Grippe aviaire : petit bilan sans prétentions

Posté par Timothée le 1 March 2007 | , ,

Histoire de redonner un peu de vie à ce blog, que je délaisse honteusement pour des motifs aussi peu justifiables que la conduite de mes études, je me lance dans un petit billet de fond sur un sujet d’actualité : l’histoire d’un orthomyxovirus enveloppé, aussi connu sous le nom d‘influenza, dans sa version H5N1. Pas de très grosse théorie, parce que j’ai probablement plus mal à la tête qu’il n’est possible de l’imaginer (à jeun), mais des petites informations qui valent le coup d’être mentionnées.

Le virus de l‘influenza tire son nom du latin, à l’époque ou croyait que les symptômes grippaux (fièvre, rougeur, tremblement, courbatures, toux, malaises), et leur arrivée en masse (l’épidémie de grippe) étaient dus à l’influence des astres. Quelques avancées en biologie ont clarifié la place des astres dans le processus, et la communauté s’est mis d’accord sur le fait qu’il s’agit tout au plus d’un épiphénomène.

La transmission de l‘influenza se fait, d’homme à homme, par les voies respiratoires (retenez bien ca, c’est particulièrement important dans le cas de la grippe aviaire). Pour bien comprendre ce qui s’est passé, ce qui se passe, et ce qui risque de se passer, il faut avoir quelques notions en influenzologie, notions que je vais m’empresser d’apporter. Il existe trois types (A, B, et sans surprise, C) de virus de l‘influenza. Le plus important à savoir concerne (i) la nature de leur génome et (ii) leurs protéines de surface.

Leur génome est composé de 8 (types A, B) ou 7 (type C) segments d’ARN négatif, ce qui pour les puristes les classe de facto dans la catégorie V de la classification de David Baltimore. Chaque segment code un messager pour une protéine virale. Le point le plus important concerne les protéines de surface. Vous pouvez avoir des informations en cliquant sur l’image du virus à droite de ce texte. Outre le canal ionique M2 (nous n’en reparlerons plus), les protéines de surface sont des HA ou des NA. Ou encore, H et N. Et chaque mutant de ces protéines possède un code, qui permet de la reconnaitre. Il existe un variant 5 de H, et un variant 1 de N, par exemple.

Un petit point de nomenclature, pour votre culture générale. Pour identifier un virus influenza (une souche), on utilise un codage assez simple, qu’on peut résumer comme étant

type / lieu de découverte / code laboratoire / année [H et N ]

Soit par exemple, pour le cas du virus utilisé pour vous vacciner contre les souches type A cette année

A/Wisconsin/67/05 [H3N2]

Pourquoi donner autant d’importance aux sous types H et N? Parce qu’ils conditionnent le type de cellule qui peut être infecté, donc l’espèce cible (le tropisme viral, qui est respiratoire pour les mammifères, digestif pour les oiseaux et le porc, ce qui n’est pas un détail négligeable). Les virus sont des parasites (des parasites intracellulaires absolus), qui nécessitent la présence de recépteurs pour infecter la cellule hôte. Dans le cas de l‘influenza, le récépteur à la protéine H est l’acide sialique, un petit acide présent à la surface de toutes nos cellules. On en a presque fini avec les notions de base, donc considérez maintenant que nous sommes dans le vif du sujet.

Rien n’étant, jamais, simple en biologie, la protéine H possède des sites de spécificité, au niveau des résidus 226 et 228. Selon que vous portez certains acides aminés, la spécificité n’est pas la même, et en tant que virus, vous n’avez pas accès aux mêmes hôtes. Pour être précis, les virus Glutamine 226 / Glycine 228 ciblent la forme α2,3′ Gal, et les virus Leucine 226 / Sérine 228 ciblent la α2,6′ Gal. Et c’est la que beaucoup de choses devraient s’éclairer dans vos esprits. Non? Alors je m’explique.

On a un constat assez simple. Les virus humains ciblent les formes α2,6′, et les virus aviaires (donc H5N1) ciblent α2,3′. C’est à ce moment la qu’il faut se souvenir de ce que j’ai dit des tropismes du virus de l’influenza chez les mammifères et les oiseaux. On va prendre le cas de H5N1, et essayer de comprendre pourquoi il ne se transmet pas à l’homme. Dans nos voies respiratoires, nous avons principalement des récepteurs α2,6′, nos récepteurs α2,3′ étant principalement localisés dans nos poumons (ce qui explique la possibilité d’être infecté par la souche Fujian, dont j’avais deja parlé ici-même).

