Archive for November, 2007

Le rôle des parasites : un peu de maths

Posté par Timothée le 29 November 2007 | , , , ,

Ca commençait a me manquer, les . Pas vous? Alors je me suis lancé dans un petit jeu avec des lettres grecques, mon tableur préféré, et un peu d’imagination. L’objectif de ce billet, c’est surtout de me faire taper sur les doigts, puisque j’imagine que ce que j’ai produit est… faux. Ou au moins assez incomplet.

Il me fallait avant tout un problème sur lequel déchaîner la toute puissance des mathématiques, et j’en suis arrivé a repenser à la compétition apparente (une lecture rapide du billet en question peut aider a comprendre la suite). Je me suis donc armé de ma feuille et de mon stylo préféré, pour faire un petit dessin. Deux hôtes, des flèches de l’un à l’autre, et des flèches qui rentrent dans chaque hôte pour symboliser les . Des flèches qui sortent de l’hôte pour la mortalité, et on avait une idée de ce qui arrivait au système.

Bien, restait à mettre le tout en équations. Par ou commencer? Les choses simples. On a des populations hôtes (H1 et H2), avec des qui rentrent, et de la natalité. Les qui rentrent sont appelés β, la natalité se voit attribuer la lettre λ. Qui dit natalité dit mortalité, ici représentée par la lettre μ.

La partie à peu près triviale étant finie, on passe à la suite. Nos populations s’échangent des , c’est le principe même de la compétition apparente. On va dire que le taux d’échange est γ. H1 transmet γ1H1 à H2, et réciproquement. On peut faire la première critique ici : je détermine l’échange en fonction de la taille de H1, et pas en fonction du nombre de qui infestent H1 (différence subtile). Soit on considère que c’est à peu près équivalent, soit on complexifie le modèle plus tard, et on incorpore β à la définition de γ. J’ai même fait un essai avec une réduction du nombre de (δ) au sein de l’hôte, mais ça devenait lourdingue.

Etape suivante? On va faire diminuer la taille de nos populations, à cause de la compétition (d’une part) et du parasitisme (d’autre part). Les réductions ont reçu la lettre α. On a donc α2/1 qui est la réduction causée par la population H2 sur la population H1 (et que j’ai calculé comme α2/1H2 pour prendre en compte l’importance des tailles des populations dans la compétition), et inversement. Et puis α1, qui correspond à la mortalité induite par le parasite sur la population 1, et ainsi de suite.

Donc, si on fait un bilan. A chaque génération, notre population 1 “gagne” (et pour la 2, vous inversez 1 et 2) : H11 (ce qu’on avait déjà, plus la natalité). En revanche, elle perd μ1H1 + α2/1H2 (la mortalité naturelle, plus celle liée à la compétition), et perd encore à cause du parasitisme α1((β11H1)+γ2H2)H1. Soit le taux de mortalité (α1) fois la taille de la population (H1) fois la “quantité” (une estimation discutable) de , approchée par l’apport extérieur β1, moins ce qu’on donne à la population 2 (γ1H1), plus ce qu’elle nous envoie (γ2H2).

Le résultat est présenté sur la figure de gauche. Vous aurez remarqué que la mortalité induite par les pour H1 et H2 est inversée. Problème de copier/coller des formules.

Il ne reste plus qu’à rentrer tout ça dans notre tableur préféré, et fixer des paramètres. Combien? Vous aurez compris, il y en a 12. Et comme on connaît un peu la compétition apparente, on a des indications.

Ce que j’ai choisi, c’est évidemment α2/11/2. Et le reste? J’ai fouillé un peu pour trouver les meilleurs valeurs possibles (disons le tout de suite, celles qui donnent les plus belles courbes).

Ce qui donne :



λ1 1 α2/1 0,35 α1/2 0,3
λ2 1,3 α1 0,05 α2 0,25
β1 1 μ1 0,25 μ2 0,15
β2 1 γ1 0,3 γ2 0,1

Comme vous en mourrez d’envie, je fais tourner le modèle. Une petite indication avant. La population 1 (celle qui va utiliser le parasite a son avantage, comme vous l’aurez compris en observant les paramètres) est en rouge, et la 2 en bleu. En vert, j’ai représenté le ratio H1/H2, qui lorsqu’il est supérieur à 1 indique que H1 prédomine (il est en vert, et se lit sur l’axe de droite). Vous pouvez voir le résultat sur la figure de gauche.

Sans surprise, on voit la population 1 prendre l’avantage, pendant que 2 se fait décimer par les . Avec d’autres paramètres, on arrive a stabiliser le modèle en quelques générations (ce qui m’embête un peu, parce que j’attend des variations cycliques, et que comme j’ai construit mes équations “un peu” à la va vite, elles n’y sont pas).

