Archive for December, 2007

Un écosystème sain est-il riche en parasites?

Posté par Timothée le 11 December 2007 | , , , ,

Introduction & problématique

À l’exception de la première étude historique de Robert Payne dans les années 1940, le rôle des dans le fonctionnement de l’écosystème a longtemps été exclu de la recherche en écologie. Bien que représentant, selon les estimations, près de 50% de la diversité spécifique, leur faible contribution à la biomasse a souvent conduit les écologistes à les négliger. On assiste cependant depuis une dizaine d’années à un renversement de la tendance, et leur rôle fondamental dans de nombreux processus ecosystèmatiques — structure des communautés, topologie des réseaux trophiques, ecosystem engineering, dynamique des populations — est maintenant reconnu. Peut-on alors, avec Hudson et coll. (2006), aller jusqu’à postuler qu’un écosystème sain est celui qui est riche en ?

Dans cette synthèse, j’ai choisi d’illustrer cette question fondamentale par deux aspects : l’importance des pour la , ici évaluée via une approche expérimentale de l’effet de sur des hôtes non-habituels, et le rôle différent des spécialistes et généralistes dans la structuration des communautés et la biodiversité.

Poser la question de la relation entre parasitisme et santé de l’écosystème demande de définir le concept de santé à l’échelle d’un écosystème. La définition habituelle de la santé d’un individu, fixée par l’OMS en 1946 2, n’est pas transposable à un écosystème. Il s’agit en effet d’un ensemble complexe comprenant des éléments biotiques — individus, communautés, populations — et abiotiques — matières inorganiques, biotope — en interaction. De ces interactions résultent les services écosystématiques. Sa santé représente donc plus qu’un somme de la santé de chacun des individus.

Suite aux travaux de Robert Costanza et Michael Mageau notamment, on retient trois critères permettant l’évaluation de la santé globale d’un écosystème : (1) l’organisation, (2) la vigueur 3, et (3) la résilience 4 . Ces trois paramètres garantissent que le système en question atteint le maximum de son espérance de vie (et qu’il n’est pas atteint par le distress syndrome, ensemble de processus irréversibles conduisant à son effondrement précoce).

Adaptation locale et

L’hypothèse selon laquelle les infestant des hôtes qu’ils n’ont jamais rencontré (non-habituels, pour lesquels il n’y a pas eu d’adaptation locale) sont plus virulents que sur leurs hôtes endémiques, est largement répandue. Ce fait est susceptible d’avoir des répercussions pour la , notamment lors d’actions de repeuplement.

Sasal et coll. (2000) ont tenté une vérification expérimentale de ce postulat, en prélevant des digènes (Labratrema minimus Stossich 1887) et en infestant différentes lignées européennes de Gobie commun (Pomatoschistus microps Krøyer 1838) : la lignée sur laquelle les ont été prélevés, deux lignées infestées par L. minimus de souches différentes, et une lignée vivant dans une zone ou L. minimus est endémique, mais non infestée.

Contrairement à ce qu’on attendait selon le paradigme énoncé précédemment, Sasal et coll. n’ont pas pu mettre en évidence d’effet histologique plus important des sur les lignées d’hôtes avec lesquelles ils n’ont pas coévolué. Cette absence de dommages importants aux hôtes non habituels ne signifie pas une absence d’effets sub-létaux, comme Sasal et coll. le rappellent : “Lack of evidence of serious harm to their hosts by introduced parasite species [...] merely underlines the limitations of our knowledge on the subject”.

Il convient de comparer ce résultat avec celui plus récent de Seppälä et coll. (2007), dans lequel l’impact du parasitisme (plérocercoides de Schistocephalus cotti) sur une population de chabot commun (Cottus gobio L.) introduite est étudié. On montre que les plérocercoides ont un effet important sur C. gobio, avec notamment un arrêt du développement des gonades. Les S. cotti représentent une proportion importante du poids des hôtes, indiquant que les dommages sur un nouvel hôte doivent être évalués avec attention pour chaque système, et qu’il est peut-être plus difficile qu’il ne semble d’inférer des grandes tendances avec des résultats expérimentaux aussi peu nombreux et contradictoires.

