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Parce que non, je n'ai rien de mieux à faire au labo.

Archive for mai, 2007

R : index de Brillouin

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Je suis en pleine séance de stats, et j’ai besoin de calculer l’index de diversité de Brillouin, qui me donne la diversité des parasites présents sur chaque individu. Excel ayant quelques difficultés, j’ai écrit une petite fonction en R qui me fait ça tout à fait bien.

Index de Brillouin, ou N est le nombre total de parasites, et ni le nombre de parasites pour chaque espèce.Dans cet index, N représente le nombre total d’individus parasites sur chaque individu hôte, et ni est le nombre d’individus d’une espèce i. Je passe sur les raisons de son utilisation, pour donner la formule:

brillouin <- function(pop) {(log(factorial(sum(pop)))-sum(log(factorial(pop))))/sum(pop)}

ou pop est un array qui contient l’ensemble des valeurs ni. La fonction s’utilise en faisant brillouin(variable), ou directement brillouin(c(n1,n2,…nk)).

Written by Timothée

4 mai 07 à 9:55

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