Le blog du Doc’

Je suis en pleine séance de stats, et j’ai besoin de calculer l’index de diversité de Brillouin, qui me donne la diversité des parasites présents sur chaque individu. Excel ayant quelques difficultés, j’ai écrit une petite fonction en R qui me fait ça tout à fait bien.

Dans cet index, N représente le nombre total d’individus parasites sur chaque individu hôte, et n_i est le nombre d’individus d’une espèce i. Je passe sur les raisons de son utilisation, pour donner la formule:

brillouin <- function(pop) {(log(factorial(sum(pop)))-sum(log(factorial(pop))))/sum(pop)}

ou pop est un array qui contient l’ensemble des valeurs n_i. La fonction s’utilise en faisant brillouin(variable), ou directement brillouin(c(n₁,n₂,…n_k)).