Le parasitisme comme régulateur de la biodiversité

On appelle compétition apparente l’arbitrage de la compétition directe entre deux espèces par un ennemi commun (figure 1). Les généralistes sont susceptibles de prendre part à l’arbitrage dans une compétition, ce qui a des répercussions pour la structure de la communauté et la biodiversité. Hudson & Greenman (1998) rapportent qu’il est possible d’aboutir à l’exclusion d’un hôte en présence d’une nouvelle espèce hôte (sur un système insectes-parasitoïde). La compétition apparente s’accompagne la plupart du temps de différents taux de transmission d’une espèce hôte à l’autre, ce qu’Haldane avait pressenti dès 1949 : “a non specific parasite is a powerful competitive weapon”. Les généralistes sont donc susceptibles de réduire la biodiversité, en favorisant les espèces qui les supportent le mieux.

Les spécialistes ont un effet différent. Suite à leurs travaux réalisés dans les années 1970, sur la biodiversité des forêts tropicales, Daniel Janzen et Joseph Connell ont avancé l’hypothèse que les exploiteurs spécialistes (dans leur cas des herbivores) pouvaient agir comme drivers de la biodiversité. Le postulat de ce modèle est que les ont un plus grand succès si leurs hôtes ont une densité importante. Une stratégie de protection des hôtes consiste a se disperser pour minimiser l’impact du parasite. Cette stratégie mise en évidence chez les plantes trouve un équivalent dans le système bactérioplancton-bactériophages (“killing the winner”).

Conclusion : un écosystème sain est-il riche en ?

Sur la base des informations que l’on trouve à travers la littérature, et des quelques éléments que j’ai tenté d’apporter dans cette synthèse, on peut répondre à la question de Hudson et coll. de manière positive. Quelques nuances, cependant, doivent être apportées. Le rôle du parasitisme dans la capacité de résilience n’est que peu étudié. On peut éventuellement considérer que les dommages plus importants subis par les hôtes non endémiques (Seppälä et coll. 2007) sont un mécanisme de “protection”. D’autre part, les effets différents des spécialistes et généralistes sur la biodiversité et la structure des communautés vont permettre l’organisation de l’écosystème, et contribuer à sa santé.

Il semble raisonnable de conclure qu’aussi paradoxal que cela puisse paraître, “there is increasing evidence that a healthy ecosystem is an infected ecosystem”, comme le concluaient Hudson et coll.. Il faut toutefois ne pas surestimer l’impact du parasitisme dans les processus écosystèmatiques. Si le peu de considération qu’il a reçu de la part des écologistes jusqu’à ces 15 ou 20 dernières années n’a plus la moindre raison d’être, il semble important de prendre en compte les effets conjoints de facteurs environnementaux, qui interfèrent avec l’action des , ce qui implique de concevoir des protocoles expérimentaux robustes pour étudier des phénomènes complexes.

Il semble maintenant important d’avoir une vision transversale de l’effet du parasitisme dans le fonctionnement des écosystèmes : non plus simplement en étudiant son impact à travers mécanismes, mais dans la globalité. En plus de l’effort de modélisation, une approche expérimentale paraît indispensable, notamment en utilisant les espaces protégés (donc a priori sains) que constituent les réserves naturelles.


Figure : Compétition apparente entre deux taxons hôtes d’un même parasite. Les généralistes modifient la structure des communautés et leur biodiversité.

Références

Hudson, P. & Greenman, J. (1998), ‘Competition mediated by : Biological and theoretical progress’, Trends Ecol Evol 13(10), 387.

Hudson, P. J., Dobson, A. P. & Lafferty, K. D. (2006), ‘Is a healthy ecosystem one that is rich in ?’, Trends Ecol Evol 21(7), 381–385.

Sasal, P., Durand, P., Faliex, E. & Morand, S. (2000), ‘Experimental approach to the importance of parasitism in biological conservation’, Mar Ecol Prog Ser 198, 293–302.

Seppälä, T., Chubb, J. C., Niemelä, E. & Valtonen, E. T. (2007), ‘Introduced bullheads Cottus gobio and infection with plerocercoids of Schistocephalus cotti in the Utsjoki, an Arctic river in Finland’, J Fish Biol 70, 1865–1876.

Très rapide synthèse de bibliographie rendue dans le cadre du master. En attente de correction…

Billets similaires

3 réponses pour l'instant

Un an déjà…

Posté par Timothée le 10 December 2007 |

Cela fait un an que j’ai reçu un mail d’un certain sociologue blogueur, qui me proposait quelque chose d’assez dingue. Participer a un agrégateur de blogs scientifiques francophones. Et moi évidemment, j’ai dit oui. Et il y a un an, le C@fé des Sciences naissait, autour de six courageux blogueurs, qui avaient envie de faire partager leurs idées et leur passion.

