Archive for February, 2008

Les créationistes sont-ils dangereux?

Posté par Timothée le 24 February 2008 | , , , ,

J’avais l’autre jour une discussion assez intéressante sur les dangers du créationisme, suite au lancement d’un journal destiné à promouvoir ces thèses, et j’en suis arrivé à me poser une question toute simple : sont-ils dangereux? L’existence de leur courant de pensée représente t-elle un risque pour la science, et surtout son enseignement?

J’entend par “créationiste” tout personne approuvant (même tacitement) Genèse 1 : Le premier jour, dieu créa le ciel et la terre et ce qui s’ensuit. Je ne fais pas de différence entre modérés et young earth creationists (qui pensent que la terre a 4000 ans). Par la même occasion, même si c’est vrai pour la plupart d’entre eux, je ne considère pas que les religieux et croyants (principalement catholiques) soient des créationistes. Pour faire simple, le créationiste dont je parle, c’est celui qui croit que dieu est à l’origine de tout, et qui sur cette base attaque la théorie de l’évolution.

Ceux-là, donc, sont probablement psychologiquement diminués, mais en sont-ils pour autant dangereux? J’ai du mal à dire que oui, pour plusieurs raisons.

D’une part, ils ont une motivation essentiellement religieuse, ancrée dans un tissu dogmatique plus vaste. Ils sont donc moins susceptibles de toucher un public large (un public ouvert à leurs idées). Ils peuvent, dans une certaine mesure, conduire ceux de leur secte à rejeter aussi la théorie de l’évolution, mais je doute de leur impact réel (à moins que les dirigeants ou enseignants ne partagent leurs croyances, mais j’y reviens).

Second point, scientifiquement parlant, ils ne valent rien. Parce que leur argumentaire repose sur de la croyance (et c’est plus un credo qu’un argumentaire) et non des faits, mais aussi parce qu’ils attaquent des faits scientifiques sans aucun matériel contradictoire solide (le répugnant Atlas de la création de Harun Yahya est particulièrement relevant de cette tendance).

Faut-il pour autant les laisser dire? Je ne pense pas. Je considère que le créationisme est un sous-ensemble de la , vers laquelle il tend a se diffuser. Dans des pays ayant une culture religieuse forte (la France tombe dans ce cas — pour combien de temps encore l’état sera t-il séparé de l’église?), la niche écologique des créationistes est déjà faite.

Il y a donc un risque que la doctrine créationiste s’impose, non pas parce qu’il aura été prouvé qu’elle est scientifiquement valide (parce qu’entendons nous sur ce point, ça n’arrivera jamais), mais parce qu’elle sera devenue l’intime conviction de chacun. Enseignants, dirigeants, et autres.

Vous me ferez remarquer qu’il y a peu de chances qu’une doctrine aussi radicale et moyen-âgeuse que le créationisme s’impose de cette manière. J’accepte l’objection, mais laissez moi finir. Il faut considérer la possibilité de voir des religieux intégristes (tout au moins très proches des textes) occupe des poste-clés, enseigner, etc. Hors ce cas particulier, il faut s’intéresser à toutes les formes de soft-creationism, qui forment pratiquement un continuum entre créationisme pur et dur et… sciences de l’évolution!

C’est à mon avis les partisans de ces causes qui représentent le plus grand danger à l’heure actuelle: ceux qui croient en un “sens de l’évolution”, qui soutiennent la théorie du , les néo-Teilhardiens, et autres.

Pourquoi, alors que leurs thèses sont assez proches de celles défendues par les créationistes (existence d’un designer, par exemple), ont-ils plus de chances de connaître le succès?

La première raison est assez évidente. Bien que ceux qui les soutiennent soient souvent des religieux fondamentalistes, les partisans de ces théories ont une approche moins religieuse. Mystique, spiritualiste, certes, mais pas nécessairement religieuse.

Deuxième point, plus on s’enfonce dans la en s’éloignant du créationisme, plus on rencontre d’arguments “solides”. Autrement dit, d’arguments qui demandent une analyse pour être réfutés. Ou pire (et plus courant encore), des arguments qui interprétés correctement prouveraient la justesse de la théorie de l’évolution (ou plus précisément le fait que leur utilisation pour la réfuter est inapproprié), mais présentés de manière à faire passer la théorie de l’évolution comme une gigantesque mascarade (les séides du Discovery Institute sont très doués à ce petit jeu).