Dans le cas ou un virus arrive à infecter l’homme (ce qui est arrivé aux personnes travaillant au contact des volailles), le virus pourra se développer dans les poumons, mais la personne ne sera que très faiblement contagieuse, puisque (i) le virus n’arrivera pas à sortir, les cellules qu’il rencontre n’étant pas favorables à son passage et (ii) les chances d’être infecté sont très faibles, puisque le virus ne trouverait pas de cellules permettant son entrée dans un autre organisme.

Cependant, quelques cas de contaminations inter-humaine ont été observés. D’un point de vue danger, nous en sommes entre les phases 4 (transmission d’homme à homme limitée mais très localisée, suggérant une faible adaptation à l’homme) et 5 (transmission d’homme à homme limitée mais non localisée: risque pandémique). Cette classification, mise au point par l’OMS, comporte 6 niveaux, le 6ème étant la transmission générale du virus à la population, c’est à dire une situation de pandémie.

La pandémie est-elle, aujourd’hui, une évolution prévisible de l’épidémie actuelle? J’aurais tendance (enfin pas moi, mais les explications qu’on m’a donné m’ont convaincu) à dire que oui. La pandémie peut se déclencher si on réunit trois conditions : (i) l’émergence d’un nouveau sous-type, (ii) l’infection de l’homme par ce virus, et (iii) la propagation interhumaine aisée et durable. A l’heure actuelle, le nouveau sous type a émergé, et il peut infecter l’homme (même si de manière ponctuelle). La propagation aisée et rapide d’homme à homme pourrait avoir lieu si une mutation qui le permet faisait son apparition.

Comment le H5N1 est-il apparu? On sait qu’il existe un réservoir de virus aviaires. A la base, il y aurait eu une caille infectée par un virus de type H9N2. Quelques transformations plus tard, ce virus serait devenu un H6N1, qui aurait infecté une Sarcelle (équivalent de la poule d’eau). En parallèle, un virus de type H5Nx (type N inconnu) aurait infecté une oie. La suite est plus particulière. On imagine qu’un poulet aurait été infecté simultanément par un virus d’oie H5Nx, et par un virus de sarcelle H6N1. Ces deux virus se seraient trouvés dans la même cellule, et on aurait vu apparaitre un H5N1. Comment est-ce possible?

J’ai précisé au début de ce billet que le génome du virus influenza était divisé en plusieurs segments, et que chaque segment code une protéine virale. Je ne vais pas me lancer dans de longues et fastidieuses explications sur la réplication du virus. Toujours est-il que pendant son cycle, il va faire un certain nombre de choses dont (i) répliquer son génome (le copier), (ii) exprimer son génome, et (iii) assembler les protéines crées par l’expression du génome pour former un nouveau virion. Ce nouveau virion contient à la fois le génome et les protéines. On peut raisonnablement imaginer qu’un morceau du génome (la fraction codant H5) se soit retrouvée incorporée à un virion qui contenait deja la fraction N1 du génome, aboutissant à un virus de type H5N1. On comprend aussi pourquoi l’infection simultanée H5Nx / H6N2 est nécessaire.

Pour conclure, quelques informations sur la réaction en cas de pandémie. Contrairement à ce que la World health organization préconise, seul 18 des 25 pays européens se sont dotés de plans et de stratégies. Aucun pays en voie de développement ne l’a fait. Même si les médias sont tournés, en ce moment, vers des sujets bien différents, le risque de voir une pandémie émerger n’est pas nul, il ne devrait ni être passé sous silence, ni être négligé par les politiques. Ce qui inclut d’allouer des budgets en conséquence aux laboratoires, mais c’est un autre problème…

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2 réponses pour le moment

2 réponses à “Grippe aviaire : petit bilan sans prétentions”

  1. Amélie

    Il manque des données sur le nombre d’hommes infectés et le nombre d’hommes de mort

    11 Dec 2007 à 7:48 pm

  2. Timothée

    Que non, il s’agit de biologie, pas d’épidémio. Et elles sont sur le site de l’OMS…

    11 Dec 2007 à 7:49 pm

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