Comments on: Vitesse d’évolution des gènes du cerveau : surprise ! http://www.le-doc.info/2007/01/02/81-vitesse-d-evolution-des-genes-du-cerveau-surprise Avec des vrais morceaux de plathelminthes dedans! Fri, 04 Jul 2008 06:00:15 +0000 http://wordpress.org/?v=2.5.1 By: D’où nous viennent nos gènes de vertébrés? | Le blog du Doc’ http://www.le-doc.info/2007/01/02/81-vitesse-d-evolution-des-genes-du-cerveau-surprise#comment-5952 D’où nous viennent nos gènes de vertébrés? | Le blog du Doc’ Mon, 18 Feb 2008 19:46:57 +0000 http://le-doc.info/?p=81#comment-5952 [...] Le travail du génomiste consiste alors à déterminer « qui » sont ces 22% de gènes. Et de ce point de vue, les résultats de Prachumwat et Li sont particulièrement intéressants. La majorité de ces gènes (plus de 50%) sont des singletons, autrement dit des gènes qui la jouent solo, sans appartenir à une famille ; ces singletons représentent à peine 25% des gènes communs. Et les protéines codées par nos gènes propres ont tendance à évoluer plus vite que celles codées par celles que nous partageons avec les invertébrés (de telles différences dans la vitesse d’évolution existent aussi entre les gènes chez les vertébrés, j’en avais déjà parlé pour les gènes “cerveau-spécifique”). [...] [...] Le travail du génomiste consiste alors à déterminer « qui » sont ces 22% de gènes. Et de ce point de vue, les résultats de Prachumwat et Li sont particulièrement intéressants. La majorité de ces gènes (plus de 50%) sont des singletons, autrement dit des gènes qui la jouent solo, sans appartenir à une famille ; ces singletons représentent à peine 25% des gènes communs. Et les protéines codées par nos gènes propres ont tendance à évoluer plus vite que celles codées par celles que nous partageons avec les invertébrés (de telles différences dans la vitesse d’évolution existent aussi entre les gènes chez les vertébrés, j’en avais déjà parlé pour les gènes “cerveau-spécifique”). [...]

]]> By: Matthieu http://www.le-doc.info/2007/01/02/81-vitesse-d-evolution-des-genes-du-cerveau-surprise#comment-215 Matthieu Fri, 05 Jan 2007 01:55:44 +0000 http://le-doc.info/?p=81#comment-215 <p>Ok, vos explications rejoignent ce que je m'imaginais...</p> Ok, vos explications rejoignent ce que je m’imaginais…

]]> By: Le Doc' http://www.le-doc.info/2007/01/02/81-vitesse-d-evolution-des-genes-du-cerveau-surprise#comment-214 Le Doc' Thu, 04 Jan 2007 11:22:05 +0000 http://le-doc.info/?p=81#comment-214 <p>@Matthieu, seven a deja largement répondu a tes doutes je pense. Mon opinion, d'un point de vue évolutif, est qu'une mutation dans la séquence du gène est potentiellement délétère, vu la complexité de l'organe et son rôle primordial. Par contre, de petites modifications dans les séquences régulatrices permettent <q>d'affiner</q> l'efficacité du système, sans trop modifier les pièces principales (c'est assez flagrant avec les sous-unités des récepteurs et des canaux, qui ont des motifs d'expression très intéressants).</p> <p>Il n'y a peut-être, finalement, pas de ralentissement de l'évolution, mais plutôt une désélection plus importante des µ° touchant la séquence protéique. D'ou ma question : plutôt que de créer de nouvelles séquences, et de rajouter des éléments, l'évolution a favorisé les mutations qui aidaient à mieux rentabiliser des éléments deja existants (comme souvent, la solution la plus simple!).</p> <p>Une phrase des résultats qui m'incite a favoriser encore cette hypothèse : <q>In summary, calibrated against the genomic average, brain-expressed genes in humans have evolved somewhat more slowly than those in other primates. <strong>This difference appears to be more pronounced among the more conservative genes.</strong></q> Comme si, au cours du temps, on avait progressivement désélectionné les µ° touchant les séquences protéiques, et favorisé celles des séquences régulatrices. C'est un peu finaliste, mais le <q>mécanisme</q> ne doit pas être loin.</p> <p>Comme le disait Seven, cette augmentation de la vitesse d'évolution est une hypothèse (j'ai fait une lecture un peu rapide de l'article, <em>mea culpa</em>). Mais je suis persuadé que les séquences régulatrices peuvent nous apprendre des choses sur l'évolution.</p> <p>Dans ma hâte a rédiger l'article, j'ai oublié de mettre les références...<br /> <a href="http://biology.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pbio.0050013" hreflang="en">Rate of Evolution in Brain-Expressed Genes in Humans and Other Primates</a><br /> Wang <em>et al.</em><br /> <acronym>PLoS</acronym> Biol <strong>5</strong>(2)</p> @Matthieu, seven a deja largement répondu a tes doutes je pense. Mon opinion, d’un point de vue évolutif, est qu’une mutation dans la séquence du gène est potentiellement délétère, vu la complexité de l’organe et son rôle primordial. Par contre, de petites modifications dans les séquences régulatrices permettent d’affiner l’efficacité du système, sans trop modifier les pièces principales (c’est assez flagrant avec les sous-unités des récepteurs et des canaux, qui ont des motifs d’expression très intéressants).

