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	<title>Comments on: Sauvez un arbre, mangez un phylogeniste</title>
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	<link>http://www.le-doc.info/2007/03/23/114-sauvez-un-arbre-mangez-un-phylogeniste</link>
	<description>Avec des vrais morceaux de plathelminthes dedans!</description>
	<pubDate>Fri, 22 Aug 2008 04:50:06 +0000</pubDate>
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		<title>By: dvanw</title>
		<link>http://www.le-doc.info/2007/03/23/114-sauvez-un-arbre-mangez-un-phylogeniste#comment-395</link>
		<dc:creator>dvanw</dc:creator>
		<pubDate>Mon, 26 Mar 2007 12:13:46 +0000</pubDate>
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		<description>&lt;p&gt;Je m'intéresse bcp, pour cause de projet de docu là dessus, à toutes les questions concernant la représentation des arbres phylogénétiques (oui je sais, ici c'en est pas un)... Les biologistes détestent en général (me semble-til) qu'on veuille donner un sens à la forme de leurs arbres (hors de leur simple topologie)&lt;/p&gt; &lt;p&gt;Pourtant c'est tentant, dans un document comme &lt;a href="http://enthusiasm.cozy.org/WP2/wp-content/uploads/images/treeOfLife.png" hreflang="fr"&gt;celui-ci&lt;/a&gt; d'maginer par exemple que le rayon du cercle correspond à un axe temporel... Ou que la distance mesurée sur le périmètre entre 2 espèces correspond ç une mesure de "proximité" phylogénétique... Qu'en pensez-vous&#160;?&lt;/p&gt;</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Je m&#8217;intéresse bcp, pour cause de projet de docu là dessus, à toutes les questions concernant la représentation des arbres phylogénétiques (oui je sais, ici c&#8217;en est pas un)&#8230; Les biologistes détestent en général (me semble-til) qu&#8217;on veuille donner un sens à la forme de leurs arbres (hors de leur simple topologie)</p>
<p>Pourtant c&#8217;est tentant, dans un document comme <a href="http://enthusiasm.cozy.org/WP2/wp-content/uploads/images/treeOfLife.png" hreflang="fr">celui-ci</a> d&#8217;maginer par exemple que le rayon du cercle correspond à un axe temporel&#8230; Ou que la distance mesurée sur le périmètre entre 2 espèces correspond ç une mesure de &#8220;proximité&#8221; phylogénétique&#8230; Qu&#8217;en pensez-vous&nbsp;?</p>
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		<title>By: Le Doc'</title>
		<link>http://www.le-doc.info/2007/03/23/114-sauvez-un-arbre-mangez-un-phylogeniste#comment-441</link>
		<dc:creator>Le Doc'</dc:creator>
		<pubDate>Sat, 24 Mar 2007 00:02:25 +0000</pubDate>
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		<description>&lt;p&gt;Nan nan, aucun problème, je te raconte tout ça euh... un peu plus tard (les trois prochains jours, ca va être blindé)&lt;/p&gt; &lt;p&gt;D'ailleurs, si quelqu'un veut le faire, no problem...&lt;/p&gt; &lt;p&gt;(en même temps, la gephyrine, ca concerne plus les biologistes maniaques qui veulent tout comprendre, et faire plein de jolies manips en génétique et immunofluorescence... même si elle est nécessaire pour que les récepteurs GABA-A soient au bon endroit tous ensemble, et donc que la transduction du signal soit efficace)&lt;/p&gt;</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Nan nan, aucun problème, je te raconte tout ça euh&#8230; un peu plus tard (les trois prochains jours, ca va être blindé)</p>
<p>D&#8217;ailleurs, si quelqu&#8217;un veut le faire, no problem&#8230;</p>
<p>(en même temps, la gephyrine, ca concerne plus les biologistes maniaques qui veulent tout comprendre, et faire plein de jolies manips en génétique et immunofluorescence&#8230; même si elle est nécessaire pour que les récepteurs GABA-A soient au bon endroit tous ensemble, et donc que la transduction du signal soit efficace)</p>
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		<title>By: Seven</title>
