Sauvez un arbre, mangez un phylogeniste

Posté par Timothée le 23 March 2007 | ,

Cruel manque d’inspiration en matière de titre ce presque matin, toujours est-il que comme je viens de découvrir le logiciel Geneious, et que je suis en train de m’amuser avec (ca semble plutôt performant, d’ailleurs!), je vous ai fait un petit cadeau.

Alignement de quelques séquences de la gephyrineVous connaissez la Gephyrine? Seven va dire Oui moi oui moi je connais moi, en bonne spécialiste du GABA qu’elle est. Bref, c’est une petite protéine qui va faire des jonctions entre le cytosquelette et différents récepteurs aux neurotransmetteurs, de mémoire ceux du GABA-A et de la glycine.

Pourquoi elle? Parce que j’avais fait un petit exposé dessus au début du semestre, qui s’était bien passé merci, et qu’en cherchant des séquences sur le site de l’EMBL pour voir comment Geneious permettait de construire des arbres, j’ai pensé à elle.

Ce que vous voyez, c’est un arbre (ce n’est pas un arbre phylogénétique!) construit à partir des alignements des séquences de la gephyrine de différentes espèces. En partant du numéro à l’horizontale, dans le sens des aiguilles d’une montre, on trouve un champignon (qui possède un gène qui ressemble ‘achement à la géphyrine), le poulet, le rat, l’homme et le taureau.

Les chiffres indiqués le long des branches sont des distances, à partir de la séquence de notre champignon ascomycète. Plus le nombre est élevé, plus la différence est grande.

Je ne rentre pas dans les détails, mais j’aime bien ce genre de représentations, donc je partage…

Arbre avec des branches de taille correspondant à la distanceSeul reproche que je fais au logiciel Geneious, ça manque un peu de couleur et de possibilité de rajouter des annotations à la main. Sur les bons conseils d’Enro, j’ai rajouté un arbre avec des branches de taille correspondant aux distances entre les séquences. Question piège: ou est le champignon?

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6 réponses pour le moment

6 réponses à “Sauvez un arbre, mangez un phylogeniste”

  1. Très joli, il est vrai, mais je constate que les branches ne sont pas à l’échelle des distances. Dommage, non ?…

    23 Mar 2007 à 11:03 am

  2. Moui, mais voulu pour des raisons de représentation…

    Deja, c’est un arbre sans racine, donc il ne devrait pas être représenté comme ça si on voulait vraiment chipoter.

    Regarde les distances aussi, on passe de 0.6 entre l’ascomycète et le noeud à 10-2 sur la branche d’après.

    Bref, j’ai rajouté l’arbre avec les bonnes distances dans le billet, la différence est flagrante.

    23 Mar 2007 à 11:13 am

  3. Ah, merci, tu as satisfait mon sens de l’ordre :-)

    23 Mar 2007 à 1:58 pm

  4. Géphy quoi? Connaissais pas…Ca va hein, je suis honnête au moins! Très joli, cet “arbre” en effet. Mais pas forcément évident à interpréter pour une non-initiée (ou une neuneu, au choix): que représente l’arc de cercle? Comment est déterminée l’emplcement des embranchements? Si ces questions sont totalement hilarantes, je compte sur toi et ta bonté, pour effacer ce commentaire et me répondre GENTIMENT par mail, Timothée.

    23 Mar 2007 à 8:21 pm

  5. Nan nan, aucun problème, je te raconte tout ça euh… un peu plus tard (les trois prochains jours, ca va être blindé)

    D’ailleurs, si quelqu’un veut le faire, no problem…

    (en même temps, la gephyrine, ca concerne plus les biologistes maniaques qui veulent tout comprendre, et faire plein de jolies manips en génétique et immunofluorescence… même si elle est nécessaire pour que les récepteurs GABA-A soient au bon endroit tous ensemble, et donc que la transduction du signal soit efficace)

    24 Mar 2007 à 12:02 am

  6. Je m’intéresse bcp, pour cause de projet de docu là dessus, à toutes les questions concernant la représentation des arbres phylogénétiques (oui je sais, ici c’en est pas un)… Les biologistes détestent en général (me semble-til) qu’on veuille donner un sens à la forme de leurs arbres (hors de leur simple topologie)

    Pourtant c’est tentant, dans un document comme celui-ci d’maginer par exemple que le rayon du cercle correspond à un axe temporel… Ou que la distance mesurée sur le périmètre entre 2 espèces correspond ç une mesure de “proximité” phylogénétique… Qu’en pensez-vous ?

    26 Mar 2007 à 12:13 pm

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