Oui mais voilà, ce cas un peu simple, il m’ennuie rapidement. Alors j’ai fait en sorte d’introduire le parasite après quelques générations. Regardez les paramètres. La population 1 a une mortalité plus forte, une natalité plus faible. Et comme on s’y attend, la population 2 prend l’avantage.

Le parasite est introduit à la génération 15, et la on observe ce qui était prévu : la population 1 reprend le dessus, profitant du désavantage imposé à la population 2 par le parasite (et le fort taux de transmission de 1 vers 2 y participe beaucoup). L’introduction du parasite a “renversé la tendance” dans la compétition (on peut, avec des valeurs de paramètres différentes, accentuer ou atténuer, et beaucoup d’autres choses encore).

Et on s’arrête là? Et non. Parce que penser que les qui rentrent dans le système le font a une vitesse constante, ca fait des courbes lisses, et ce n’est pas tout à fait vrai (je n’en suis pas non plus à une approximation près, mais passons).

Donc, j’ai introduit une borne supérieure et inférieure pour le nombre de qui peuvent rentrer dans la population 1 et 2, et pour chaque génération, j’ai demandé un tirage aléatoire. En l’occurence, β1 entre 1 et 4, et β2 entre 1 et 2. Ah ah, vous dites vous, il va trop loin, si il a trop de sur 1, il ne prendra pas l’avantage. Détrompez vous, en montant jusqu’à 7 ou 8 la borne de β1, j’avais encore le même type de résultats. Celui que vous pouvez voir dans l figure de gauche.

Et vous remarquerez que quand on enlève le parasite (aux environs de la génération 40), 1 perd son avantage au profit de 2.

Donc, les peuvent tout à fait modifier les relations entre deux espèces/populations, et conférer un avantage important à l’une d’entre elles.

Quelques remarques quand même. Dans ce modèle, j’ai soustrait les transmis de 1 vers 2 et réciproquement du total entrant. Ca implique un cycle direct, et même de la microprédation. D’autre part, je n’ai pas du tout pris en compte la population de elle-même (on s’attend a des réductions dans l’hôte, ce qui obligerait à reformuler β sous la forme β-δβ, avec δ un coefficient de réduction).

Bref, il y a beaucoup a modifier sur ce modèle, c’est l’intérêt des commentaires (par ailleurs, si l’un d’entre vous a vu passer une vraie de ce phénomène, je suis prenneur).

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Les chercheurs font leur cinéma!

Posté par Timothée le 26 November 2007 | , ,

Faire des blagues sur la ressemblance entre certains profs et certains réalisateurs américains (pas de nom, les “locaux” comprendront l’allusion) finit par donner a certains de très bonnes idées. En l’occurrence, on (en la personne de Lucas Ravaux) vient de m’avertir que la première édition du Festival francilien de très courts métrages de vulgarisation scientifique, intitulée « Les chercheurs font leur cinéma ! », se déroulera de la mi-novembre au 1er décembre 2007..

Je copie donc le programme:

Sur une idée originale de l’ADocs, association des doctorants de La Rochelle, et avec le soutien de la Guilde Des Doctorants, ce festival s’implante en île de France à l’automne 2007.
Partis du constat que la science et la recherche ne dépassaient pas souvent et difficilement les murs de l’université, les doctorants rochelais ont mis en place, dès 1999, ce festival. Accueilli avec succès par le public et par les doctorants se pliant aux règles du jeu, le festival aujourd’hui se propage comme une heureuse épidémie (La Rochelle, Rennes, Paris, et d’autres à venir…).

Pour cette première édition du festival francilien, l’association Doc’up des doctorants de l’université Pierre et Marie Curie, organisatrice de cet évènement, présente 11 films de 5 à 6 minutes réalisés par des jeunes chercheurs en sciences expérimentales.

Présenter en quelques minutes son travail de recherche de façon simple, ludique, pédagogique et accessible au plus grand nombre ? Tel était le défi lancé aux réalisateurs-doctorants !

Ils vont se confronter au public dès la mi-novembre, par une série de projections dans des lycées franciliens, pour terminer par trois grandes projections publiques : le mercredi 28 novembre à 14h30 à l’ENS Cachan, le jeudi 29 novembre à 18h30 au Réfectoire des Cordeliers et le samedi 1er décembre à 14h30 à la Cité des sciences et de l’industrie.

