Le blog du Doc’

Ecrit en hypercaféinémie.

Le génome du peuplier décodé

Sans commentaires (lu 45 fois)

Après les célèbres Arabette des dames Arabidopsis Thaliana et Riz Oryza Sativa, le peuplier Populus Trichocarpa vient rejoindre la famille des plantes dont le génôme est séquencé. Il a donc l’honneur d’être le premier arbre (Angiosperme Dicotylédone) a avoir son génome décodé.

Populus Pourquoi lui ?

Parce que son génome est relativement court, 485Mpb environ ( la ou le pin en contient 50 fois plus ), représentant la bagatelle de 45000 gènes.

Au cours de l’étude (parue dans Science 15/9/2006), il est apparu que le peuplier et Arabidopsis ont divergé au cours de l’évolution, à une date remontant à environ 100/120 MA, et qu’a partir de ce moment, un whole genome replication event (sic.) a eu lieu, qui au cours du temps a abouti a la survie de 8000 gènes (la taille totale de son génome est plus de 1,5 fois supèrieure à celle de l’arabette)[1]. Une augmentation des gènes codant pour des protéines (ou portein coding genes) a été observée, tout en conservant une fréquence de domaines protéiques similaire sur les deux génomes. Les seules exceptions de surreprésentation chez populus concernent les gènes associés à la biosynthèse des parois de lignocellulose, au dévelloppement meristematique, à la résistance aux maladies, et au transport des métabolites.

Son génome a été séquencé par une technique de moins en moins utilisée : le shotgun[2].

Il a été observé que les evenements de recombinaison chez populus étaient plus lents que chez arabidopsis (sur l’échelle de l’évolution).

De plus en plus de génomes végétaux sont en cours de séquençage, au sein de projets internationaux. C’est par exemple le cas de la vigne vitis vinifera (infos sur le projet disponibles en français sur le site du Genoscope d’Evry).

References et Abstract :

The Genome of Black Cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)[3]
Science 15 September 2006:
Vol. 313. no. 5793, pp. 1596 - 1604
DOI: 10.1126/science.1128691
Lien vers le site de la revue Science

Notes

[1] Un autre whole genome replication event avait eu lieu plus tôt au cours de l’évolution de Populus, qui est partagé par Arabidopsis

[2] Technique qui consiste a éclater un génome en un très grand nombre de fragments, puis à les aligner par une analyse bioinformatique, au moyen d’outils comme BLAST par exemple

[3] La lecture du texte complet requiert une suscription payante

Ecrit par Timothée

15 sept 06 à 6:12

Laisser un commentaire

Sitemap