Au fil du temps, notre effectif a gonflé, et nous nous retrouvons un an plus tard à accueillir notre 10ème membre. Et pour marquer cette date anniversaire, il fallait faire quelque chose de grand, quelque chose d’exceptionnel. Il fallait changer le C@fé des Sciences.

Changer comment? Dans la forme, pour commencer. Nouveau design, pour commencer. Plus sobre, plus lisible, plus “noir gris et blanc”. Mais avant tout nouvelle formule, nouveau concept. Parce que l’agrégation de contenu, c’est bien, mais l’ouverture aux autres, c’est mieux.

Alors nous avons ouvert nos volumineux carnet d’adresses, et sommes parti en quête de personnes qui pourraient nous aider. En écrivant un article pour nous. Parce qu’autant le dire tout de suite, le “nouveau” C@fé des Sciences est beaucoup plus ouvert, et attend avec impatience vos contributions.

Et pour cette semaine d’exception, nous allons vous offrir un billet par jour, écrit par un scientifique de notre connaissance, dans des domaines qu’on ne voit que rarement sur le devant de la scène. L’occasion de découvrir de nouvelles plumes (particulièrement agiles!), et de nouveaux domaines; avec des sujets qui sont, plus que jamais, d’actualité. Et en plus, ça reste sous la forme d’un ! Oui, vous pourrez commenter, faire des trackbacks, des liens, et recevoir les billets dans votre lecteur RSS…

L’adresse n’a pas changé, évidemment, c’est toujours ici que ça se passe. Et comme vous allez aimer ce que vous allez lire, vous aurez envie de le partager. En portant le tee-shirt? Pourquoi pas…

Bref, assez parlé… Bonne lecture à tous!

Billets similaires

Pas de réponse pour l'instant

D’une simple mutation à une épidémie?

Posté par Timothée le 7 December 2007 | ,

Point épidémique à la Réunion, 16 février 2006. Données Ministère de la Santé.Parmi les différentes maladies émergentes qui devraient nous préoccuper en ce moment, le chikungunya (CHIKV pour les scientifiques, chik’ pour les autres) est assez bien placé. Cet arbovirus (Arthropode borne virus, virus porté par des arthropodes) est responsable d’une épidémie hyper-médiatisée en 2005-2006 à la Réunion, ainsi que d’un épisode épidémique (nettement moins couvert, lui) en italie. L’épidémie est retombée (1 cas confirmé sur 15 soupçonnés à la Réunion en Novembre 2007), mais la surveillance continue.

L’épidémie de la Réunion a atteint 266000 cas humains, associés à un mutant de la souche LR2006 OPY1 (La Réunion 2006, code OPY1, probablement une indication de lieu de prélèvement) répondant au doux nom de E1-A226V. Ceux qui parlent le virologiste (ou le généticien) couramment auront reconnu une mutation du gène codant la protéine d’enveloppe E1, à la position 226, ou l’alanine devient une valine. Pour éviter de perdre trop de lecteurs, on va aller back to basics.

Et on va commencer par un peu d’épidémiologie. Le chik’ est une maladie vectorielle, ou plutôt, l’agent pathogène a un mode de transmission vectoriel. Qu’est-ce à dire? Chik’ est un virus, qui pour aller rejoindre son hôte définitif, passe par un vecteur, le moustique Aedes (sp. albopictus ou aegypti, et d’autres probablement). Avant que vous ne soyez infectés, il faut donc que des particules virales passent dans un vecteur (le moustique), qu’elles y fassent un petit tour dans différents organes, avant d’arriver au niveaux des glandes salivaires, et de passer à l’homme pendant le repas de sang du moustique.

Une fois dans votre organisme, un virus doit passer par différentes phases pour exprimer son génome. Une des plus précoces est de se coller à une de vos cellules puis d’y rentrer, et c’est en partie à cela que sert la protéine de surface E1. Toutes ces étapes dépendent de beaucoup de paramètres, notamment la conformation des protéines d’adhésion, et conditionnent le succès des infestations, et donc le déclenchement de l’épidémie.

Une équipe de l’université du Texas, dirigée par Stephen Higgs, a décidé de s’intéresser à l’influence du variant E1-A226V sur l’épidémie. Leurs résultats paraissent dans le PLoS Pathogens d’aujourd’hui, ce qui me donne l’occasion de refaire un peu de blogging on peer-reviewed research

Le variant a des effets différents sur les deux vecteurs, que nous appellerons albo et aegy (parce qu’écrire A. albopictus et A. aegypti, c’est long). Chez albo, on assiste à une augmentation de l’infectivité, et de la transmission (fréquence de piqûre). Chez aegy, en revanche, le parcours du virus est rendu plus difficile.