		<link>http://www.le-doc.info/2007/03/23/114-sauvez-un-arbre-mangez-un-phylogeniste#comment-454</link>
		<dc:creator>Seven</dc:creator>
		<pubDate>Fri, 23 Mar 2007 20:21:29 +0000</pubDate>
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		<description>&lt;p&gt;Géphy quoi? Connaissais pas...Ca va hein, je suis honnête au moins! Très joli, cet "arbre" en effet. Mais pas forcément évident à interpréter pour une non-initiée (ou une neuneu, au choix): que représente l'arc de cercle? Comment est déterminée l'emplcement des embranchements? Si ces questions sont totalement hilarantes, je compte sur toi et ta bonté, pour effacer ce commentaire et me répondre GENTIMENT par mail, Timothée.&lt;/p&gt;</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Géphy quoi? Connaissais pas&#8230;Ca va hein, je suis honnête au moins! Très joli, cet &#8220;arbre&#8221; en effet. Mais pas forcément évident à interpréter pour une non-initiée (ou une neuneu, au choix): que représente l&#8217;arc de cercle? Comment est déterminée l&#8217;emplcement des embranchements? Si ces questions sont totalement hilarantes, je compte sur toi et ta bonté, pour effacer ce commentaire et me répondre GENTIMENT par mail, Timothée.</p>
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		<title>By: Enro</title>
		<link>http://www.le-doc.info/2007/03/23/114-sauvez-un-arbre-mangez-un-phylogeniste#comment-511</link>
		<dc:creator>Enro</dc:creator>
		<pubDate>Fri, 23 Mar 2007 13:58:09 +0000</pubDate>
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		<description>&lt;p&gt;Ah, merci, tu as satisfait mon sens de l'ordre :-)&lt;/p&gt;</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Ah, merci, tu as satisfait mon sens de l&#8217;ordre <img src='http://www.le-doc.info/wp-includes/images/smilies/icon_smile.gif' alt=':-)' class='wp-smiley' /> </p>
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		<title>By: Le Doc'</title>
		<link>http://www.le-doc.info/2007/03/23/114-sauvez-un-arbre-mangez-un-phylogeniste#comment-426</link>
		<dc:creator>Le Doc'</dc:creator>
		<pubDate>Fri, 23 Mar 2007 11:13:21 +0000</pubDate>
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		<description>&lt;p&gt;Moui, mais voulu pour des raisons de représentation...&lt;/p&gt; &lt;p&gt;Deja, c'est un arbre sans racine, donc il ne devrait pas être représenté comme ça si on voulait vraiment chipoter.&lt;/p&gt; &lt;p&gt;Regarde les distances aussi, on passe de 0.6 entre l'ascomycète et le noeud à 10&lt;sup&gt;-2&lt;/sup&gt; sur la branche d'après.&lt;/p&gt; &lt;p&gt;Bref, j'ai rajouté l'arbre avec les bonnes distances dans le billet, la différence est flagrante.&lt;/p&gt;</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Moui, mais voulu pour des raisons de représentation&#8230;</p>
<p>Deja, c&#8217;est un arbre sans racine, donc il ne devrait pas être représenté comme ça si on voulait vraiment chipoter.</p>
<p>Regarde les distances aussi, on passe de 0.6 entre l&#8217;ascomycète et le noeud à 10<sup>-2</sup> sur la branche d&#8217;après.</p>
<p>Bref, j&#8217;ai rajouté l&#8217;arbre avec les bonnes distances dans le billet, la différence est flagrante.</p>
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		<title>By: Enro</title>
		<link>http://www.le-doc.info/2007/03/23/114-sauvez-un-arbre-mangez-un-phylogeniste#comment-428</link>
		<dc:creator>Enro</dc:creator>
		<pubDate>Fri, 23 Mar 2007 11:03:29 +0000</pubDate>
		<guid isPermaLink="false">http://le-doc.info/?p=114#comment-428</guid>
		<description>&lt;p&gt;Très joli, il est vrai, mais je constate que les branches ne sont pas à l'échelle des distances. Dommage, non ?...&lt;/p&gt;</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Très joli, il est vrai, mais je constate que les branches ne sont pas à l&#8217;échelle des distances. Dommage, non ?&#8230;</p>
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