Il n’y a peut-être, finalement, pas de ralentissement de l’évolution, mais plutôt une désélection plus importante des µ° touchant la séquence protéique. D’ou ma question : plutôt que de créer de nouvelles séquences, et de rajouter des éléments, l’évolution a favorisé les mutations qui aidaient à mieux rentabiliser des éléments deja existants (comme souvent, la solution la plus simple!).

Une phrase des résultats qui m’incite a favoriser encore cette hypothèse : In summary, calibrated against the genomic average, brain-expressed genes in humans have evolved somewhat more slowly than those in other primates. This difference appears to be more pronounced among the more conservative genes. Comme si, au cours du temps, on avait progressivement désélectionné les µ° touchant les séquences protéiques, et favorisé celles des séquences régulatrices. C’est un peu finaliste, mais le mécanisme ne doit pas être loin.

Comme le disait Seven, cette augmentation de la vitesse d’évolution est une hypothèse (j’ai fait une lecture un peu rapide de l’article, mea culpa). Mais je suis persuadé que les séquences régulatrices peuvent nous apprendre des choses sur l’évolution.

Dans ma hâte a rédiger l’article, j’ai oublié de mettre les références…
Rate of Evolution in Brain-Expressed Genes in Humans and Other Primates
Wang et al.
PLoS Biol 5(2)

]]> By: seven http://www.le-doc.info/2007/01/02/81-vitesse-d-evolution-des-genes-du-cerveau-surprise#comment-213 seven Thu, 04 Jan 2007 09:35:00 +0000 http://le-doc.info/?p=81#comment-213 <p>Bien d'accord, cet article est en effet passionnant... Il y a un truc que je n'ai pas lu (mais peut-être ai-je mal lu), c'est ce qui concerne les régions non codantes: je crois que les auteurs n'ont étudié que (et c'est déjà énorme) des régions codantes du génome. Et leur <em>hypothèse</em> pour expliquer l'évolution phénotypique rapide, alors que les régions codantes évolueraient lentement est celle d'une évolution rapide des séquences non codantes ou régulatrices. Un "contenu" à peu près identique, mais des relations entre ses éléments plus complexes. Ils ne l'ont pas démontrée, je crois. L'évolution lente des gènes exprimés dans le cerveau serait dû au fait qu' étant donnée la complexité du système, la moindre modification protéïque pourrait être très délétère. Quoi qu'il en soit, on entend en effet de plus en plus parler de ces séquences non codantes, c'est sûr.</p> Bien d’accord, cet article est en effet passionnant… Il y a un truc que je n’ai pas lu (mais peut-être ai-je mal lu), c’est ce qui concerne les régions non codantes: je crois que les auteurs n’ont étudié que (et c’est déjà énorme) des régions codantes du génome. Et leur hypothèse pour expliquer l’évolution phénotypique rapide, alors que les régions codantes évolueraient lentement est celle d’une évolution rapide des séquences non codantes ou régulatrices. Un “contenu” à peu près identique, mais des relations entre ses éléments plus complexes. Ils ne l’ont pas démontrée, je crois. L’évolution lente des gènes exprimés dans le cerveau serait dû au fait qu’ étant donnée la complexité du système, la moindre modification protéïque pourrait être très délétère. Quoi qu’il en soit, on entend en effet de plus en plus parler de ces séquences non codantes, c’est sûr.

]]> By: Enro http://www.le-doc.info/2007/01/02/81-vitesse-d-evolution-des-genes-du-cerveau-surprise#comment-212 Enro Thu, 04 Jan 2007 06:44:20 +0000 http://le-doc.info/?p=81#comment-212 <p>Le Doc' > OK, merci, c'est bien ce que je m'étais dit...</p> Le Doc’ > OK, merci, c’est bien ce que je m’étais dit…

