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Strongylocentrotus purpuratus : Les séquenceurs ont encore frappé

Timothée — 12 November 2006

Tous ceux qui ont lu les gros titres du Science de vendredi (10 novembre 2006) vous le diront. S’il n’y avait qu’une chose a retenir cette semaine, c’est bien cet article à l’impressionnante liste de signataires (plus de 200, ce qui est courant sur des projets d’une telle envergure), intitulé The genome of the sea Urchin Strongylocentrotus purpuratus. Le génome de l’oursin violet est enfin connu, et Science en profite pour publier un nombre impressionnant de matériel sur le sujet.

Qui se cache derrière Strongylocentrotus purpuratus? L’oursin violet, bien connu des amateurs de nage en mer. On sait maintenant que son génome, de 814 mégabases, porte environ 23000 gènes. Le travail de séquencage réalisé par le Sea Urchin Genome Sequencing Consortium[1], dirigé par Rita Wright (du Baylor College of Medicine à Houston au Texas) va apporter un éclairage nouveau sur la phylogénie.

L’oursin est un modèle maintenant courant en biologie du développement. Le fait que son génome soit connu permet de relativiser nos belles certitudes sur ce que l’on considérait être des innovations caractéristiques des vertébrés, ou tout au moins des Deutérostomiens[2]. L’oursin, et de fait les protostomiens, pourraient être génétiquement beaucoup plus proche de nous qu’on ne l’imaginait auparavant.

Les publications autour de ce thème sont extrêmement nombreuses, avec notamment une analyse du transcriptome[3], réalisée par le groupe de Viktor Stolk (du NASA Ames Genome Research Facility). Cette étude a notamment mis en évidence que le nombre de gènes impliqués dans l’embryogénèse[4] était compris entre 11 et 12000. Chiffre à mettre en relation avec les 23000 gènes dénombrés par le séquencage. Une telle analyse aura des débouchés dans la compréhension des mécanismes fondamentaux du développement.

Parallèlement à ces publications très axées biologie fondamentale, John Pearse (du Long Marine Lab, UCSC) publie un récapitulatif du rôle écologique des oursins violets. Ils jouent un rôle clé dans leur environnement, en limitant d’une part la prolifération des algues[5], et d’autre part en étant consommés par de nombreux prédateurs. La connaissance de leur génome peut expliquer comment ils s’organisent pour survivre et se maintenir dans un environnement qui ne leur est pas toujours favorable (soumis à de fortes variations, puisqu’ils sont, selon les marées, exposés à l’air libre).

Une étude menée par R. Andrew Cameron utilise cette découverte pour analyser l’évolution du génome de la lignées des echynodermes, dont les oursins font partie (de même que les holoturies et les étoiles de mer). Il a été possible de dater l’une des premières innovations génétiques[6] fondatrice de la lignée, qui remonterait à 520 millions d’années.

Science a eu le bon gout de publier un poster interactif, qui reprend les principales informations, et qui chose rare est en accès libre, que je vous encourage vivement à aller consulter.


Articles

The Genome of the Sea Urchin Strongylocentrotus purpuratus
Sea Urchin Genome Sequencing Consortium
Vol. 314. no. 5801, pp. 941 - 952

The Transcriptome of the Sea Urchin Embryo
Stolc V et al.
Vol. 314. no. 5801, pp. 960 - 962

Ecological Role of Purple Sea Urchins
Pearse J
Vol. 314. no. 5801, pp. 940 - 941

Paleogenomics of Echinoderms
Cameron R et al.
Vol. 314. no. 5801, pp. 956 - 960

Notes

[1] projet d’envergure internationale, comprenant des chercheurs de plusieurs laboratoires français, dont les stations océanographiques de Villefranche, Roskoff, Banyuls, et l’UPMC

[2] les deutérostomiens, dont fait partie le genre Homo, forment leur anus en premier au cours du développement, et sont définis par opposition aux protostomiens, qui forment d’abord la bouche. Ces deux groupes font partie des bilateria.

[3] étude des mRNA d’un organisme, à l’échelle d’un génome

[4] création d’un embryon à partir d’une cellule unique

[5] les oursins sont herbivores

[6] de son petit nom biomineralized tissue stereom


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Une réaction à “Strongylocentrotus purpuratus : Les séquenceurs ont encore frappé”

  1. Timothée Poisot reporter AgoraVox nous a dit:
    15 November 2006 à 9:19 am

    Strongylocentrotus purpuratus : Les séquenceurs ont encore frappé

    Retrouvez cet article et ses commentaires sur AgoraVox

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