Tour d’horizon des logiciels de bibliographie

Posté par Timothée le 25 Oct 2007 dans , , Pas de commentaires

En cette période de projet biblio qui démarrent, il est temps de faire un rapide tour d’horizon des logiciels de gestion de la bibliographie, qui vont aider nos chers étudiants (c’est nous) à ne pas perdre de temps dans leur travail. La question numéro 1 a se poser quand on veut choisir son logiciel, c’est avec quoi je l’utilise. Autrement dit, quels traitements de texte et systèmes d’exploitation sont compatibles.

Autre point: qu’est-ce qu’on attend exactement d’un logiciel de gestion de bibliographie. Comme c’est ma revue, je choisis ma liste de fonctions qu’il faut absolument proposer.

  • La numéro 1, c’est bien sûr l’enregistrement de plusieurs types de ressources (articles, livres, chapitres, thèses, mémoires principalement, mais ne pas oublier les actes de conférences, manuels techniques, etc etc).
  • La numéro 2, pouvoir conserver des fichiers PDF facilement, et pouvoir y accéder facilement depuis l’application. Si l’application peut gérer elle même le rangement et le nom des fichiers, c’est parfait.
  • La numéro 3, garder un lien vers la page web si besoin (soit via le Digital Object Identifier, soit “en dur”).
  • Fonctionnalité numéro 4, pouvoir prendre des notes et attribuer des mot-clés, pour retrouver rapidement un papier (ça à l’air de rien comme ça, mais c’est probablement le truc le plus utile).
  • Pour aller avec la n°4, la cinquième exigence est une fonction de recherche et de tri de qualité
  • La numéro 6, c’est bien évidemment la capacité à construire la bibliographie proprement dite, c’est à dire l’intégration dans le traitement de texte, si possible avec plusieurs styles de sortie.

Je n’ai pas donné de captures d’écran, mais il y en a toute une série sur les sites.

Quelques remarques rapides sur les formats

Dès qu’on arrête de prendre des notes sur un petit calepin pour passer sur un support informatique, on invente un format. Ou dans le cas des bibliographies, plusieurs.

Deux types de formats sont principalement utilisés: BibTeX (format ouvert, pour LaTeX), et RIS/EndNote, formats propriétaires. Les capacités d’import/export d’un logiciel à l’autre ne sont pas toujours optimales, et c’est un point important. Mais on peut toujours trouver une solution, pas de panique (en passant par du XML, ou en exportant, etc etc).

Je note au passage que Google Scholar, via le menu “préférences”, permet d’afficher un lien à côté de chaque article, pour exporter au format BibTeX ou RIS (EndNote). Seule problème, il ne gère pas les URL, et c’est bien dommage.

De nombreux journaux proposent eux aussi de télécharger les citations en même temps que l’article (c’est le cas pour les journaux de BlackWell, pour JSTOR, probablement Science Direct, le NPG, Science, etc etc). Et en plus, je vais en repaler à la fin, il existe des moyens de récupérer les informations d’un article depuis la fenêtre de son navigateur.

BibDesk

Système : Mac OS X (Universal Binaries)
Prix : Libre (Open source)
Intégration aux traitements de texte : LaTeX seulement

Je commence par celui que j’utilise. Le fait qu’il soit réservé aux Mac le rend un peu moins connu, mais c’est pourtant un logiciel surpuissant. Imaginez un iTunes dédié à la gestion de votre précieuse bibliographie (sans compter que le support de l’AppleScript rend l’échange d’informations avec d’autres outils vraiment facile).

Il a tout ce que j’attend d’un logiciel de gestion de la bibliographie. Une fonction de tri puissante, une gestion des auteurs correcte, il range mes PDF tout seul et leur donne des noms clairs (et personnalisables). La recherche se fait “en instantané”, comme sur iTunes.

Autre avantage: depuis le logiciel, on peut accéder à PubMed, au Web of Science, et à la librairie du congrès.

BibDesk est limité à LaTeX (gratuit lui aussi), ce qui signifie qu’il faut s’y mettre et que c’est assez repoussant au début. Le rapport gain / investissement dans l’apprentissage fait qu’il n’y a pas à hésiter, si on a un peu de temps à y consacrer. Au pire, LyX existe. Petit bémol, ce n’est pas encore très répandu en biologie. Si vous ne connaissez pas LaTeX, et que Word vous suffit, oubliez.

Dernier point positif, la fonction de prise de notes est super agréable à utiliser, et (pour ceux qui connaissent Mac) le contenu des notes est indexé dans SpotLight (l’outil de recherche).

BibDesk peut aussi afficher directement le PDF associé sans rien ouvrir, en parallèle aux informations sur la ressource. Ca a son utilité.

Vous pouvez voir un exemple d’utilisation complète (et intégrée) de BibDesk sur le site de Phnk.

EndNote

Système : Windows, Mac OS 9, Mac OS X
Prix : 239.95$
Intégration aux traitements de texte : MS Word via une extension, Open Office et autres RTF (mais support très limité)

EndNote est le grand standard de la gestion de bibliographies. C’est celui que j’ai utilisé pendant tout mon M1, y compris pour mon mémoire. Son principal avantage est l’intégration parfaite avec Word.

Il gère sans difficultés les références multiples, mais surtout il possède une bibliothèque de styles de sortie (les bibliographies ne sont pas formatées de la même manière dans chaque revue) absolument énorme. Et si jamais ce n’est pas assez (si comme Van Valen, toi aussi tu veux créer ta revue), on peut customiser les styles. A titre d’exemple, le style de la bibliographie de mon mémoire a été créé avec EndNote.

