle vertèbre dans ma main.

    Les vertèbres sont le résultat d’un écoulement planaire hyperbolique, suivi d’un flambage à 3D etc. avec les mêmes gènes, je fais autre chose, par exemple, une méduse, si l’écoulement initial au lieu d’être hyperbolique est en hérisson (j’élucubre, mais à peine). Regardez une méduse: c’est le résultat d’un flambage vertical d’un sac cylindrique (le polype). l’origine de ce sac cylindrique, c’est une gastrulation centrée, là où les vertébrés gastrulent de façon hyperbolique. Résultat : un flambage sur un sac à parois ronde, ça fait des méduses empilées les unes sur les autres (la strobilation des polypes), quand un flambage sur deux plis tête bêche fait des somites.
    C’est la différence de mouvement qui fait que vous formez plutôt des méduses empilées ou plutôt des séries de vertèbres, avec, potentiellement, les mêmes gènes (y’a pas beaucoup de génétique de la méduse, mais quelques gènes ont été trouvés évidemment communs avec les vertébrés).

    Supposez que je m’intéresse à l’eau, et regarde une baignoire qui se vide : je regarde un bout, calme et plat, à l’autre, un tourbillon qui descend, des gouttes qui tombent de la pomme de douche. Y’a pas de l’eau à un bout de la baignoire, du gloub à l’autre et du schlips qui tombe de la douche. C’est de l’eau, dans les trois cas.

    Les mêmes gènes feront des vertèbres ou des côtes ou des bassins, suivant la façon dont ça s’écoule (d’où d’ailleurs tous les animaux qui ont des bassins faits de vertèbres “soudées”)

    Les gènes de la brisure de symétrie initiale ne sont pas davantage des gènes “de vertèbres”, que ceux qui sont présents après

    Ah mais l’écoulement initial? Sa cause peut être lointaine, dans l’organisation des deux premières divisions cellulaires, et ne plus être présente dans la formation de l’embryon au moment où apparaissent les vertèbres.

    mais bien sûr, les paramètres génétiques de la première division cellulaire, ou même, la brisure de symétrie de l’ovocyte sont des gènes contribuant à la différence entre vertébrés et cnidaires.

    Est-ce que vous comprenez?

    Vos réactions commencent à ressembler à celles de M. Vekris. j’en suis désolé. Je n’ai pas à répondre à des injonctions, sur le ton de “on va le coincer”. j’ai déjà répondu sur les vertébrés et les invertébrés à de nombreuses reprises (avec l’exemple des cnidaires, la mouche n’est pas ma spécialité)

    je ne sais pas pourquoi vous me parlez de la main de Dieu, honnêtement, je comprends pas la plaisanterie, n’étant pas créationniste, est-ce que vous êtes créationniste, vous, c’est ça? Vous me demandez si c’est la main de Dieu? Comprends pas, c’est pas ma tasse de thé. je ne sais pas pourquoi Vekris et vous maintenant, me faites des remarques comme ça. ça me dégoûte.

    Pour la régénération des pattes, on en a déjà longuement parlé avec d’autres. N’oubliez pas la ligne de coupe : ça régénère sur un bout qui existe, dans la continuité

    pour le poumon, c’est bien connu, maintenant. Faites”trachea occlusion” sur google, et vous serez servi.

    Voilà, y’aurait beaucoup de choses à ajouter, mais j’arrête là, sur ce ton là, j’ai déjà trop donné.

  55. pour ceux qui sont dans le coin, je fais une conférence à Toulouse après demain (et ne pourrait plus répondre à ce fil après ça)

    http://www.cnrs.fr/midi-pyrenees/

    voir rubrique “rencontres scientifiques” le lieu (imft) et l’heure 10h30, amphi Noguero

  56. @VF: Vous ne comprenez vraiment pas où ça achoppe, dans votre tentative de communication / vulgarisation? Au point de départ, bien plus de gens que vous ne le soupçonnez vous comprennent: tant que vous demeurez dans le type de généralités esquissée dans le paragraphe suivant, tout le monde vous suit. C’est comme débattre de philosophie ou d’épistémologie: on n’est pas nécessairement d’accord, mais il n’y a pas de quoi fouetter un chat.