Comment éviter la progression de ces idées?

La première solution va encore faire dire à certains que je suis un vilain athée anti-religieux de base (ce qui n’est, à tout prendre, pas loin de la vérité). S’il est impensable qu’une personne ne croyant pas en dieu devienne un jour prêtre, peut-on concevoir qu’une personne qui soutienne l’idée d’un dieu créateur puisse enseigner les sciences de la vie? Vous voyez, vous hurlez à la discrimination. Ce n’est pas la solution que je recommande (c’est même la pire).

La solution qui me semble idéale, c’est la sensibilisation. L’enseignement. Que les scientifiques se mobilisent pour faire comprendre à la société que les théories pseudo-scientifiques qu’on propose, c’est bullshit. Plutôt que d’interdire l’enseignement des thèses créationistes et néo-dessein inteligent dans les écoles, pourquoi ne pas consacrer du temps à montrer en quoi elles sont fallacieuses et ne tiennent pas debout?

Si je me souviens bien de mes années lycée, la terminale S a une séquence qui me semble adaptée à ce type de réflexions…

Nota: Ecrit entre deux trains, en retournant au labo, d’où le manque de liens. L’auteur de ces lignes renouvelle son soutien aux partisans de la théorie du Flying Spaghetti Monster. Don’t give up.

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Stauned!

Posté par Timothée le 19 February 2008 | , ,

Il est un fait que ceux qui parlent de sciences en français sur internet sont peu nombreux. Il y a le C@fé, Plume!, SpectroSciences et quelques autres. De fait, on se retrouve à croiser toujours les mêmes personnes, et ce n’est pas toujours un sentiment agréable.

Pourquoi? Parce qu’on à parfois l’impression que malgré nous, on aide certains groupes à faire leur promotion. C’est du moins l’impression que j’ai eu après que aie choisi de recopier un chapitre de son livre dans un commentaire récent. Soyons clairs, soyons honnêtes. La seule chose qui motive ce billet, c’est la volonté de vous rééxpliquer encore pourquoi, d’après moi, la n’a pas sa place dans un laboratoire, mais aussi en quoi Staune et ses amis sont de parfaits pseudo-scientifiques.

Le , fondement de la science telle que nous la pratiquons aujourd’hui (et donc, je m’octroie la liberté de considérer toute personne s’écartant du comme un pseudo-scientifique, un crackpot, incluant , William Dembski et les autres), consiste à penser que tout est interprétable par des lois physiques et chimiques. La biologie n’est jamais qu’un grand corollaire de ces deux disciplines. Les autres hypothèses (dieu, le grand horloger, the flying spaghetti monster auquel va ma préférence,…) ne sont pas nécessaires au scientifique.

En “sciences dures”, la moitié des scientifiques cherchent les lois de la nature (les physiciens et les chimistes), l’autre moitié les appliquent (les biologistes et consorts) sous le regard affolé des mathématiciens qui les voient utiliser leurs beaux outils en dépit du bon sens…

Voilà ce qui fait la science. Ce n’est pas ce petit argument minable que nous offre : Anne Dambricourt dont les découvertes ont été publiées dans des revues à référés et qui enseigne dans l’école doctorale du Muséum National d’Histoire Naturelle. Analysons. La publication dans des revues à comité de lecture est bien entendu un gage de sérieux scientifique. Une sorte de rituel d’intronisation. Tant qu’on ne peut se prévaloir d’une publi, on n’est pas un scientifique. Et le comité de lecture est un gage d’excellence, d’ailleurs il n’y a jamais de rétractation, de fraude, de conflits d’intérêt. Il est tout à fait connu aussi qu’en France, on ne fait carrière que sur la base de ses compétences scientifiques, et que toute personne à un poste de maître de conférences où autre est nécessairement un scientifique de haut-vol. D’ailleurs, aucun scientifique ne pourrait penser à quelqu’un qui occupe inutilement la place d’une personne qui la mériterait 3 fois plus.

Où comment en une phrase, nous explique calmement qu’il n’a rien compris au monde de la recherche (je précise quand même qu’il serait malsain et injustifié de croire que tous les chercheurs vivent en parasite — je ne fais que souligner que ces deux arguments n’ont que peu de valeur). Le poste, le nombre de publis, ne sont pas de bons indicateurs du fait qu’une personne soit un scientifique ou non.