Lors de la dernière projection, trois prix (des lycéens, du public, et du jury) seront remis aux réalisateurs. Pour que cet échange entre scientifiques et grand public soit riche, chaque projection est accompagnée de questions-débats avec les réalisateurs présents.

Les projections publiques sont d’accès libre dans la limite des places disponibles, l’entrée y est gratuite. Profitez- en dès la première séance !

Au programme : Tiens Maman, j’ai un cadeau pour toi… (Michèle Leduc) L’étude à l’échelle de la fourmi pour des progrès à pas de géant (Pascaline Mary et Delphine Le Gatt) Peptide on ice (Audrey Combes) M.E.P.E. (Claire Bardet) Quand les atomes s’organisent (Carole Chambon) La puce à l’oreille (Guillaume Filion, Anne Fix, Paula Gonzales, Noelle Guillon) Au quatrième top, il sera Docteur (Friedemann Reinhard, Clément Lacroûte) Chercheur de nuage (Ronan James) Orientations (Matthieu Lafon) Alimentation générale (Caroline Schmidt, Alexis Fifis, Cécile Walter) Les plantes se passent de parasol (Benjamin Bailleul, Alix Boulouis, Pierre Cardol).

Retrouvez toutes les informations sur le site du festival.

Ou finalement, je me dis qu’être sur Montpellier n’a pas que des avantages…

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Protocoles?

Posté par Timothée le 22 November 2007 | ,

J’ai souvent parlé, au cours de mes billets, de . C’est quoi, me demanderez vous, un ? Le truc qui explique comment manger les ferrero rocher chez l’ambassadeur? Presque. C’est ce que tout bon scientifique est sensé mettre au point scrupuleusement, penser, rédiger avec soin, et ne pas respecter du tout au moment de l’appliquer, en quelque sorte.

Science for Dummies?Un peu de praxis, pour commencer. La science, ça n’est pas que des caféinomanes échevelés avec des chemises à carreaux. Bon, soyons honnêtes, c’est un peu ça; j’en suis presque, sauf peut-être la chemise à carreaux. C’est aussi une approche qui repose sur un cycle assez simple que j’ai tenté de reproduire ici, en ajoutant justement les protocoles. On commence par se poser une question (en relation avec des précédents résultats), on définit sur quoi on va travailler pour la résoudre (ça c’est l’échantillon, le modèle, etc), et comment on va, dans la pratique, s’y prendre. C’est le . En réalité, et échantillon sont complètement imbriqués.

Et après avoir appliqué ce , on obtient des résultats, qui nous serviront à nous poser de nouvelles questions, enfin si notre demande de financement est acceptée et… je m’égare. Donc, le , c’est un guide par étape, un peu dans le même genre que pour programmer une machine à laver.

Dans la pratique, ça donne quelque chose comme:

  • Couler un gel d’agarose contenant des bactéries Micrococcus luteus sur une plaque de verre
  • Laisser polymériser
  • Percer des trous d’une contenance de 5µl à intervalle régulier
  • And so on

Et paf, à la fin, on a mesuré la concentration en lysozyme du mucus d’un poisson.

Mais comme vous l’aurez compris, un , ça ne tombe pas du ciel. La plupart du temps, on va emprunter celui des collègues en lisant la partie Matériels & méthodes des papiers sur le sujet. Il y a même des revues spécialisées dans les protocoles, comme Nature methods, ou des colloques qui y sont consacrés, auquel cas on se coltine les actes. Sauf que les autres équipes travaillent sur leur modèle, et que comble de malchance, ce n’est pas le notre. Il y a aussi des livres de référence pour chaque domaine, qui sont des compilations. Et encore une fois, ce n’est jamais le même modèle.

Alors quoi? On doit normaliser le . D’ailleurs, j’en profite pour glisser un mot à mes camarades étudiants : ne faites jamais partie du premier groupe pour un TP. Ja-mais. Et ça se fait comment, cette adaptation du à notre modèle?

Tout simplement en essayant diverses combinaisons. Avec les quelques lignes données plus haut, ce n’est pas flagrant, mais si on prend quelque chose comme

  • Laisser incuber overnight à 37,2°C en présence de X% de CO2 sous agitation avec N mL de solution A à 3M

Elles sont belles ces courbes, non? Je vous dirai plus tard de quoi il en retourne.On voit que les possibilités d’ajustement sont nombreuses. Mais nous sommes des gens persévérants, et on veut arriver à la case résultats de notre schéma précédent (la science est un genre de monopoly, sauf qu’il est plutôt rare de toucher les 20000€). Alors on fait des essais, et on compare les résultats de chaque combinaison de paramètres. Et on arrive au idéal pour notre modèle. Par exemple, sur l’exemple qui est donné, c’est la combinaison qui correspond à la courbe Bordeaux qui a été retenue, et avec laquelle les échantillons ont été analysés.