EndNote possède aussi une fonction de recherche dans PubMed et la LoC. Il range aussi les PDF tout seul comme un grand. A ce propos, il faut signaler qu’il n’est pas limité à un seul PDF par entrée (titre): vous pouvez ranger un PDF, un fichier word, une image, peu lui importe. Je n’ai jamais vu l’intérêt de la chose, mais ça doit pouvoir servir.

On peut rajouter un point positif pour EndNote: il insère les informations de publication directement dans le document. Autrement dit, quand vous travaillez avec Word et EndNote, et que vous envoyez votre travail à votre correcteur - maître de stage - coauteur, vous n’avez pas besoin de lui joindre d’autre fichier (contrairement à BibDesk).

Considération plus personelle: le formulaire de recherche n’est pas intégré, et beaucoup moins bien fait que dans BibDesk. Et en plus, le logiciel en lui même est relativement peu agréable à l’oeil.

Une chose à savoir. Pour un gros document Word avec beaucoup de références (je prend mon cas: mémoire de 50 pages avec ≈ 90 références), il faut préparer les rames. Sans compter qu’il a encore quelques conflits avec le suivi des changements.

Ca fait deux ans que j’utilise EndNote (quand je suis obligé de travailler avec un document Word). A part le fait qu’il ralentisse beaucoup sur les documents lourds, et que la recherche ne soit pas très bien pensée, je n’ai vraiment aucun reproche à faire.

Zotero

Système : indépendant (extension pour le navigateur libre FireFox)
Prix : Libre
Intégration aux traitements de texte : MS Word (Windows et Mac) et Open Office (via des extensions — pas d’infos sur la compatibilité avec NeoOffice, l’équivalent Mac)
Site officiel

Au début je n’y croyais pas. Un logiciel de bibliographie intégré à FireFox, facile à utiliser, intégré à Word et à Openoffice? Ca semblait trop beau pour être vrai. Quand j’ai appris qu’en plus il était gratuit…

Et pourtant Zotero répond exactement à cette description. C’est une extension de FireFox, qui permet une gestion assez avancée de sa bibliographie.

D’une part, vous pouvez créer de nouvelles entrées, en tapant manuellement les références dans la petite fenêtre (très bien intégrée à FireFox, et pas du tout encombrante : Zotero squatte la barre d’outils quand il est “caché”). Mais il y a mieux: sur une page d’article de PubMed, ou d’un autre, une petite icône apparaît dans la barre d’adresse. Et quand vous cliquez dessus, Zotero enregistre la référence.

C’est après que ça devient beaucoup plus fort. Si vous êtes sur une page de résultats google scholar ou PubMed, l’icône change et devient un dossier. En cliquant sur ce dossier, Zotero vous propose de cocher les références que vous voulez garder. Et ça, c’est un super gain de temps.

Vous ne serez pas surpris si je vous dis que Zotero est compatible avec Amazon.com, j’espère.

Avantage de Zotero: il s’intègre parfaitement à Word et OpenOffice, et génère les bibliographies tout seul (les plugins et instructions sont sur le site officiel). Il a une bibliothèque de formats de références assez fournie.

JabRef

Système : indépendant (JAVA)
Prix : Libre
Intégration aux traitements de texte : LaTeX, OpenOffice

JabRef est un mélange entre BibDesk et EndNote. Il utilise le format BibTeX, mais peut exporter la bibliographie dans pas mal de formats différents. C’est le seul (avec Zotero) qui tournera sous Linux sans trop de bidouilles.

Je n’ai jamais trop cherché à comprendre comment il fonctionnait, et je ne l’ai pas utilisé. A mon avis il est nettement moins puissant que les autres — ca reste une question de goûts personnels — dans la mesure ou c’est un condensé de deux programmes, et que j’ai l’impression qu’ils ont pris les défauts des deux et les qualités d’aucun.

Zotero le rend assez obsolète, à mon avis (ca reste par contre un des seuls logiciels qui gère BibTeX sous Windows).

CiteULike

Ce n’est pas un logiciel de bibliographie au sens strict, mais un site internet conçu sur ce principe. Et super utile.

CiteULike est une solution de gestion de sa bibliographie en ligne, un peu à la manière de Zotero. Une fois enregistré sur le site, vous pouvez ajouter un favori a votre navigateur, qui permet d’ajouter à votre librairie la référence que vous avez dans votre navigateur (par exemple, si vous êtes en train de regarder un abstract sur ScienceDirect). CiteULike est aussi compatible avec Amazon. Petit truc étrange, PLoS One n’est pas encore pris en charge.

CiteULike ne s’intègre pas à votre traitement de texte. Par contre, il permet d’exporter votre librairie dans différent formats (RIS et BibTeX) pour les utiliser dans un autre logiciel.

Il gère très bien les fichiers PDF des articles (c’est pratique quand, comme moi, on a tendance a oublier de sauvegarder certains répertoires, contenant à peu près 300 PDF, avant de formater…). Si vous voulez un exemple, jetez un oeil à ma libraire (qui mériterait d’être rangée un peu — je compte prendre un stagiaire pour ça…).

Au niveau des fonctionnalités utiles, il permet le travail par “groupes”: vous partagez une partie (ou l’ensemble) de votre stock de références avec d’autres utilisateurs. Le système de mot-clés est largement au point, et la recherche par auteurs aussi. Seul défaut, on ne peut pas combiner les mot-clés à la manière d’un del.icio.us. Il paraît que ça va venir…

Personnellement, je l’utilise comme archive géante: quand j’ai fini d’utiliser une bibliographie, j’envoie toutes les références sur CiteULike avec les mot-clés qui correspondent. Ca évite d’encombrer mon disque dur tout en gardant les références disponibles.

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