    Quand je dis que le point de vue est erroné, c’est ça que je dis : l’objet d’étude biologique est mal défini, il est fondamentalement erroné. Ainsi, les muscles extenseurs des doigts sont reliés au coude, parce que le doigt et toute la main proviennent d’une petite bosse de la surface de l’épaule qui s’est étendue en restant toujours en continuité tissulaire avec l’épaule, comme un écoulement. (…) Evidemment (…) on pourrait, de l’épaule jusqu’au bout du doigt, extraire une sous partie cohérente de nappes de fibres musculaires, et en faire l’étude scientifique, cette façon de couper, dans le fil, aurait un sens. Est-ce que vous comprenez? MAis c’est pas ça que l’on fait…

    Donc, jusque-là, tout va bien. Bien sûr que je comprend. Ca fait des semaines que j’ai compris. Jusqu’ici, aucun problème, c’est juste une interprétation générale, globale, de l’anatomie, le genre de définition qu’on pose avant de démarrer une recherche; un prélude avant de passer aux choses importantes.

    Mais c’est tout de suite après, dans la phrase suivante, que ça dérape:

    Alors: “il n’y a pas de gènes des vertèbres”. Bien entendu.

    Eh bien non, il n’y a pas de “bien entendu”, du moins pas à partir de ce que vous avez écrit dans le paragraphe précédent. Il y a ici un saut périlleux, du point de vue “doigt-bras-épaule” au point de vue “vertèbres-colonne vertébrale-… organisme complet”? Quand vous dites: “il n’y a pas de gènes des vertèbres”, vous ratissez soudain beaucoup plus large qu’avec “il n’y a pas de gènes du doigt”. Vous venez de faire une grosse, grosse affirmation sans l’étayer —alors que le paragraphe précédent n’était qu’une mise en situation, donc n’exigeait pas d’être étayé.

    Avec “doigt-bras-épaule”, tout le monde peut admettre, à tout le moins pour les fins de la discussion, qu’il s’agit d’un tout. Mais ça ne démontre pas qu’il n’existe pas de gènes, disons, “doigt-bras-épaule”. Donc, ça ne démontre pas non plus qu’il n’y a pas “bien entendu” de gènes des vertèbres -entendons ici, pas de gènes “colonne vertébrale”. Même si on devait admetre que votre processus biomécanique est à l’origine de la colonne vertébrale, ça n’expliquerait toujours pas pourquoi il y a des invertébrés.

    Il y a d’autant moins de “bien entendu” qui puisse être inséré là qu’en plus de faire un saut périlleux d’une grande généralité à quelque chose de très, très pointu, il y a aussi un saut quantique langagier: on passe d’un niveau très vulgarisé à un niveau soudain très technique, sans transition, sans justification de cette transition. L’analogie de départ avec le doigt a du coup perdu toute son utilité. D’un côté, vous offrez un enchaînement logique du doigt à l’épaule, de l’autre, des “écoulements planaires” ou des “flambages verticaux”, ou des “gastrulations centrées”, qui sont des expressions qui ne peuvent pas désigner la même chose et qui aboutissent de toutes façons à des choses très différentes, de la méduse à l’humain…

    Bref, vous n’aimerez pas mes arguments et vous me traiterez peut-être encore une fois d’ignorant ou pire, mais n’empêche qu’il y a ici, très nettement, une liaison qui n’est claire qu’à vos yeux.

    À moins que Timothée ou Tom, plus intelligents que moi, ne veuillent se risquer à un effort de vulgarisation?

  57. oh, comme c’est bête, je vous demande pardon, la phrase :

    “il n’ya pas de gènes de vertèbres servait à introduire le point B, ce n’est pas une inférence du point A, désolé

    bon courgae

    vf

  58. Tactiques de l’amalgame, de l’inférence suggérée, de l’analogie détournée… Y a pas à dire, comme politicien, vous seriez très habile. :-)

  59. qu’est-ce que c’est que ces conneries.

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