Et après? Déjà, on passe par la case résultats, et c’est bien. En plus, on fait une jolie partie Matériels et méthodes ou on décrit notre superbe . Comme ça, les gens pourront s’en inspirer pour leur modèle à eux. Ou alors, ils pourront regarder le et les données qu’il a généré, et se faire leur opinion. Ils pourront juger s’ils estiment qu’on a introduit un biais avec cette méthode. Et si ils trouvent notre idée vraiment géniale, ils auront de quoi le refaire chez eux (la réplicabilité) et c’est important.

J’ai quand même distingué et échantillonnage, et ça mérite un paragraphe. L’échantillonnage, c’est la collecte de “matériel biologique” (pour les biologistes au moins) sur lequel on appliquera le . Et ça suit une stratégie, pour éviter “l’effort d’échantillonnage”. Je l’ai distingué du , parce que pour moi (et ma formation de bon biologiste de base élevé au néon en labo de bio cell), = paillasse. Alors qu’échantillonnage, ça sonne plutôt “travail de terrain”. Et ça c’est cool.

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Faites ce que je dis, pas ce que je fais…

Posté par Timothée le 21 November 2007 |

Lu à l’instant dans un pdf d’instructions pour un TP de phylogénomique (pas de chez nous, ca vient du Québec)

Penser à vos correcteurs, et faites vérifier l’orthographe par votre traitement de texte préférer et paginer votre document

On se demande encore pourquoi les étudiants ne suivent jamais les consignes?

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On peut tout dire sur le net (mais des fois, rien dire, c’est bien)

Posté par Timothée le 21 November 2007 | ,

Il est toujours intéressant de voir ce que les autres pensent du travail qu’on fournit. Surtout quand on s’investit dans un travail, qu’on y consacre du temps, qu’on y implique plusieurs personnes, et qu’on construit une réflexion sur le fond (rassurez vous, je ne reparle pas du douloureux épisode de mon mémoire de stage… ça, on oublie…). Non, je parle d’un billet que Tom Roud, Enro et moi-même avons commis récemment, sur le thème de la liberté d’expression (scientifique) sur le net. Ce billet avait pour fond la fermeture du site institutionnel de Vincent Fleury, mais enfin je vous laisse le relire pour savoir de quoi il est question.

Je l’aime bien, ce billet. Je l’ai relu, et mon verdict ne change pas. Tom, Enro, je crois qu’on a assuré. Même OldCola l’a dit : a must read! Oui, enfin n’exagérons rien, il l’a dit au début. Parce que ce soir m’attendait dans mon agrégateur RSS un billet au doux titre de Peut-on tout dire sur le net?, signé du même OldCola. OldCola, c’est un peu le PZ Myers français, en moins politisé peut-être. Tout aussi narcissique en tout cas, et tout aussi prompt à nous rappeler sa croisade contre Jean Staune. Oui, mon histoire a beaucoup de personnages. Mais rassurez vous, tout s’éclaire après.

J’avoue qu’au début, quand j’ai lu le titre, j’ai pensé à une longue suite donnée à notre billet, qui reprendrait les points que nous n’avons pas abordé. Car il y en a, et pour lever l’ambiguïté, oui, nous le savons. Nous n’avons pas parlé d’Open Access, ni du mouvement Blogging on peer-reviewed research. Pas dans ce billet en tout cas. Enro a consacré plusieurs à PLoS et à la philosophie qui l’accompagne. Les autres membres du C@fé des sciences ont bloggué plus souvent qu’à leur tour sur de la recherche issue de journaux à comité de lecture. Ce n’était pas la peine d’en rajouter une couche (sans mauvais jeu de mots, pour ceux qui, connaissant le sujet de la controverse, l’auraient saisi).

Et puis ce n’est pas comme si nous étions les seuls blogueurs scientifiques; et vous savez quoi? Ils y en a même qui projettent de nous rejoindre (surtout n’hésitez pas plus longtemps!). Mais peu importe. Je note en passant que j’apprécie beaucoup, Antoine (OldCola — je demande a mes lecteurs de m’excuser, je vais utiliser un ton un peu perso, mais je pense que la discussion est instructive pour tous), la manière dont tu ouvres ta diatribe. Le constat que des nouveaux groupes d’utilisateurs s’approchent du Net et souvent à travers les blogs est-il bien a sa place? Il m’est difficile de ne pas me sentir visé par ce terme de “nouvel utilisateur” (après un an et demi d’existence, ça fait étrange, mais je le prend avec le sourire — ne me fais (ni Tom & Enro, d’ailleurs) pas passer pour un skyblogueur, c’est tout).