Alors, le rapport avec l’épidémie me demanderez vous? J’y viens. Pour des raisons qui tiennent de l’écologie, albo est plus présent que aegy à la Réunion (mais pas que). Voilà, le moustique qui assure le meilleur succès à son virus est le plus présent. Tout est réuni pour une épidémie, et même plus.

Albo est présent en Europe et en Amérique. Il existe donc un risque de voir chik’ devenir endémique (endémo-épidémique doit être plus exact) dans ces régions, comme il l’est actuellement en Asie. On en rajoute une couche? L’épidémie de 2005 2006 était une première dans l’histoire du chik’. Le vecteur qui a causé le plus de transmissions était, non plus aegy, mais albo…

Le papier

A Single Mutation in Chikungunya Virus Affects Vector Specificity and Epidemic Potential
Tsetsarkin KA, Vanlandingham DL, McGee CE, Higgs S
PLoS Pathogens Vol. 3, No. 12, e201 doi:10.1371/journal.ppat.0030201

Billets similaires

Pas de réponse pour l'instant

This is the last one…

Posté par Timothée le 6 December 2007 | ,

Je ne vous dirais pas que je n’ai rien ressenti. Que quand j’ai franchi la porte de la salle de conférences, aujourd’hui à 17h06, je n’ai pas eu un petit pincement dans le fond du ventre. Que je n’ai pas vu, en regardant notre intervenant (et il n’était pas des moindres…) refermer son portable, les 5 dernières années défiler rapidement.

J’ai revu mes premières semaines à l’UEVE, la première fois que j’ai passé ma blouse pour rentrer dans un labo, la première fois qu’on m’a donné un joli badge de stagiaire avec mon nom (mal écrit) et un logo dessus. J’ai vu le jeune étudiant qui sortait son premier gel, et qui se demandait ce qu’il allait bien pouvoir en dire. La première PCR loupée, et celle loupée aussi qui a suivi.

Le tremblement dans les jambes, un jour de juin, le pointeur dans la main, face à mon premier jury. Et ceux qui ont suivi. La première fois que j’ai violemment fait remarquer que je ne suis pas d’accord avec votre explication, et les très nombreuses qui ont suivi…

J’ai mis un instant a réaliser. J’ai attrapé mon sac, mis mon éternel trench-coat noir, et marché entre les sièges pour aller vers la porte. Et puis soudain, la main sur la poignée, deux neurones se sont touchés. Jeudi 6 décembre, 2007. 17h06. Le cours prend fin. L’UE prend fin. Le dernier cours. Le dernier de l’année. De la dernière année sur le campus…

Allez, tout n’est pas fini… Il reste encore quelques délais intenables à tenir, quelques articles pas encore écrits que j’aimerais bien trouver malgré tout dans une base de données pour la finir, cette synthèse (et celui que j’aimerai bien écrire, aussi). Une soutenance a préparer, et après le stage, et après… après… On verra bien.

Pour ce soir, rien ne presse…

Billets similaires

Pas de réponse pour l'instant

Pourquoi je n’ai pas été invité?

Posté par Timothée le 5 December 2007 |

Je trouve ça profondément injuste. Valérie Pécresse, ministre de la Recherche, a organisé un dîner auquel des bloggueurs étaient invités. En fait, il n’y avait que ça, des bloggueurs. Et dans les bloggueurs invités, pas un seul scientifique.

On nous prend vraiment pour des demeurés, en fait. Le ministre de la recherche organise un dîner dans son ministère, avec des bloggueurs, pour parler de diffusion de l’information scientifique, et elle n’invite que des gourous du web.

C’est vrai que si elle avait invité des scientifiques, il auraient pu glisser quelques mots sur sa réforme, et ça aurait fait tâche (d’entendre des gens compétents parler de recherche, je veux dire, reconnaissez que c’est de plus en plus rare). Et puis les scientifiques sont des gens ennuyeux, elle n’allait pas imposer ça à nos anciens élèves d’école de com’ préférés.

Ca me rappelle le jour de la nomination du gouvernement, quand on regardait le nom des heureux élus sur un portable qui traînait sur un coin de paillasse…

— Et nous, on a qui?
— Pécresse
— Et merde…

Little did I know…

Billets similaires

9 réponses pour l'instant