C’est maintenant que je répond à la question en quoi Lecointre est-il plus représentatif de la science que les doux illuminés de l’UIP? Voyons… Il publie dans des revues à comité de lecture, et il est membre (si ce n’est directeur) de l’ED à laquelle appartient Anne Dambricourt. Mais je ne peux pas utiliser ça, puisque je viens de dire que ça n’avait aucune valeur (ou presque). Alors quoi? Lecointre milite pour le , la voilà la différence. Et il n’y a pas besoin d’avoir inventé l’eau tiède pour comprendre que c’est la limite qui sépare la science du charlatanisme (une des nombreuses limites, en fait, il y a différentes sortes de ).

Pourquoi militer pour un retour du “sens” dans la science? Parce que c’est le moyen le plus rapide pour y faire entrer la . A tel point que l’UIP semble se focaliser sur ce “sens”. Allant jusqu’à parler de sens de l’évolution. A mon avis, ça relève d’une erreur conceptuelle quant à ce qu’est l’étude de l’évolution. Confucius disait de l’expérience qu’elle n’éclaire jamais que le chemin parcouru. J’ai la même vision de l’évolution. On sait ce qui s’est passé, on sait par quels mécanismes ça s’est produit (plus ou moins bien, d’ailleurs), mais il est difficile d’extrapoler à la suite. On peut éventuellement estimer les issues d’une situation, à conditions égales, mais la composante “hasard” est bien trop importante pour que l’on puisse dire précisément ce qui va se produire.

Si quelqu’un ici prétend le contraire, j’ai un jeu de données à analyser, je suis tout à fait prêt à le partager.

Revenons sur le fait que Staune et ses collègues soient de grands supporters de l’évolution. Je me permet de dire qu’il n’en est rien. Où alors, si c’est le cas, qu’ils n’ont toujours pas compris ce qu’était l’évolution. Peut-on être supporter de l’évolution, et soutenu par la fondation Templeton (qui milite pour rapprocher science et )? Peut-on être supporter de l’évolution et traduire en français des plaidoyers pour le , en les rendant encore plus virulents que la version originale? Peut-on enfin se prétendre supporter de l’évolution quand on partage les idées de religieux fondamentalistes aussi dangereux que William Dembski?

Non. Non, non, en aucune manière. A moins de se revendiquer supporter d’une science de la paresse intellectuelle, d’une science où les réponses que nous refuserions d’aller chercher parce qu’elles nous imposent des bonds conceptuels trop grands, nous irions les inventer ailleurs, d’une science qui serait utilisée non pas pour comprendre, mais pour prouver la justesse d’une idéologie. Une science sans hypothèse H1. Pas une science? Voilà, c’est l’idée…

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D’où nous viennent nos gènes de vertébrés?

Posté par Timothée le 18 February 2008 | ,

D’où nous viennent nos gènes de vertébrés? Où plutôt, de qui ? C’est la question à laquelle Anuphap Prachumwat et Wen-Hsiung Li, de l’université de Chicago, apportent des éléments de réponse, dans une lettre adressée aujourd’hui au journal Genome research.

On imagine bien sûr que nos lointains ancêtres invertébrés, rampants et se tortillant, nous ont légué une bonne partie de leur patrimoine génétique (et qui ose parler de fardeau ici n’a jamais vu Hermissenda crassicornis). Mais alors, comment expliquer notre fière stature, et notre impeccable maintien ?

Il suffisait, pour ainsi dire, de comparer des génomes. Cette approche de comparative permet de trouver ce que les vertébrés ont, et que les autres n’ont pas. Les deux auteurs ont donc mis en vis-à-vis huit génomes de vertébrés terrestres, et six d’invertébrés.

Devinez ce que leurs résultats indiquent ? 70% de nos gènes étaient déjà présents chez les invertébrés. Avec des critères d’analyse plus souples, on atteint le chiffre de 78%. Nous sommes donc différents de nos ancêtres vertébrés à hauteur de 22% de nos gènes (et non de notre génome, dont seule une infime fraction est composée de gènes).

