franco battiato testi

Réflexions Phthirapteriques (suite) : un peu de maths

La réalité est un peu plus complexe, dans la mesure ou le modèle d’Hardy-Weinberg fait quelques suppositions (dont notamment l’absence de migrations, la taille infinie de la population, et les générations séparées,…). Ceci dit, à partir d’observations empiriques, il doit être faisable de réaliser un modèle prédictif (pour essayer de savoir si la population est proche de l’équilibre ou non). Pour tout te dire, je n’en sais rien.

>walrus : Merci! Je jetterai un oeil au livre si j’ai un peu de temps.

Dès mon emploi du temps aura décongestionné (j’en suis au stade ou même les intervenants disent ouaouh tout ça dans une seule journée!), je vais modifier un peu le modèle, ca ne devrait pas être trop compliqué. Je comptais aussi regarder l’évolution selon la fréquence des allèles dans la population (au départ), et/ou selon les coefficients de sélection. Et puis faire une suite de graphiques, et coller tout ca dans une animation, pourquoi pas.

Ce n’est pas du C, par contre, mais du R, probablement très mal écrit vu que je suis un autodidacte total. En gros, je lance les calculs dans une boucle, je stocke chaque valeur dans un vecteur, et je finalise avec la magique fonction plot et quelques options pour l’esthétique de la chose.

eh bien, c’est plutôt un bon début…

Si tu t’intéresses à la génétique des populations, je peux te conseiller le livre “Population Genetics: a concise guide” 2nd edition, de John Gillespie (John Hopkins University Press). Il est concis (!), très clair et expose didactiquement les bases de cette discipline (mutations, dérive, séléction naturelle, linkage, génétique quantitative…) avec des exercices corrigés (probas simples, un peu de programmation…).

sinon, ça peut être intéressant de voir comment évoluent les fréquences avec une autre hypothèse que la codominance…

tu codes en quoi ? pq si c’est en C, j’ai moi aussi qq prog qui pourraient t’intéresser…

Peut-on l’utiliser pour calculer dans combien de temps l’ASAQ sera totalement inefficace contre le paludisme ?

Ben, oui, c’est malheureusement ce ma réaction depuis que j’ai lu les premiers article dithyrambiques sur la manière dont ce nouveau traitement va être diffusé massivement ….

Rien de très compliqué en fait, mais le modèle est intéressant. Une version un peu plus aboutie existe, notamment en prenant en compte une modification de σ de chaque génotype au cours du temps. En parallèle, on peut aussi introduire des migrations (une des hypothèses du modèle). Je ne sais pas si le bouquin de Serre donne des infos sur un modèle avec sélection + migrations, auquel cas ca serait intéressant de créer des petits systèmes…

J’ai un peu approfondi ca parce que j’avais un prétexte, mais je m’étais promis de la faire depuis qu’on m’avait présenté le modèle de base.