Allez, levons le suspense, et balançons la réponse à la grande question de la soirée. Peut-on tout dire sur le net? Vous vous attendiez, vous aussi, à une réponse qui changerait votre vie, quelque chose comme le 42 de Douglas Adams. Perdu. La réponse, apportée par OldCola est : Oui, à condition d’accepter de subir les conséquences, positives ou négatives. D’ailleurs, je me base sur cette affirmation pour affirmer qu’il n’y aura pas de à la suite de ce billet. Je te demande, Antoine, d’accepter cette réponse, et surtout de ne pas chercher à lancer une de ces polémiques stériles dont tu a le secret.

Je reviens sur la suite de tes propos. Nos protestations — qui n’en sont pas! Nous constatons, et juste après avoir constaté, nous construisons une réflexion — seraient faussées par le fait que nous mentionnons que peut-être éventuellement il pourrait y avoir des fondements à la théorie de Vincent Fleury. Tu notera que je ne met pas d’emphase sur théorie. J’ai failli y mettre un grand t, mais tu sembles sur les nerfs en ce moment… Autant t’épargner…

Dois-je te rappeler que l’un d’entre nous a un bon background biologie/physique? Et qu’il a eu plusieurs fois l’occasion de parler de biologie du développement avec son oeil de physicien? Tu comprend donc que je m’esclaffe quand tu nous blâme de n’être pas allé voir sur le site de l’université de Rennes 1 si il restait ou non des documents (en l’occurrence une présentation PowerPoint). Serais-tu, toi aussi, incapable de vérifier par un simple clic? D’autant que pour ma part, je suis évidemment allé vérifier avant même de songer à écrire la moindre ligne sur le sujet.

Je trouve assez osé que tu t’attende à ce que je corrige le billet suite a tes remarques. Soyons francs un instant. Si nous avions voulu ton point de vue sur le sujet, pour que le billet soit semblable à ce que tu en attendais, nous t’aurions invité à y participer. Seulement on s’en tamponne. Ce que tu penses, tu l’écris partout. Dans deux langues. Nul besoin de chercher à savoir ce que tu penses, tu le hurle à qui veut l’entendre.

Ce que je te reproche, c’est de tout rapporter à ton aversion profonde pour Vincent Fleury. Je n’imagine pas à quel point il doit en avoir ras le casque de toi et de ton fanatisme. Je résiste difficilement à la tentation de ressortir Courteline de son placard, mais c’est trop facile, et je me refuse a tomber dans des attaques aussi basses que celles que tu portes…

Je passe sur divers contre-sens que tu commets, notamment le fait que la revue Organogenesis ne soit pas indexée dans PubMed. Ca ne me choque pas outre-mesure. Les revues ou je puise mes papiers ne sont pas toutes indexées non plus. C’est à toi de trier ce qui est bullshit du reste, pas à PubMed…

On pourrait revenir sur l’aspect évolutif de la théorie. Je pourrais même te dire ce que m’en a dit cet été quelqu’un dont le seul nom fait trembler de respect l’ensemble de ma promo. Mais c’est privé. On pourrait, et on ne l’a pas fait, parce que l’extrapolation est osée. Et qu’en la faisant, Fleury m’a perdu (en tant que lecteur d’abord, en tant qu’étudiant qui fait un ch’tit peu de sciences de l’évolution ensuite).

Et puis en lisant un peu plus ta prose, Antoine, on tombe sur tes petites attaques perso à la fin. C’est moche. Ca me coupe toute envie d’argumenter, de lire quelque chose comme ton questionnement sur

l’objectivité de ce billet et de ses auteurs, qui présentent la situation de façon partielle, quand toute l’information nécessaire était disponible, dramatisent en parlant de censure de la théorie ou de peur instillée par du lobbying et ne semblent pas capables de corriger des erreurs de leur billet quand elles sont signalées

On devient quoi pour toi, des sycophantes de l’UIP? Tu veux vérifier si on a pas notre carte de membre au club de fou-furieux de Dembski, aussi? Que quelqu’un critique mon objectivité, je veux bien, ca m’arrive d’avoir des points de vue personnels. Mais quand il s’agit de toi, qui passe ta vie a manier la carotte et le baton, ca me fait rire.

C’est quoi, le terme que tu as choisi pour nous résumer? Ah oui, légers. Tu sais quoi? Sur ce coup la, moi j’te trouve lourd.

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