Le travail du génomiste consiste alors à déterminer « qui » sont ces 22% de gènes. Et de ce point de vue, les résultats de Prachumwat et Li sont particulièrement intéressants. La majorité de ces gènes (plus de 50%) sont des singletons, autrement dit des gènes qui la jouent solo, sans appartenir à une famille ; ces singletons représentent à peine 25% des gènes communs. Et les protéines codées par nos gènes propres ont tendance à évoluer plus vite que celles codées par celles que nous partageons avec les invertébrés (de telles différences dans la vitesse d’évolution existent aussi entre les gènes chez les vertébrés, j’en avais déjà parlé pour les gènes “cerveau-spécifique”).

Ce résultat n’est pas surprenant en soi : ajouter les vertèbres demandait d’ajouter quelques gènes, notamment intervenant dans le développement. La plupart de nos gènes propres sont de fait impliqués dans la mise en place de l’organisation du corps. On fera ici une pause pour remarquer qu’en modifiant le contenu en gènes, on modifie le plan d’organisation. Certes, la méthode est récursive, dans la mesure ou pour déterminer la fonction d’un gène, on regarde à quel gène dont la fonction est connue il ressemble le plus. Néanmoins, on peut, par de la comparative, comprendre certains mécanismes génétiques, et notamment d’un point de vue développement.

Mais là ou le travail de Prachumwat et Li devient extrêmement intéressant, c’est qu’ils ont aussi évalué la modification de la taille des familles multigéniques (celles que nous partageons avec les invertébrés). Et à ceux qui prétendent que devenir plus « complexe » c’est avoir plus de gènes, ils rétorquent que nos familles multigéniques sont parfois de même taille, mais souvent plus petites que celles des invertébrés.

Ils observent toutefois des différences entre les familles, selon les fonctions de leurs gènes. Les vertébrés ont des familles plus grandes en ce qui concerne la synthèse des protéines et la transduction du signal, alors que celles impliquées dans les procédés métaboliques se sont contractées.

Les travaux de Prachumwat et Li suggèrent donc que la taille d’une famille multigénique, et son évolution, dépend en partie de la fonction des gène qu’elle regroupe.

Référence

Prachumwat & Li (2008) Gene number expansion and contraction in vertebrate genomes with respect to invertebrate genomes, Genome research Feb. 2008, pp 221-232

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La vie des saumons…

Posté par Timothée le 14 February 2008 | , ,

…n’est pas toujours rose.

Le jeu de mots est discutable, mais c’est bien le titre que j’ai donné à ma brève publiée ce matin sur SpectroSciences à propos du papier de Ford & Myers paru avant-hier dans PLoS Biology.

Merci encore à Guillaume pour son invitation.

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Brèves #2

Posté par Timothée le 12 February 2008 |

Nouveau mardi, nouvelles .

L’ancien nouveau template était pétri de bugs. Retour en arrière.

Workshop de virologie à l’observatoire. Des conférences pendant deux jours. Ca fait du bien d’entendre parler d’autre chose que de parasites (enfin… les virus…). Le talk de Jean-Michel Claverie sur les mimivirus était particulièrement intéressant…

Après le “tu veux pas reprendre à la première diapo?” de la semaine dernière, j’ai eu droit à “j’ai lu ton papier, c’est vraiment pas mal, tu veux pas refaire les stats et réécrire?”. Je commence à adorer qu’on s’occupe de moi.

J’ai enfin réussi a colorer la biblio avec LaTeX, proprement, sans bavures. Package disponible pour qui veut.

Les codes BiblioVie vont changer bientôt. Be prepared.

Un billet a venir : avec quelques doux illuminés de mon master, on a décidé de s’ouvrir un wiki pour parler de nos sujets de stage, et de se faire nos remarques entre nous. Ca cogite sec, et c’est une utilisation intéressante des nouvelles technologies.

Mon bureau est tellement anthropisé (note pour moi-même : ne pas faire de biblio pour 3 sujets en même temps) que j’ai patafixé ma clé USB sur le mur pour ne pas la perdre. Et que je l’ai perdue en patafixant une feuille par dessus. Qui dit mieux?

Porgramme de la journée : chercher un parasite (et un seul!) sur des branchies qui ont passé 6 mois dans l’alcool. Comment je vais le reconnaître? Oh facile… A la morphologie d’une pièce sclérifiée qui ne résiste pas à l’alcool…

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