]]> By: Matthieu http://www.le-doc.info/2007/01/02/81-vitesse-d-evolution-des-genes-du-cerveau-surprise#comment-210 Matthieu Thu, 04 Jan 2007 06:00:08 +0000 http://le-doc.info/?p=81#comment-210 <p>J'ai un peu de mal à y voir clair, j'aurais bien aimé que tu précises un peu les interprétations que l'on peut, avec les pincettes de rigueur, en tirer. déjà, le fait que l'évolution accélère me semble un peu contradictoire avec ce que l'on pourrait supposer de l'amélioration des gènes chargés de la régulation. y'a-t-il un paradoxe ? Ensuite, si le cerveau est compris comme un avantage évolutif énorme, il n'est pas étonnant que les gènes impliqués dans le transport d'électrons aient vite muté, l'avantage étant sensible.par contre, comment expliquer le ralentissement pour les autres gènes ? ils sont trop sensibles et les mutations sont plus souvent défavorables ? Et là ou je suis encore plus perdu, c'est sur les différences entre types de séquence : comment interpreter ca ? j'ai du mal à le relier à ta question <em>"Alors, notre cerveau, une super machine de guerre pleine de choses compliquées, ou des éléments simples agencés de manière élégante (je vous laisse deviner ma solution préférée...)" </em></p> J’ai un peu de mal à y voir clair, j’aurais bien aimé que tu précises un peu les interprétations que l’on peut, avec les pincettes de rigueur, en tirer. déjà, le fait que l’évolution accélère me semble un peu contradictoire avec ce que l’on pourrait supposer de l’amélioration des gènes chargés de la régulation. y’a-t-il un paradoxe ? Ensuite, si le cerveau est compris comme un avantage évolutif énorme, il n’est pas étonnant que les gènes impliqués dans le transport d’électrons aient vite muté, l’avantage étant sensible.par contre, comment expliquer le ralentissement pour les autres gènes ? ils sont trop sensibles et les mutations sont plus souvent défavorables ? Et là ou je suis encore plus perdu, c’est sur les différences entre types de séquence : comment interpreter ca ? j’ai du mal à le relier à ta question “Alors, notre cerveau, une super machine de guerre pleine de choses compliquées, ou des éléments simples agencés de manière élégante (je vous laisse deviner ma solution préférée…)”

]]> By: Matthieu http://www.le-doc.info/2007/01/02/81-vitesse-d-evolution-des-genes-du-cerveau-surprise#comment-209 Matthieu Thu, 04 Jan 2007 05:57:03 +0000 http://le-doc.info/?p=81#comment-209 <p>J'ai un peu de mal à y voir clair, j'aurais bien aimé que tu précises un peu les interprétations que l'on peut, avec les pincettes de rigueur, en tirer. déjà, le fait que l'évolution accélère me semble un peu contradictoire avec ce que l'on pourrait supposer de l'amélioration des gènes chargés de la régulation. y'a-t-il un paradoxe ? Ensuite, si le cerveau est compris comme un avantage évolutif énorme, il n'est pas étonnant que les gènes impliqués dans le transport d'électrons aient vite muté, l'avantage étant sensible.par contre, comment expliquer le ralentissement pour les autres gènes ? ils sont trop sensibles et les mutations sont plus souvent défavorables ? Et là ou je suis encore plus perdu, c'est sur les différences entre types de séquence : comment interpreter ca ? j'ai du mal à le relier à ta question <em>"Alors, notre cerveau, une super machine de guerre pleine de choses compliquées, ou des éléments simples agencés de manière élégante (je vous laisse deviner ma solution préférée...)" </em></p> J’ai un peu de mal à y voir clair, j’aurais bien aimé que tu précises un peu les interprétations que l’on peut, avec les pincettes de rigueur, en tirer. déjà, le fait que l’évolution accélère me semble un peu contradictoire avec ce que l’on pourrait supposer de l’amélioration des gènes chargés de la régulation. y’a-t-il un paradoxe ? Ensuite, si le cerveau est compris comme un avantage évolutif énorme, il n’est pas étonnant que les gènes impliqués dans le transport d’électrons aient vite muté, l’avantage étant sensible.par contre, comment expliquer le ralentissement pour les autres gènes ? ils sont trop sensibles et les mutations sont plus souvent défavorables ? Et là ou je suis encore plus perdu, c’est sur les différences entre types de séquence : comment interpreter ca ? j’ai du mal à le relier à ta question “Alors, notre cerveau, une super machine de guerre pleine de choses compliquées, ou des éléments simples agencés de manière élégante (je vous laisse deviner ma solution préférée…)”

]]> By: Le Doc' http://www.le-doc.info/2007/01/02/81-vitesse-d-evolution-des-genes-du-cerveau-surprise#comment-208 Le Doc' Wed, 03 Jan 2007 23:43:39 +0000 http://le-doc.info/?p=81#comment-208 <p>Les gènes <q>cerveau-spécifiques</q> ne sont exprimés <strong>que</strong> dans le cerveau, alors que les autres sont exprimés dans le cerveau et ailleurs (dans les tissus nerveux principalement).</p> Les gènes cerveau-spécifiques ne sont exprimés que dans le cerveau, alors que les autres sont exprimés dans le cerveau et ailleurs (dans les tissus nerveux principalement).

]]> By: Enro http://www.le-doc.info/2007/01/02/81-vitesse-d-evolution-des-genes-du-cerveau-surprise#comment-207 Enro Wed, 03 Jan 2007 23:40:48 +0000 http://le-doc.info/?p=81#comment-207 <p>Intéressant... Mais quelle différence fais-tu entre les "gènes cerveau-spécifiques" et les "gènes exprimés dans le cerveau" (4e paragraphe) ?</p> Intéressant… Mais quelle différence fais-tu entre les “gènes cerveau-spécifiques” et les “gènes exprimés dans le cerveau” (4e paragraphe) ?

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